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Omokage検索について
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-2020年8月12日: 新型コロナ情報
新型コロナ情報
![](../emnavi/img/about_covid19.jpg)
URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php
新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。
関連情報:Covid-19情報 /
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ
-2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ
新型コロナウイルスの構造データ
- 国際ウイルス分類委員会(ICTV)は、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の病原ウイルスの略称を「SARS-CoV-2」と決定しました。
- 万見で扱っている構造データベースでは、"COVID-19 virus"、"2019-nCoV"といった別称・仮称でも登録されています。こちらでウイルスの詳細と構造データの一覧を見られます。
関連情報:万見生物種 /
2020年8月12日: 新型コロナ情報
+2017年7月12日: PDB大規模アップデート
+2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み
+2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました
-Omokage検索
「カタチ」で構造検索
- Omokage検索は、生体超分子の形状類似性検索サービスです。細部を無視した全体の形状のみの比較により、類似データを検索します。
- 検索の対象となるデータセットは、EMDBのマップデータ、PDBの登録構造(通常は非対称単位、AU)、PDBの生物学的単位(BU)、SASBDBの登録モデルで、合計約20万の構造データからの検索となります。
- EMDB・PDB・SASBDBの登録データ、あるいは利用者所有のオリジナルの構造を使った検索が可能です。
- 対応する形式は、PDB形式(原子モデル、SAXSビーズモデルなど)か、CCP4/MRC形式(3次元密度分布マップ)です。
- 比較はiDRプロファイル法によって行います。
関連情報:3つのデータバンクの比較 /
2014年9月22日: 新規サービス: Omokage検索 /
gmfit /
gmfitで並べなおし