-検索条件
検索に使う構造:
- EMDB マップ
- 4文字か5文字の数字のIDコード
- または、"e"で始まる文字列
- 例: 1003, EMD-1003, e1003
- PDBの登録構造(非対称単位, AU)
- 4文字のIDコード
- または、IDに"-d"を付加
- 例: 100d, 100d-d
- PDBの集合体(生物学的単位, BU)
- ID + ハイフン + assembly-ID
- PDB-IDを入力した後に、この下に表示される画像をクリックして選択することもできます
- 例: 1oel-1
- SASBDBのモデル
- SASBDB-ID
- または、SASBDB-model-ID
- 例: SASDAA5, 100, sas-100
サンプル:
RNAポリメラーゼIIの電子顕微鏡による解像度25Åの3Dマップデータです。この検索で、EMDBとPDBの両データベースから原子モデル・3Dマップ両方のRNAポリメラーゼの構造データが見つかります。検索を実行
DNAクランプはDNA代謝に必須のリング状オリゴマー分子です。どのDNAクランプも形状はよく似ていますが、細菌では2量体、真核生物や古細菌では3量体のタンパク質がこれを構成します。この3量体クランプの検索から、両方のタイプのクランプの構造データが見つかります。検索を実行
翻訳伸長因子EF-Tu・tRNA複合体とEF-Gの形状はよく似ています。前者はタンパク質・RNA複合体、後者は単量体タンパク質なのに、です。このような類似性は「分子擬態」と呼ばれています。このEF-Tu・tRNAの検索から、EF-Gの構造データも見つかります。検索を実行
このデータは小角散乱法で得られたルマジン合成酵素のダミー原子モデルです。この検索で、同じ分子の結晶構造やEMマップが見つかります。検索を実行
EMDBとPDBにはたくさんの70Sリボソームの構造データが登録されています。Omokage検索はこういった巨大複合体の構造データを「総ざらい」するのにも便利です。検索を実行
さらに巨大な分子、例えばこのイネ萎縮ウイルスのような構造データ検索にも、Omokage検索は役に立ちます。検索を実行
巨大な分子だけでなく、例えばこのDNA断片のような、比較的小さな分子の構造データにも使えます。この結果からはDNA断片だけでなく、(幸か不幸か)それに似た形状のタンパク質の構造も見つかります。検索を実行
これは比較的小さな分子のもう一つの例です。このようなベータプロペラ構造と形状が似ているタンパク質には、どのようなものがあるでしょうか?検索を実行
-検索条件データが見つかりません
-Omokage検索について
-お知らせ
-2020年8月12日: 新型コロナ情報
新型コロナ情報
URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php
新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。
関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ
-2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ
新型コロナウイルスの構造データ
- 国際ウイルス分類委員会(ICTV)は、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の病原ウイルスの略称を「SARS-CoV-2」と決定しました。
- 万見で扱っている構造データベースでは、"COVID-19 virus"、"2019-nCoV"といった別称・仮称でも登録されています。こちらでウイルスの詳細と構造データの一覧を見られます。
関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報
+2017年7月12日: PDB大規模アップデート
+2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み
+2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました
-Omokage検索
「カタチ」で構造検索
- Omokage検索は、生体超分子の形状類似性検索サービスです。細部を無視した全体の形状のみの比較により、類似データを検索します。
- 検索の対象となるデータセットは、EMDBのマップデータ、PDBの登録構造(通常は非対称単位、AU)、PDBの生物学的単位(BU)、SASBDBの登録モデルで、合計約20万の構造データからの検索となります。
- EMDB・PDB・SASBDBの登録データ、あるいは利用者所有のオリジナルの構造を使った検索が可能です。
- 対応する形式は、PDB形式(原子モデル、SAXSビーズモデルなど)か、CCP4/MRC形式(3次元密度分布マップ)です。
- 比較はiDRプロファイル法によって行います。
関連情報:3つのデータバンクの比較 / 2014年9月22日: 新規サービス: Omokage検索 / gmfit / gmfitで並べなおし