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- EMDB-63767: Cryo-EM structure of wild-type SaCas9-guide RNA-mismatched target... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63767
タイトルCryo-EM structure of wild-type SaCas9-guide RNA-mismatched target DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Wild-type SaCas9-sgRNA-mismatched target DNA ternary complex
    • DNA: target DNA strand
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein SMT3,CRISPR-associated endonuclease Cas9
    • RNA: sgRNA
    • DNA: non-target DNA strand
キーワードCRISPR-CAS9 / GENOME ENGINEERING / HYDROLASE-RNA-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / maintenance of CRISPR repeat elements / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / protein tag activity / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR-associated endonuclease Cas9, C-terminal domain / Cas9, PI domain / Cas9, WED domain / CRISPR-Cas9 WED domain / CRISPR-Cas9 PI domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / : / Cas9 RuvC domain ...: / CRISPR-associated endonuclease Cas9, C-terminal domain / Cas9, PI domain / Cas9, WED domain / CRISPR-Cas9 WED domain / CRISPR-Cas9 PI domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ribonuclease H superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Small ubiquitin-related modifier
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Omura SN / Nakagawa R / Yamashita K / Nishimasu H / Nureki O
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Engineering a compact high-fidelity Staphylococcus aureus Cas9 variant with broader targeting range and mechanistic insights into its activation.
著者: Nakagawa R / Omura SN / Kajimoto S / Okazaki S / Ishiguro S / Mori H / Onishi K / Kashiwakura Y / Hiramoto T / Hirano H / Yamashita K / Jividen K / Tsai SQ / Yachie N / Ohmori T / Nishimasu H / Nureki O
履歴
登録2025年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年4月15日-
現状2026年4月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63767.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63767.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 150 pix.
= 160.065 Å		1.07 Å/pix.
x 150 pix.
= 160.065 Å		1.07 Å/pix.
x 150 pix.
= 160.065 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0671 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.36585778 - 0.81186336
平均 (標準偏差)0.0029099276 (±0.026070405)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin656565
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 160.065 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63767_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63767_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63767_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Wild-type SaCas9-sgRNA-mismatched target DNA ternary complex

全体名称: Wild-type SaCas9-sgRNA-mismatched target DNA ternary complex
要素
  • 複合体: Wild-type SaCas9-sgRNA-mismatched target DNA ternary complex
    • DNA: target DNA strand
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein SMT3,CRISPR-associated endonuclease Cas9
    • RNA: sgRNA
    • DNA: non-target DNA strand

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超分子 #1: Wild-type SaCas9-sgRNA-mismatched target DNA ternary complex

超分子名称: Wild-type SaCas9-sgRNA-mismatched target DNA ternary complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

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分子 #1: target DNA strand

分子名称: target DNA strand / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.304967 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT) (DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(SC)(SC)(AS)(AS)(GS) (SC)(GS)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA) (DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT) (DT) (DT)(DA)(DG)

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分子 #4: non-target DNA strand

分子名称: non-target DNA strand / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.434055 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DT) (DG)(SC)(GS)(SC)(PST)(PST)(GS)(GS)(DC) (DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC) (DA)(DA)(DA)(DT)

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分子 #2: Ubiquitin-like protein SMT3,CRISPR-associated endonuclease Cas9

分子名称: Ubiquitin-like protein SMT3,CRISPR-associated endonuclease Cas9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 137.650594 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHGS LQDSEVNQEA KPEVKPEVKP ETHINLKVSD GSSEIFFKIK KTTPLRRLME AFAKRQGKEM DSLRFLYDGI RIQADQAPE DLDMEDNDII EAHREQIGGE NLYFQGSHMK RNYILGLDIG ITSVGYGIID YETRDVIDAG VRLFKEANVE N NEGRRSKR ...文字列:
MGHHHHHHGS LQDSEVNQEA KPEVKPEVKP ETHINLKVSD GSSEIFFKIK KTTPLRRLME AFAKRQGKEM DSLRFLYDGI RIQADQAPE DLDMEDNDII EAHREQIGGE NLYFQGSHMK RNYILGLDIG ITSVGYGIID YETRDVIDAG VRLFKEANVE N NEGRRSKR GARRLKRRRR HRIQRVKKLL FDYNLLTDHS ELSGINPYEA RVKGLSQKLS EEEFSAALLH LAKRRGVHNV NE VEEDTGN ELSTKEQISR NSKALEEKYV AELQLERLKK DGEVRGSINR FKTSDYVKEA KQLLKVQKAY HQLDQSFIDT YID LLETRR TYYEGPGEGS PFGWKDIKEW YEMLMGHCTY FPEELRSVKY AYNADLYNAL NDLNNLVITR DENEKLEYYE KFQI IENVF KQKKKPTLKQ IAKEILVNEE DIKGYRVTST GKPEFTNLKV YHDIKDITAR KEIIENAELL DQIAKILTIY QSSED IQEE LTNLNSELTQ EEIEQISNLK GYTGTHNLSL KAINLILDEL WHTNDNQIAI FNRLKLVPKK VDLSQQKEIP TTLVDD FIL SPVVKRSFIQ SIKVINAIIK KYGLPNDIII ELAREKNSKD AQKMINEMQK RNRQTNERIE EIIRTTGKEN AKYLIEK IK LHDMQEGKCL YSLEAIPLED LLNNPFNYEV DHIIPRSVSF DNSFNNKVLV KQEENSKKGN RTPFQYLSSS DSKISYET F KKHILNLAKG KGRISKTKKE YLLEERDINR FSVQKDFINR NLVDTRYATR GLMNLLRSYF RVNNLDVKVK SINGGFTSF LRRKWKFKKE RNKGYKHHAE DALIIANADF IFKEWKKLDK AKKVMENQMF EEKQAESMPE IETEQEYKEI FITPHQIKHI KDFKDYKYS HRVDKKPNRE LINDTLYSTR KDDKGNTLIV NNLNGLYDKD NDKLKKLINK SPEKLLMYHH DPQTYQKLKL I MEQYGDEK NPLYKYYEET GNYLTKYSKK DNGPVIKKIK YYGNKLNAHL DITDDYPNSR NKVVKLSLKP YRFDVYLDNG VY KFVTVKN LDVIKKENYY EVNSKCYEEA KKLKKISNQA EFIASFYNND LIKINGELYR VIGVNNDLLN RIEVNMIDIT YRE YLENMN DKRPPRIIKT IASKTQSIKK YSTDILGNLY EVKSKKHPQI IKKG

UniProtKB: Small ubiquitin-related modifier, CRISPR-associated endonuclease Cas9

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分子 #3: sgRNA

分子名称: sgRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 31.892889 KDa
配列文字列:
GGGAAAUUAG GUGCGCUUGG CGUUUUAGUA CUCUGGAAAC AGAAUCUACU AAAACAAGGC AAAAUGCCGU GUUUAUCUCG UCAACUUGU UGGCGAGAUA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 101789
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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