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- EMDB-65005: The cryo-EM structure of human Piezo2-MDFIC2 complex (composite map) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65005
タイトルThe cryo-EM structure of human Piezo2-MDFIC2 complex (composite map)
マップデータThe composite map of hPiezo2-hMDFIC2 complex
試料
  • 複合体: The cryo-EM structure of human Piezo2-MDFIC2 complex (composite map)
    • タンパク質・ペプチド: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 2,Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: MyoD family inhibitor domain-containing protein 2
キーワードPiezo2 / mechanosensitive channel / MDFIC2 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic cation channel activity / cuticular plate / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / detection of mechanical stimulus / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / stereocilium / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of JNK cascade / neuronal cell body membrane / monoatomic cation transport ...mechanosensitive monoatomic cation channel activity / cuticular plate / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / detection of mechanical stimulus / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / stereocilium / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of JNK cascade / neuronal cell body membrane / monoatomic cation transport / response to mechanical stimulus / monoatomic cation channel activity / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / regulation of membrane potential / cellular response to mechanical stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MyoD family inhibitor / MyoD family inhibitor/MyoD family inhibitor domain-containing protein / Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain / : / : / : / Piezo non-specific cation channel, cap domain / Piezo TM25-28 ...MyoD family inhibitor / MyoD family inhibitor/MyoD family inhibitor domain-containing protein / Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain / : / : / : / Piezo non-specific cation channel, cap domain / Piezo TM25-28 / Piezo1-like, transmembrane helical unit / Piezo TM1-24 / Piezo, THU9 and anchor domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
MyoD family inhibitor domain-containing protein 2 / Green fluorescent protein / Piezo-type mechanosensitive ion channel component 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Zhang Y / Dai F
資金援助 中国, オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022ZD0207400 中国
Australian Research Council (ARC)FT220100159 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2026
タイトル: MDFIC2 is a sensory neuron-specific PIEZO channel auxiliary subunit
著者: Zhang Y / Dai F
履歴
登録2025年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65005.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65005.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The composite map of hPiezo2-hMDFIC2 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 422. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 422. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 422. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.26
最小 - 最大-0.1318845 - 3.954802
平均 (標準偏差)0.01868108 (±0.06575788)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 421.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The cryo-EM structure of human Piezo2-MDFIC2 complex (composite map)

全体名称: The cryo-EM structure of human Piezo2-MDFIC2 complex (composite map)
要素
  • 複合体: The cryo-EM structure of human Piezo2-MDFIC2 complex (composite map)
    • タンパク質・ペプチド: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 2,Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: MyoD family inhibitor domain-containing protein 2

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超分子 #1: The cryo-EM structure of human Piezo2-MDFIC2 complex (composite map)

超分子名称: The cryo-EM structure of human Piezo2-MDFIC2 complex (composite map)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 2,Green fluores...

