[日本語] English
万見
- EMDB-70353: Clone 2.1 Fab in complex with chicken IgY CH2 domain (local refin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70353
タイトルClone 2.1 Fab in complex with chicken IgY CH2 domain (local refinement)
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Clone 2.1 Fab in complex with chicken IgY CH2 domain
    • タンパク質・ペプチド: chicken IgY heavy chain,Ig-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Clone 2.1 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Clone 2.1 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードgerminal center evolution / antibody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Ozorowski G / Alkutkar T / Ward AB
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Replaying germinal center evolution on a quantified affinity landscape.
著者: William S DeWitt / Ashni A Vora / Tatsuya Araki / Jared G Galloway / Tanwee Alkutkar / Juliana Bortolatto / Tiago B R Castro / Will Dumm / Chris Jennings-Shaffer / Tongqiu Jia / Luka Mesin / ...著者: William S DeWitt / Ashni A Vora / Tatsuya Araki / Jared G Galloway / Tanwee Alkutkar / Juliana Bortolatto / Tiago B R Castro / Will Dumm / Chris Jennings-Shaffer / Tongqiu Jia / Luka Mesin / Gabriel Ozorowski / Juhee Pae / Duncan K Ralph / Jesse D Bloom / Armita Nourmohammad / Yun S Song / Andrew B Ward / Tyler N Starr / Frederick A Matsen / Gabriel D Victora
要旨: Darwinian evolution of immunoglobulin genes within germinal centers (GC) underlies the progressive increase in antibody affinity following antigen exposure. Whereas the mechanics of how competition ...Darwinian evolution of immunoglobulin genes within germinal centers (GC) underlies the progressive increase in antibody affinity following antigen exposure. Whereas the mechanics of how competition between GC B cells drives increased affinity are well established, the dynamical evolutionary features of this process remain poorly characterized. We devised an experimental evolution model in which we "replay" over one hundred instances of a clonally homogenous GC reaction and follow the selective process by assigning affinities to all cells using deep mutational scanning. Our data reveal how GCs achieve predictable evolutionary outcomes through the cumulative effects of many rounds of imperfect selection, acting on a landscape shaped heavily by somatic hypermutation (SHM) targeting biases. Using time-calibrated models, we show that apparent features of GC evolution such as permissiveness to low-affinity lineages and early plateauing of affinity are best explained by survivorship biases that distort our view of how affinity progresses over time.
履歴
登録2025年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_70353.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70353.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.54027253 - 1.0693078
平均 (標準偏差)0.00026441703 (±0.022180472)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 294.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_70353_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_70353_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_70353_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Clone 2.1 Fab in complex with chicken IgY CH2 domain

全体名称: Clone 2.1 Fab in complex with chicken IgY CH2 domain
要素
  • 複合体: Clone 2.1 Fab in complex with chicken IgY CH2 domain
    • タンパク質・ペプチド: chicken IgY heavy chain,Ig-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Clone 2.1 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Clone 2.1 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Clone 2.1 Fab in complex with chicken IgY CH2 domain

超分子名称: Clone 2.1 Fab in complex with chicken IgY CH2 domain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
分子 #1: chicken IgY heavy chain,Ig-like domain-containing protein

分子名称: chicken IgY heavy chain,Ig-like domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 59.474793 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AVTLDESGGG LQTPGGTLSL VCEGSGFTFS SFHMQWVRQA LGKGLEWVAG ISGSGKYTSY GAAVKGRATI SRDNGQSTVR LQLNNLKAE DTGTYYCTRS SCGGCCDWSP YTTGCGAYST GTIDAWGHGT EVIVSSASPT SPPRLYPLSA CCSDSAVPPA V GCLLSPSS ...文字列:
AVTLDESGGG LQTPGGTLSL VCEGSGFTFS SFHMQWVRQA LGKGLEWVAG ISGSGKYTSY GAAVKGRATI SRDNGQSTVR LQLNNLKAE DTGTYYCTRS SCGGCCDWSP YTTGCGAYST GTIDAWGHGT EVIVSSASPT SPPRLYPLSA CCSDSAVPPA V GCLLSPSS AGGISWEGSG GTAVAGRVSG TPVKLSFVRL SPGEKRKSFV CSAAPGGALL KKEVQVCRVD PVPPVAPEVQ VL HPSSCTP SQSESVELLC LVTGFSPASA EVEWLVDGVG GLLVASQSPA VRSGSTYSLS SRVNVSGTDW REGKSYSCRV RHP ATNTVV EDHVKGCPDG AQSCSPIQLY AIPPSPGELY ISLDAKLRCL VVNLPSDSSL SVTWTREKSG NLRPDPMVLQ EHFN GTYSA SSAVPVSTQD WLSGERFTCT VQHEELPLPL SKSVYRNTGP TTPPLIYPFA PHPEELSLSR VTLSCLVRGF RPRDI EIRW LRDHRAVPAT EFVTTAVLPE ERTANGAGGD GDTFFVYSKM SVETAKWNGG TVFACMAVHE ALPMRFSQRT LQKQAG K

UniProtKB: Ig-like domain-containing protein

-
分子 #2: Clone 2.1 Fab heavy chain

分子名称: Clone 2.1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.972678 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLQESGPS LVKPSQTLSL TCSVTGASIT SGYWNWIRKF PGNRLEYMGY ISYSGGTYYN PSLKSRISIT RDTSKNQYYL QLNSVTTED TATYYCARDF DVWGAGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSGALT S GVHTFPAV ...文字列:
EVQLQESGPS LVKPSQTLSL TCSVTGASIT SGYWNWIRKF PGNRLEYMGY ISYSGGTYYN PSLKSRISIT RDTSKNQYYL QLNSVTTED TATYYCARDF DVWGAGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSGALT S GVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSCDKT HTSRHHHHHH SGSDYKDDDD K

-
分子 #3: Clone 2.1 Fab light chain

分子名称: Clone 2.1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.56107 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSQKF MSTSVGDRVS VTCKASQNVG TNVGWFQQKP GQSPKSLIYS ASYRYSGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNVQS EDLAEYFCH QYYSYPLTFG SGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIVMTQSQKF MSTSVGDRVS VTCKASQNVG TNVGWFQQKP GQSPKSLIYS ASYRYSGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNVQS EDLAEYFCH QYYSYPLTFG SGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

-
分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 346259
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る