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万見
- EMDB-74342: Human sterile alpha motif domain-containing protein 9 (SAMD9), sy... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-74342
タイトルHuman sterile alpha motif domain-containing protein 9 (SAMD9), symmetric dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: SAMD9
    • タンパク質・ペプチド: Sterile alpha motif domain-containing protein 9
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードinflammasome / signal transduction ATPases with numerous domains (STAND) / sterile alpha motif / poxvirus restriction factor / ANTIVIRAL PROTEIN / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


endosomal vesicle fusion / innate immune response / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterile alpha motif domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mou Z / Zhang F / Dai X / Xiang Y
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI151638 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM151043 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human sterile alpha motif domain-containing protein 9 (SAMD9), symmetric dimer
著者: Mou Z / Zhang F / Dai X / Xiang Y
履歴
登録2025年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_74342.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_74342.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 337.92 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 337.92 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.0749514 - 2.5470743
平均 (標準偏差)-0.00002067011 (±0.044308826)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_74342_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_74342_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SAMD9

全体名称: SAMD9
要素
  • 複合体: SAMD9
    • タンパク質・ペプチド: Sterile alpha motif domain-containing protein 9
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: SAMD9

超分子名称: SAMD9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 168 kDa/nm

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分子 #1: Sterile alpha motif domain-containing protein 9

分子名称: Sterile alpha motif domain-containing protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 168.699984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDSIDL TCVSYPFDEF SNPYRYKLDF SLQPETGPGN LIDPIHEFKA FTNTATATEE DVKMKFSNEV FRFASACMN SRTNGTIHFG VKDKPHGKIV GIKVTNDTKE ALINHFNLMI NKYFEDHQVQ QAKKCIREPR FVEVLLPNST L SDRFVIEV ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDSIDL TCVSYPFDEF SNPYRYKLDF SLQPETGPGN LIDPIHEFKA FTNTATATEE DVKMKFSNEV FRFASACMN SRTNGTIHFG VKDKPHGKIV GIKVTNDTKE ALINHFNLMI NKYFEDHQVQ QAKKCIREPR FVEVLLPNST L SDRFVIEV DIIPQFSECQ YDYFQIKMQN YNNKIWEQSK KFSLFVRDGT SSKDITKNKV DFRAFKADFK TLAESRKAAE EK FRAKTNK KEREGPKLVK LLTGNQDLLD NSYYEQYILV TNKCHPDQTK HLDFLKEIKW FAVLEFDPES NINGVVKAYK ESR VANLHF PSVYVEQKTT PNETISTLNL YHQPSWIFCN GRLDLDSEKY KPFDPSSWQR ERASDVRKLI SFLTHEDIMP RGKF LVVFL LLSSVDDPRD PLIETFCAFY QDLKGMENIL CICVHPHIFQ GWKDLLEARL IKHQDEISSQ CISALSLEEI NGTIL KLKS VTQSSKRLLP SIGLSTVLLK KEEDIMTALE IICENECEGT LLEKDKNKFL EFKASKEEDF YRGGKVSWWN FYFSSE SYS SPFVKRDKYE RLEAMIQNCA DSSKPTSTKI IHLYHHPGCG GTTLAMHILW ELRKKFRCAV LKNKTVDFSE IGEQVTS LI TYGAMNRQEY VPVLLLVDDF EEQDNVYLLQ YSIQTAIAKK YIRYEKPLVI ILNCMRSQNP EKSARIPDSI AVIQQLSP K EQRAFELKLK EIKEQHKNFE DFYSFMIMKT NFNKEYIENV VRNILKGQNI FTKEAKLFSF LALLNSYVPD TTISLSQCE KFLGIGNKKA FWGTEKFEDK MGTYSTILIK TEVIECGNYC GVRIIHSLIA EFSLEELKKS YHLNKSQIML DMLTENLFFD TGMGKSKFL QDMHTLLLTR HRDEHEGETG NWFSPFIEAL HKDEGNEAVE AVLLESIHRF NPNAFICQAL ARHFYIKKKD F GNALNWAK QAKIIEPDNS YISDTLGQVY KSKIRWWIEE NGGNGNISVD DLIALLDLAE HASSAFKESQ QQSEDREYEV KE RLYPKSK RRYDTYNIAG YQGEIEVGLY TIQILQLIPF FDNKNELSKR YMVNFVSGSS DIPGDPNNEY KLALKNYIPY LTK LKFSLK KSFDFFDEYF VLLKPRNNIK QNEEAKTRRK VAGYFKKYVD IFCLLEESQN NTGLGSKFSE PLQVERCRRN LVAL KADKF SGLLEYLIKS QEDAISTMKC IVNEYTFLLE QCTVKIQSKE KLNFILANII LSCIQPTSRL VKPVEKLKDQ LREVL QPIG LTYQFSEPYF LASLLFWPEN QQLDQHSEQM KEYAQALKNS FKGQYKHMHR TKQPIAYFFL GKGKRLERLV HKGKID QCF KKTPDINSLW QSGDVWKEEK VQELLLRLQG RAENNCLYIE YGINEKITIP ITPAFLGQLR SGRSIEKVSF YLGFSIG GP LAYDIEIV

UniProtKB: Sterile alpha motif domain-containing protein 9

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTrisTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
1.0 mMDTTDithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 508184
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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