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- EMDB-65525: Cryo-EM structure of a Fungal XPR1 with InsP6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65525
タイトルCryo-EM structure of a Fungal XPR1 with InsP6
マップデータ
試料
  • 複合体: SpXPR1 with InsP6
    • タンパク質・ペプチド: Protein SYG1 homolog
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードphosphate exporter / dimer / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate ion export across plasma membrane / phosphate transmembrane transporter activity / phosphate ion transport / cellular response to phosphate starvation / inositol hexakisphosphate binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EXS, C-terminal / EXS family / EXS domain profile. / SPX domain / SPX domain / SPX domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphate exporter spx2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) / Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Shen HZ / Yang H / Wang YC
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2024YFA0916903 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the gating mechanism of a fission yeast phosphate exporter SpXpr1
著者: Shen HZ / Yang H / Wang YC
履歴
登録2025年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65525.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65525.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 391.32 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 391.32 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 391.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.782
最小 - 最大-3.1530635 - 5.727275
平均 (標準偏差)-0.0016196128 (±0.07829868)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 391.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65525_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65525_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SpXPR1 with InsP6

全体名称: SpXPR1 with InsP6
要素
  • 複合体: SpXPR1 with InsP6
    • タンパク質・ペプチド: Protein SYG1 homolog
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: SpXPR1 with InsP6

超分子名称: SpXPR1 with InsP6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)

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分子 #1: Protein SYG1 homolog

分子名称: Protein SYG1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / 株: 972
分子量理論値: 82.913281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKG GSGSGGSGSG SSGSTGKFGK VIEGQSVAEW ASAYFDYKKG KKIIAGIAKN PSEGLYGTSG ILGETPEEAI VKRGQIHRF HPLFQEFLDQ QANKVEEFFE NLVSDARERM DLISDQVDIY EKLRAFKKGT LESGSVVLIQ KQHSKLRQRL D SILNFSRL ...文字列:
MDYKDDDDKG GSGSGGSGSG SSGSTGKFGK VIEGQSVAEW ASAYFDYKKG KKIIAGIAKN PSEGLYGTSG ILGETPEEAI VKRGQIHRF HPLFQEFLDQ QANKVEEFFE NLVSDARERM DLISDQVDIY EKLRAFKKGT LESGSVVLIQ KQHSKLRQRL D SILNFSRL QPAYHIPARK SVPTDAYTPM VSYRKLKSKL KTTLLDFYDY LKLVSQYQHL NQQAFRKIVK KYDKTLHTDL QG FWVDYMS RYTFTDFSIT TNWQLHVEDI YARLFTNHNK KLALEHLKSF RQKEHFSANS MRFGLLFGAG LPLAIEAACY YNA TEQSSY LLQIWGGFFL VIFAFVLFDL DCYVWEKTRV NYMLIFEFNQ RKSLNWRQHL EIVGAVFFIF SLFFFLCMRN FFPG FTIYF PALFLGVVGT FLIAPVIVPY WRMRRYLIIQ LIRVFLSGLS TVHFQDFFFA DQMVSLTYAC GNISLFFCLY KRLWR QPQL CNSSHSPLLG FFTTLPGILR VFQCFRRYSD SLKSFPHLVN ALKYIFNILA QMFLSLWRIH PGLKYRVLYT IFAGVN SLF SYTWDILMDW NLLVRKDGRW QFREHRILKQ LWPYIIAMIL NFIVRSSFIF YCIFPNHIQH SSGISFFVTL AEIMRRC MW NILRVEHEEI YNRENLRAAR ELKPLDFVKP HSDVFVSHQI SSDKNYTDDE DSMDDQTDVD EAQFS

UniProtKB: Phosphate exporter spx2

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分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 18 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #3: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradeca...

分子名称: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: 8PE
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-8PE:
(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / リン脂質*YM

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分子 #4: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

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分子 #5: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHENIX / 使用した粒子像数: 226844
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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