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- EMDB-63875: Cryo-EM structure of Pyruvate carboxylase from Mycobacterium tube... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63875
タイトルCryo-EM structure of Pyruvate carboxylase from Mycobacterium tuberculosis in complex with acetyl-CoA and ADP
マップデータ
試料
  • 複合体: Pyruvate carboxylase protein with ACO and ADP
    • タンパク質・ペプチド: Pyruvate Carboxylase
キーワードPyruvate Carboxylase / Pyruvate / Acetyl CoA / Mycobacterium tuberculosis / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / biotin carboxylase activity / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain ...: / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Aldolase-type TIM barrel / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37RV (結核菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Singh A / Sharma D / Raza M / Singh S / Das U
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo EM structure of Mycobacterium tuberculosis Pyruvate carboxylase
著者: Das U / Singh A
履歴
登録2025年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63875.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63875.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 309.6 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 309.6 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 309.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0143
最小 - 最大-0.052928943 - 0.15294401
平均 (標準偏差)0.00019305728 (±0.0054630497)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 309.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63875_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map by DeepEmhancer

ファイルemd_63875_additional_1.map
注釈Sharpened map by DeepEmhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_63875_half_map_1.map
注釈half_map_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_63875_half_map_2.map
注釈half_map_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pyruvate carboxylase protein with ACO and ADP

全体名称: Pyruvate carboxylase protein with ACO and ADP
要素
  • 複合体: Pyruvate carboxylase protein with ACO and ADP
    • タンパク質・ペプチド: Pyruvate Carboxylase

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超分子 #1: Pyruvate carboxylase protein with ACO and ADP

超分子名称: Pyruvate carboxylase protein with ACO and ADP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37RV (結核菌)

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分子 #1: Pyruvate Carboxylase

分子名称: Pyruvate Carboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: pyruvate carboxylase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MFSKVLVANR GEIAIRAFRA AYELGVGTVA VYPYEDRNSQ HRLKADESYQ IGDIGHPVHA YLSVDEIVAT ARRAGADAIY PGYGFLSENP DLAAACAAAG ISFVGPSAEV LELAGNKSRA IAAAREAGLP VLMSSAPSAS VDELLSVAAG MPFPLFVKAV AGGGGRGMRR ...文字列:
MFSKVLVANR GEIAIRAFRA AYELGVGTVA VYPYEDRNSQ HRLKADESYQ IGDIGHPVHA YLSVDEIVAT ARRAGADAIY PGYGFLSENP DLAAACAAAG ISFVGPSAEV LELAGNKSRA IAAAREAGLP VLMSSAPSAS VDELLSVAAG MPFPLFVKAV AGGGGRGMRR VGDIAALPEA IEAASREAES AFGDPTVYLE QAVINPRHIE VQILADNLGD VIHLYERDCS VQRRHQKVIE LAPAPHLDAE LRYKMCVDAV AFARHIGYSC AGTVEFLLDE RGEYVFIEMN PRVQVEHTVT EEITDVDLVA SQLRIAAGET LEQLGLRQED IAPHGAALQC RITTEDPANG FRPDTGRISA LRTAGGAGVR LDGSTNLGAE ISPYFDSMLV KLTCRGRDLP TAVSRARRAI AEFRIRGVST NIPFLQAVLD DPDFRAGRVT TSFIDERPQL LTARASADRG TKILNFLADV TVNNPYGSRP STIYPDDKLP DLDLRAAPPA GSKQRLVKLG PEGFARWLRE SAAVGVTDTT FRDAHQSLLA TRVRTSGLSR VAPYLARTMP QLLSVECWGG ATYDVALRFL KEDPWERLAT LRAAMPNICL QMLLRGRNTV GYTPYPEIVT SAFVQEATAT GIDIFRIFDA LNNIESMRPA IDAVRETGSA IAEVAMCYTG DLTDPGEQLY TLDYYLKLAE QIVDAGAHVL AIKDMAGLLR PPAAQRLVSA LRSRFDLPVH LHTHDTPGGQ LASYVAAWHA GADAVDGAAA PLAGTTSQPA LSSIVAAAAH TEYDTGLSLS AVCALEPYWE ALRKVYAPFE SGLPGPTGRV YHHEIPGGQL SNLRQQAIAL GLGDRFEEIE EAYAGADRVL GRLVKVTPTS KVVGDLALAL VGAGVSADEF ASDPARFGIP ESVLGFLRGE LGDPPGGWPE PLRTAALAGR GAARPTAQLA ADDEIALSSV GAKRQATLNR LLFPSPTKEF NEHREAYGDT SQLSANQFFY GLRQGEEHRV KLERGVELLI GLEAISEPDE RGMRTVMCIL NGQLRPVLVR DRSIASAVPA AEKADRGNPG HIAAPFAGVV TVGVCVGERV GAGQTIATIE AMKMEAPITA PVAGTVERVA VSDTAQVEGG DLLVVVSGHH HHHHG

UniProtKB: Pyruvate carboxylase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8400 / 平均露光時間: 1.04 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1680907
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / 使用した粒子像数: 536403
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9ubg:
Cryo-EM structure of Pyruvate carboxylase from Mycobacterium tuberculosis in complex with Acetyl-CoA and ADP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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