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- EMDB-72282: Human Serum Albumin in complex with four nanobodies: N33, nb139, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72282
タイトルHuman Serum Albumin in complex with four nanobodies: N33, nb139, nb39 & nb104
マップデータ
試料
  • 複合体: HSA-nb33-nb77-nb125-N42 complex
    • タンパク質・ペプチド: Serum albumin
    • タンパク質・ペプチド: N33
    • タンパク質・ペプチド: nb139
    • タンパク質・ペプチド: nb39
    • タンパク質・ペプチド: nb104
キーワードNanobody / VHH / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


bilirubin transport / Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / molecular carrier activity / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME ...bilirubin transport / Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / molecular carrier activity / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / Scavenging of heme from plasma / toxic substance binding / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / cellular response to starvation / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / response to nutrient levels / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Platelet degranulation / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / : / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Hang W / Sang Z / Xiang YF / Taylor DJ / Shi Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM154832 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Serum Albumin in complex with four nanobodies: N33, nb139, nb39 & nb104
著者: Sang Z / Huang W / Shi Y
履歴
登録2025年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月25日-
マップ公開2026年3月25日-
更新2026年3月25日-
現状2026年3月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72282.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72282.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 400 pix.
= 351.6 Å		0.88 Å/pix.
x 400 pix.
= 351.6 Å		0.88 Å/pix.
x 400 pix.
= 351.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.879 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.04837825 - 0.1245349
平均 (標準偏差)0.004591237 (±0.0059609585)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 351.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_72282_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_72282_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HSA-nb33-nb77-nb125-N42 complex

全体名称: HSA-nb33-nb77-nb125-N42 complex
要素
  • 複合体: HSA-nb33-nb77-nb125-N42 complex
    • タンパク質・ペプチド: Serum albumin
    • タンパク質・ペプチド: N33
    • タンパク質・ペプチド: nb139
    • タンパク質・ペプチド: nb39
    • タンパク質・ペプチド: nb104

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超分子 #1: HSA-nb33-nb77-nb125-N42 complex

超分子名称: HSA-nb33-nb77-nb125-N42 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Serum albumin

分子名称: Serum albumin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.571219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DAHKSEVAHR FKDLGEENFK ALVLIAFAQY LQQCPFEDHV KLVNEVTEFA KTCVADESAE NCDKSLHTLF GDKLCTVATL RETYGEMAD CCAKQEPERN ECFLQHKDDN PNLPRLVRPE VDVMCTAFHD NEETFLKKYL YEIARRHPYF YAPELLFFAK R YKAAFTEC ...文字列:
DAHKSEVAHR FKDLGEENFK ALVLIAFAQY LQQCPFEDHV KLVNEVTEFA KTCVADESAE NCDKSLHTLF GDKLCTVATL RETYGEMAD CCAKQEPERN ECFLQHKDDN PNLPRLVRPE VDVMCTAFHD NEETFLKKYL YEIARRHPYF YAPELLFFAK R YKAAFTEC CQAADKAACL LPKLDELRDE GKASSAKQRL KCASLQKFGE RAFKAWAVAR LSQRFPKAEF AEVSKLVTDL TK VHTECCH GDLLECADDR ADLAKYICEN QDSISSKLKE CCEKPLLEKS HCIAEVENDE MPADLPSLAA DFVESKDVCK NYA EAKDVF LGMFLYEYAR RHPDYSVVLL LRLAKTYETT LEKCCAAADP HECYAKVFDE FKPLVEEPQN LIKQNCELFE QLGE YKFQN ALLVRYTKKV PQVSTPTLVE VSRNLGKVGS KCCKHPEAKR MPCAEDYLSV VLNQLCVLHE KTPVSDRVTK CCTES LVNR RPCFSALEVD ETYVPKEFNA ETFTFHADIC TLSEKERQIK KQTALVELVK HKPKATKEQL KAVMDDFAAF VEKCCK ADD KETCFAEEGK KLVAASQAAL GL

UniProtKB: Albumin

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分子 #2: N33

分子名称: N33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.460989 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
HVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASDTIDN YARAWFRQAP GKEREFVAAI TWTFGTPYYT DSVKGRFTIS RDDAKNTVYL QMNSLKPED TAVYYCAASL YLPVRTASGG YRLDTDRPQY WGQGTQVTVS SE

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分子 #3: nb139

分子名称: nb139 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.725168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AQVQLVESGG GAVQAGGSLQ LSCRASGRTF SPYVMGWFRQ APGKEREFVG LITWSGGTSY ADSVRGRFTA SRDRVKNTVY LQMNSLKPE DTAVYYCAAA YGAGYYVHER QYDYWGQGTQ VTVSEP

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分子 #4: nb39

分子名称: nb39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.773204 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AHVQLVESGG GLVQAGGSLR VSCAASGREF SNYGMGWFRQ APGKEREFVA TISWNGRITF YADSVKGRFT ISRDNAEKTG YLQMNSLKP EDTALYYCAA ETSGWGSKVV PNYDYWGQGT QVTVSEP

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分子 #5: nb104

分子名称: nb104 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.40478 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AEVQLVESGG GLAQAGGSLR LSCAASGRTF SNSCMGWFRQ APGKEREFVA TIRSTGHASY ADSVEGRFTV SRDIAKNTVY LEMNSLKPD DTAVYICGAG VSDYGCYRTS GYNSWGQGTQ VTVSEPK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / 使用した粒子像数: 291872
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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