分子名称: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 2,Green fluorescent protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 348.501656 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASEVVCGLI FRLLLPICLA VACAFRYNGL SFVYLIYLLL IPLFSEPTKT TMQGHTGRLL KSLCFISLSF LLLHIIFHIT LVSLEAQHR IAPGYNCSTW EKTFRQIGFE SLKGADAGNG IRVFVPDIGM FIASLTIWLL CRNIVQKPVT DEAAQSNPEF E NEELAEGE ...文字列:
MASEVVCGLI FRLLLPICLA VACAFRYNGL SFVYLIYLLL IPLFSEPTKT TMQGHTGRLL KSLCFISLSF LLLHIIFHIT LVSLEAQHR IAPGYNCSTW EKTFRQIGFE SLKGADAGNG IRVFVPDIGM FIASLTIWLL CRNIVQKPVT DEAAQSNPEF E NEELAEGE KIDSEEALIY EEDFNGGDGV EGELEESTKL KMFRRLASVA SKLKEFIGNM ITTAGKVVVT ILLGSSGMML PS LTSSVYF FVFLGLCTWW SWCRTFDPLL FSCLCVLLAI FTAGHLIGLY LYQFQFFQEA VPPNDYYARL FGIKSVIQTD CSS TWKIIV NPDLSWYHHA NPILLLVMYY TLATLIRIWL QEPLVQDEGT KEEDKALACS PIQITAGRRR SLWYATHYPT DERK LLSMT QDDYKPSDGL LVTVNGNPVD YHTIHPSLPM ENGPGKADLY STPQYRWEPS DESSEKREEE EEEKEEFEEE RSREE KRSI KVHAMVSVFQ FIMKQSYICA LIAMMAWSIT YHSWLTFVLL IWSCTLWMIR NRRKYAMISS PFMVVYGNLL LILQYI WSF ELPEIKKVPG FLEKKEPGEL ASKILFTITF WLLLRQHLTE QKALQEKEAL LSEVKIGSQE NEEKDEELQD IQVEGEP KE EEEEEAKEEK QERKKVEQEE AEEEDEQDIM KVLGNLVVAM FIKYWIYVCG GMFFFVSFEG KIVMYKIIYM VLFLFCVA L YQVHYEWWRK ILKYFWMSVV IYTMLVLIFI YTYQFENFPG LWQNMTGLKK EKLEDLGLKQ FTVAELFTRI FIPTSFLLV CILHLHYFHD RFLELTDLKS IPSKEDNTIY RLAHPEGSLP DLTMMHLTAS LEKPEVRKLA EPGEEKLEGY SEKAQKGDLG KDSEESEED GEEEEESEEE EETSDLRNKW HLVIDRLTVL FLKFLEYFHK LQVFMWWILE LHIIKIVSSY IIWVSVKEVS L FNYVFLIS WAFALPYAKL RRLASSVCTV WTCVIIVCKM LYQLQTIKPE NFSVNCSLPN ENQTNIPFNE LNKSLLYSAP ID PTEWVGL RKSSPLLVYL RNNLLMLAIL AFEVTIYRHQ EYYRGRNNLT APVSRTIFHD ITRLHLDDGL INCAKYFINY FFY KFGLET CFLMSVNVIG QRMDFYAMIH ACWLIAVLYR RRRKAIAEIW PKYCCFLACI ITFQYFICIG IPPAPCRDYP WRFK GASFN DNIIKWLYFP DFIVRPNPVF LVYDFMLLLC ASLQRQIFED ENKAAVRIMA GDNVEICMNL DAASFSQHNP VPDFI HCRS YLDMSKVIIF SYLFWFVLTI IFITGTTRIS IFCMGYLVAC FYFLLFGGDL LLKPIKSILR YWDWLIAYNV FVITMK NIL SIGACGYIGT LVHNSCWLIQ AFSLACTVKG YQMPAANSPC TLPSGEAGII WDSICFAFLL LQRRVFMSYY FLHVVAD IK ASQILASRGA ELFQATIVKA VKARIEEEKK SMDQLKRQMD RIKARQQKYK KGKERMLSLT QEPGEGQDMQ KLSEEDDE R EADKQKAKGK KKQWWRPWVD HASMVRSGDY YLFETDSEEE EEEELKKEDE EPPRRSAFQF VYQAWITDPK TALRQRHKE KKRSAREERK RRRKGSKEGP VEWEDREDEP IKKKSDGPDN IIKRIFNILK FTWVLFLATV DSFTTWLNSI SREHIDISTV LRIERCMLT REIKKGNVPT RESIHMYYQN HIMNLSRESG LDTIDEHPGA ASGAQTAHRM DSLDSHDSIS SEPTQCTMLY S RQGTTETI EEVEAEQEEE AGSTAPEPRE AKEYEATGYD VGAMGAEEAS LTPEEELTQF STLDGDVEAP PSYSKAVSFE HL SFGSQDD SAGKNRMAVS PDDSRTDKLG SSILPPLTHE LTASELLLKK