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構造ビューア
+検索条件
検索に使う構造:
- EMDB マップ
- 4文字か5文字の数字のIDコード
- または、"e"で始まる文字列
- 例: 1003, EMD-1003, e1003
- PDBの登録構造(非対称単位, AU)
- 4文字のIDコード
- または、IDに"-d"を付加
- 例: 100d, 100d-d
- PDBの集合体(生物学的単位, BU)
- ID + ハイフン + assembly-ID
- PDB-IDを入力した後に、この下に表示される画像をクリックして選択することもできます
- 例: 1oel-1
- SASBDBのモデル
- SASBDB-ID
- または、SASBDB-model-ID
- 例: SASDAA5, 100, sas-100
3つのデータバンクの比較サンプル:
RNAポリメラーゼIIの電子顕微鏡による解像度25Åの3Dマップデータです。この検索で、EMDBとPDBの両データベースから原子モデル・3Dマップ両方のRNAポリメラーゼの構造データが見つかります。検索を実行
DNAクランプはDNA代謝に必須のリング状オリゴマー分子です。どのDNAクランプも形状はよく似ていますが、細菌では2量体、真核生物や古細菌では3量体のタンパク質がこれを構成します。この3量体クランプの検索から、両方のタイプのクランプの構造データが見つかります。検索を実行
翻訳伸長因子EF-Tu・tRNA複合体とEF-Gの形状はよく似ています。前者はタンパク質・RNA複合体、後者は単量体タンパク質なのに、です。このような類似性は「分子擬態」と呼ばれています。このEF-Tu・tRNAの検索から、EF-Gの構造データも見つかります。検索を実行
このデータは小角散乱法で得られたルマジン合成酵素のダミー原子モデルです。この検索で、同じ分子の結晶構造やEMマップが見つかります。検索を実行
EMDBとPDBにはたくさんの70Sリボソームの構造データが登録されています。Omokage検索はこういった巨大複合体の構造データを「総ざらい」するのにも便利です。検索を実行
さらに巨大な分子、例えばこのイネ萎縮ウイルスのような構造データ検索にも、Omokage検索は役に立ちます。検索を実行
巨大な分子だけでなく、例えばこのDNA断片のような、比較的小さな分子の構造データにも使えます。この結果からはDNA断片だけでなく、(幸か不幸か)それに似た形状のタンパク質の構造も見つかります。検索を実行
これは比較的小さな分子のもう一つの例です。このようなベータプロペラ構造と形状が似ているタンパク質には、どのようなものがあるでしょうか？検索を実行
EMDB
PDB
SASBDB
データのタイプ:
- PDB形式の座標ファイル (原子モデル、SAXSビーズモデルなど) を利用した検索を実行します
- 非圧縮または、gzip圧縮したファイルを利用できます
- CCP4/MRC 形式の3次元密度マップファイルを利用した検索を実行します
- ボクセルが立方体のマップのみです
- 最大ボクセル数は200程度です。事前に切り出しや縮小処理をすることを推奨します
- 非圧縮または、gzip圧縮したファイルを利用できます
- Situs パッケージのqvolかqpdbで作成したコードブックベクトルを利用した検索を実行します。
- Omokage比較では、30点と50点の2つのモデルを利用します。
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+Omokage検索について
-お知らせ
-2020年8月12日: 新型コロナ情報
新型コロナ情報
URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php
新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。
関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ
-2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ
新型コロナウイルスの構造データ
- 国際ウイルス分類委員会(ICTV)は、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の病原ウイルスの略称を「SARS-CoV-2」と決定しました。
- 万見で扱っている構造データベースでは、"COVID-19 virus"、"2019-nCoV"といった別称・仮称でも登録されています。こちらでウイルスの詳細と構造データの一覧を見られます。
関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報
+2017年7月12日: PDB大規模アップデート
PDB大規模アップデート
- 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
- 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
- このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
- EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。
外部リンク:
wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。
+2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み
Omokage検索で絞り込み
Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。
関連情報:Omokage検索
+2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました
Omokage検索が速くなりました
- データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
- これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!
関連情報:Omokage検索
-Omokage検索
「カタチ」で構造検索
- Omokage検索は、生体超分子の形状類似性検索サービスです。細部を無視した全体の形状のみの比較により、類似データを検索します。
- 検索の対象となるデータセットは、EMDBのマップデータ、PDBの登録構造（通常は非対称単位、AU）、PDBの生物学的単位(BU)、SASBDBの登録モデルで、合計約20万の構造データからの検索となります。
- EMDB・PDB・SASBDBの登録データ、あるいは利用者所有のオリジナルの構造を使った検索が可能です。
- 対応する形式は、PDB形式(原子モデル、SAXSビーズモデルなど)か、CCP4/MRC形式(3次元密度分布マップ)です。
- 比較はiDRプロファイル法によって行います。
関連情報:3つのデータバンクの比較 / 2014年9月22日: 新規サービス: Omokage検索 / gmfit / gmfitで並べなおし