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- EMDB-65611: Structure of Csm6 from Actinomyces procaprae in complex with cycl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65611
タイトルStructure of Csm6 from Actinomyces procaprae in complex with cyclic penta-adenylate
マップデータ
試料
  • 複合体: ApCsm6-cA5 complex
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Csm6
キーワードCsm6 / Ancillary Nuclease / Allosteric activation / Cyclic Oligoadenylate / Type III CRISPR / IMMUNE SYSTEM/RNA / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
生物種Actinomyces procaprae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Lin Z / Gao H / Shi R / Yang M / Liu Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2026
タイトル: Mechanistic basis for selective Csm6-2 activation by cyclic penta-adenylate in a type III CRISPR-Cas system.
著者: Ruyi Shi / Mengquan Yang / Yusong Liu / Haishan Gao / Zhonghui Lin /
要旨: Type III CRISPR systems generate cyclic oligoadenylate (cOA, 3 to 6 AMPs) messengers upon detecting viral RNA, activating downstream effectors to defend against viral infection. Although cOA- ...Type III CRISPR systems generate cyclic oligoadenylate (cOA, 3 to 6 AMPs) messengers upon detecting viral RNA, activating downstream effectors to defend against viral infection. Although cOA-activated effectors have been extensively characterized, the effectors specific to cA5-one of the most abundant cOA species produced during phage infection-have remained unexplored. Here, we report that the CRISPR ribonuclease Csm6 (Csm6-2) from Actinomyces procaprae selectively employs cA5 as its activator. Csm6-2 utilizes its HEPN domain, rather than the CARF domain, to mediate self-limiting cleavage of cOA activators. Cryo-EM structural analyses reveal that Csm6-2 functions as a homotetramer, and disruption of tetramer formation significantly reduces its ribonuclease activity. Although cA6 and cA5 bind Csm6-2 with comparable affinity, only cA5 induces CARF domain closure, stabilizes the tetramer, and remodels the active site in the HEPN domain. In contrast, the sixth AMP of cA6 imposes significant steric hindrance on CARF domain movement, preventing its closure and subsequent allosteric activation. These findings expand our understanding of the cOA signaling diversity and specific cOA recognition mechanisms in type III CRISPR immunity.
履歴
登録2025年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月4日-
マップ公開2026年3月4日-
更新2026年4月22日-
現状2026年4月22日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65611.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 280 pix.
= 271.6 Å		0.97 Å/pix.
x 280 pix.
= 271.6 Å		0.97 Å/pix.
x 280 pix.
= 271.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-1.3166307 - 3.005591
平均 (標準偏差)-0.00019623425 (±0.06921665)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 271.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65611_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65611_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ApCsm6-cA5 complex

全体名称: ApCsm6-cA5 complex
要素
  • 複合体: ApCsm6-cA5 complex
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Csm6

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超分子 #1: ApCsm6-cA5 complex

超分子名称: ApCsm6-cA5 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Actinomyces procaprae (バクテリア)

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分子 #1: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 4
由来(天然)生物種: Actinomyces procaprae (バクテリア)
分子量理論値: 1.601072 KDa
配列文字列:
AAAAA

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分子 #2: Csm6

分子名称: Csm6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Actinomyces procaprae (バクテリア)
分子量理論値: 85.47032 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTVLVHIVGE GDLGSDILKL KGEQRKQARH AGVTALRTAA VGGTASTPAE AVGLLLDGAA SRDHKSRFAR TPLALELGAI QAECRSGQV HVLLLGSNSG DGATADIAEA LAALLACDEV RAVLHEQYGL EVTAELRADG NLNEQVGRGD LSSWVESAYG T AADRPVVV ...文字列:
MTVLVHIVGE GDLGSDILKL KGEQRKQARH AGVTALRTAA VGGTASTPAE AVGLLLDGAA SRDHKSRFAR TPLALELGAI QAECRSGQV HVLLLGSNSG DGATADIAEA LAALLACDEV RAVLHEQYGL EVTAELRADG NLNEQVGRGD LSSWVESAYG T AADRPVVV SMIGGATMMC LSAMGVVDQL GYDWRLAVAG SPDDDAARLV RRGHHGDAPF YWLRALGYLE QAAAWAQEHD RE ELIDGEH SRLQGDIDAV FGSAGRDDVS SSVTDEQLAS LVAVEMARAD NGAGLAVRAW VEKHYEALLA EENADRGQDD QIS SVFKRL PGKELGKVLG MVRDEQLDQH SASAAWLLKT GDRLRPVGNR AVADAAAPTA SELATIKNVP ELWRRVPSWM HWPG QGRVL YICGIGAGYR PPSVIERVME AGPGQELKRA VPGGMLEGGG VGEVDFLLLH SADPGSKRTA VKTCASVLLT TPKDG MIAS GVDIIDYGGV SRDQFLAVEE TSRKVAGIVR EVLETKRPSA VAVVGLGQKG AVIGALEAAQ AWCAGHAVPL FVETSV QPG QNIKQPGMQF HRIALHNDAE AALRAAAAAS LSSLNLLSAV RVLSAGDRDM DVQAQECDKL REEYLEAVNT KDPDAYA GV LLSVMETIHK LCQEAEGDVD PRLVVVVAEA VNFPRRGKKV AETLFRERYA WQGKENGYSA EWSEVDACGR GDLLRLLY E VRNEVRLTHG DSSVDEAVRA VMRNRFIRIS DDFGYEGLLK RAIASVKGGA ENLGIDVDDS WAERFQALRG WAEGRS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTris-HClHydroxymethyl Aminomethane Hydrochloride
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TITAN THEMIS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 143783
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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