MFHDDELEES EKFYVGQPRF LLLFYAMYNT LVA RSEMVC YFVIILNHMV SASMITLLLP ILIFLWAMLS VPRPSRRFWM MAIVYTEVAI VVKYFFQFGF FPWNKNVEVN KDKP YHPPN IIGVEKKEGY VLYDLIQLLA LFFHRSILKC HGLWDEDDMT ESGMAREESD DELSLGHGRR DSSDSLKSIN LAASV ESVH VTFPEQQTAV RRKRSGSSSE PSQRSSFSSN RSQRGSTSTR NSSQKGSSVL SIKQKGKREL YMEKLQEHLI KAKAFT IKK TLEIYVPIKQ FFYNLIHPEY SAVTDVYVLM FLADTVDFII IVFGFWAFGK HSAAADITSS LSEDQVPGPF LVMVLIQ FG TMVVDRALYL RKTVLGKVIF QVILVFGIHF WMFFILPGVT ERKFSQNLVA QLWYFVKCVY FGLSAYQIRC GYPTRVLG N FLTKSYNYVN LFLFQGFRLV PFLTELRAVM DWVWTDTTLS LSSWICVEDI YAHIFILKCW RESEKRYPQP RGQKKKKVV KYGMGGMIIV LLICIVWFPL LFMSLIKSVA GVINQPLDVS VTITLGGYQP IFTMSAQQSQ LKVMDQQSFN KFIQAFSRDT GAMQFLENY EKEDITVAEL EGNSNSLWTI SPPSKQKMIH ELLDPNSSFS VVFSWSIQRN LSLGAKSEIA TDKLSFPLKN I TRKNIAKM IAGNSTESSK TPVTIEKIYP YYVKAPSDSN SKPIKQLLSE NNFMDITIIL SRDNTTKYNS EWWVLNLTGN RI YNPNSQA LELVVFNDKV SPPSLGFLAG YGIMGLYASV VLVIGKFVRE FFSGISHSIM FEELPNVDRI LKLCTDIFLV RET GELELE EDLYAKLIFL YRSPETMIKW TREKTNSNSL EVLFQGPTAA AAVSKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VSGE GEGDA TYGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTLTYG VQCFSRYPDH MKQHDFFKSA MPEGYVQERT IFFKDDGNYK TRAEV KFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI LGHKLEYNYN SHNVYIMADK QKNGIKVNFK IRHNIEDGSV QLADHYQQNT PIGDGP VLL PDNHYLSTQS KLSKDPNEKR DHMVLLEFVT AAGITLGMDE LYKSGGGHHH HHHHHHH

UniProtKB: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 2, Green fluorescent protein

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分子 #2: MyoD family inhibitor domain-containing protein 2

分子名称: MyoD family inhibitor domain-containing protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.934555 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKG LEVLFQGPGS STMSETELEK IKVRTAEHLE NDKNNISWLK EDTQLTNAKH ADEKPINAIV INSVSDFNIT DGPAKENPN EKKLSESSTS LSSLEECQTT FSYLQTDTSV HHRDTDEECA SLILACLFCQ FWDCLLMLPG TCETVCTKMC C PSRRYHHT ...文字列:
MDYKDDDDKG LEVLFQGPGS STMSETELEK IKVRTAEHLE NDKNNISWLK EDTQLTNAKH ADEKPINAIV INSVSDFNIT DGPAKENPN EKKLSESSTS LSSLEECQTT FSYLQTDTSV HHRDTDEECA SLILACLFCQ FWDCLLMLPG TCETVCTKMC C PSRRYHHT SDENHSRNDC SCNCDMDCSL FESCHETSEC LELAMEISEI CYR

UniProtKB: MyoD family inhibitor domain-containing protein 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.41 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AF2 predicted model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 203045
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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