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万見
- EMDB-68046: BaCas12a3 binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-68046
タイトルBaCas12a3 binary complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternay complex of crRNA and target RNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas12a3 binary complex
    • RNA: RNA (43-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCas12 / Complex / CRISPR-Cas / nuclease / IMMUNE SYSTEM/RNA / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
生物種Bacteroidales bacterium (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Ji S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: BaCas12a3 represents a new subtype of type V CRISPR effector
著者: Ji S
履歴
登録2025年12月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月14日-
マップ公開2026年1月14日-
更新2026年1月14日-
現状2026年1月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_68046.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_68046.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 775.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.445 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.04621669 - 0.13115673
平均 (標準偏差)-0.000026775026 (±0.003019572)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ588588588
Spacing588588588
セルA=B=C: 261.66 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: HalfB

ファイルemd_68046_half_map_1.map
注釈HalfB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HalfA

ファイルemd_68046_half_map_2.map
注釈HalfA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternay complex of crRNA and target RNA

全体名称: Ternay complex of crRNA and target RNA
要素
  • 複合体: Ternay complex of crRNA and target RNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas12a3 binary complex
    • RNA: RNA (43-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Ternay complex of crRNA and target RNA

超分子名称: Ternay complex of crRNA and target RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Bacteroidales bacterium (バクテリア)

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分子 #1: Cas12a3 binary complex

分子名称: Cas12a3 binary complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroidales bacterium (バクテリア)
分子量理論値: 138.106094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDFIKTTKAV RFRLESNNEN TLIQESINNL NSRKEFDLNT FVDDLDAFIN DCNAFLFCSK NKGRREIFYV NPSLIVKNEW LKKYAKQDL AELKQNHTAQ RVQYKIGDID GLCYRIQDLI DDLDDIYVKL CDDASAELHE RAKRAQTALL LKRLFANNAL P CLVSLIDN ...文字列:
MDFIKTTKAV RFRLESNNEN TLIQESINNL NSRKEFDLNT FVDDLDAFIN DCNAFLFCSK NKGRREIFYV NPSLIVKNEW LKKYAKQDL AELKQNHTAQ RVQYKIGDID GLCYRIQDLI DDLDDIYVKL CDDASAELHE RAKRAQTALL LKRLFANNAL P CLVSLIDN TVDKNEKDNL SLKLKSLGKK LLAQLELGIQ EYLPEQSSGV NIAKASFNYY TINKKPIDYD RKIEELSDKL VT TLDFWKR DGSCNFNKSL WKLIEVKSEG KTLYLGDSPL SDTDEYASLR QILKNILAEQ KAEFSEKMQE KISYEDLTKS DLF LFNNIS KEEYNGYLEL TNQIEELATD INQEDNEYKL KKLRSDLMKL KKNRGSLINA ADRRTKEKFK TYKSFADFYR KVSQ RHGKI LAQLKGIEKE RSESQLLQYW ALMLEVNNQH KLVLIPKDKA QECKSRLESS NEQAQGTKLY WFESFTFRSL QKLCF GNLE NGSNSFYPGI RKELQYKYST EDRNGYPQFI SGEFEFKGDE QKKIQFYKDV LNTKYAQSAL SFPKEEVKRN IIEKDF ESL DDFVIALEQI CYQRYVCVNS HMINALGSYF NAQILDITSL DLRNPLNSQE KETVYAHADK KHTEIWKKFW TADNEKD NF DIRLNPEITI TYRKPKESRI AKYGVESDKY DANKKNRYLH DQLTLVTTIS EHSNSPAKNL AFTTDAELKD MIERFNAE I KKEKIKFALG IDNGEVELST LGVYLPGFKK DTKEEVFAEL KKVDEYGFKV LEIRNLRYSE NDYNGKERRI IQNPSYFMN KELYCRTFNK TAAEYDAMFA EVFEEKQLLT LDLTTAKVIN GHIVTNGDVI SLFNLWMRHA QRSIYEMNDH AIKETANDIV LKRSETLND AEKRKFIDYL NGKNKKYEDL SEREKSEYVK WVYRIWGGDY SEYGKNKAFA EISKGQRVGD YLNNVLVAVT F TGKELTNV VDIFDIRNVF KFKEDFYSLK SETEIMEEVN KYNVKNTKSI SNEELDLKLN QLKSSLVANV VGVIDFLYKQ YK ERFGGDG IIVKEGFDSA KVESDREKFS GNIYRLLERK LYQKFQNYGL VPPVKNLMLM RDVDLNDTNE FMQLGNICFV GYE GTSQNC PVCEKGRLGH TEKCSDNCGF ESKGIMHSND GIAGYNIAKR GFNNFMRKAA LEHHHHHH

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分子 #2: RNA (43-MER)

分子名称: RNA (43-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacteroidales bacterium (バクテリア)
分子量理論値: 13.539866 KDa
配列文字列:
AAUUUCUACU AUUGUAGAUA AGUUUGUUCA AUUUCUUCUC UGU

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Coot / 使用した粒子像数: 484846
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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