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- EMDB-63503: antibody 20G5 Fab in complex with human B7-H3 (IgC) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63503
タイトルantibody 20G5 Fab in complex with human B7-H3 (IgC)
マップデータmain map
試料
  • 複合体: antibody 20G5 Fab in complex with human B7-H3 (IgC)
    • タンパク質・ペプチド: antibody 20G5 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: antibody 20G5 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: CD276 antigen
キーワードB7-H3 / antibody / complex / ANTITUMOR PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ANTITUMOR PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immune response / regulation of cytokine production / positive regulation of T cell proliferation / T cell activation / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...: / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Bin L / Shuaixiang Z / kaijie H
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: B7-H3-mediated cis-inhibition of EGFR by a tumor-selective bispecific antibody enhances anti-tumor efficacy and minimizes toxicities.
著者: Jian Guan / Tiongsun Chia / Bin Li / Tianyu Zhu / Zhengguang Liao / Junjie Deng / Fenggen Fu / Weiwei Wu / Chengtao Liu / Ya Liu / Ninghuan Li / Lili Yue / Lei Cao / Jia Lu / Mengjia Zhu / ...著者: Jian Guan / Tiongsun Chia / Bin Li / Tianyu Zhu / Zhengguang Liao / Junjie Deng / Fenggen Fu / Weiwei Wu / Chengtao Liu / Ya Liu / Ninghuan Li / Lili Yue / Lei Cao / Jia Lu / Mengjia Zhu / Xiaomin Ling / Huilin Zheng / Shuming Lin / Li Li / Shuaixiang Zhou / Kaijie He /
要旨: Therapeutic targeting of epidermal growth factor receptor (EGFR) in solid tumors faces significant limitations due to on-target/off-tumor toxicities, underscoring the urgent need for tumor-selective ...Therapeutic targeting of epidermal growth factor receptor (EGFR) in solid tumors faces significant limitations due to on-target/off-tumor toxicities, underscoring the urgent need for tumor-selective anti-EGFR therapies. Comprehensive bioinformatics and histopathological analyses identify marked upregulation of B7-H3 across EGFR-positive malignancies, contrasting with its minimal expression in healthy tissues. Leveraging an unbiased functional screen of bispecific antibodies (bsAbs) combining diverse B7-H3 and EGFR binders, we develop IBI334, a EGFR/B7-H3 bsAb exhibiting exceptional tumor selectivity. In preclinical models, IBI334 outperforms conventional EGFR antibodies by demonstrating superior EGFR occupancy, enhanced ligand-blocking efficacy, accelerated receptor degradation, and potent suppression of downstream EGFR signaling. Mechanistic studies demonstrate B7-H3-mediated cis-inhibition. The human B7-H3 extracellular domain (ECD) in complex with anti-B7-H3 Fab is resolved by cryo-EM, revealing critical residues for the antibody-B7-H3 interaction. IBI334 demonstrates robust antitumor activity in vitro and in vivo across EGFR-driven tumor models and synergized effectively with KRAS inhibitors. Toxicological evaluations in non-human primates reveals a favorable safety profile, with no EGFR-related adverse effects observed at doses up to 120 mg/kg over 4 weeks. Supported by these preclinical findings, IBI334 has advanced to a phase 1 clinical trial (NCT05774873) for advanced/metastatic solid tumors.
履歴
登録2025年2月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月4日-
マップ公開2026年3月4日-
更新2026年4月15日-
現状2026年4月15日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63503.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63503.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 440 pix.
= 326.92 Å		0.74 Å/pix.
x 440 pix.
= 326.92 Å		0.74 Å/pix.
x 440 pix.
= 326.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.743 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.164
最小 - 最大-0.87227815 - 1.2520981
平均 (標準偏差)-0.000099038414 (±0.015076195)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 326.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63503_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63503_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : antibody 20G5 Fab in complex with human B7-H3 (IgC)

全体名称: antibody 20G5 Fab in complex with human B7-H3 (IgC)
要素
  • 複合体: antibody 20G5 Fab in complex with human B7-H3 (IgC)
    • タンパク質・ペプチド: antibody 20G5 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: antibody 20G5 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: CD276 antigen

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超分子 #1: antibody 20G5 Fab in complex with human B7-H3 (IgC)

超分子名称: antibody 20G5 Fab in complex with human B7-H3 (IgC) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 95 kDa/nm

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分子 #1: antibody 20G5 Fab heavy chain

分子名称: antibody 20G5 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.855883 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT EYIMHWVRQA PGQRLEWMGG INPGTGGTTY NQKFKDRVTI TVDTSASTAY MELSSLRSE DTAVYYCTRR TPPWHFAVWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT EYIMHWVRQA PGQRLEWMGG INPGTGGTTY NQKFKDRVTI TVDTSASTAY MELSSLRSE DTAVYYCTRR TPPWHFAVWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSCDK

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分子 #2: antibody 20G5 Fab light chain

分子名称: antibody 20G5 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.293787 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQLTQSPSF LSASVGDRVT ITCSASSSVS YIHWYQQKPG KAPKRWIYDT SRLASGVPSR FSGSGSGTEF TLTISSLQPE DFATYYCQQ WSSAPLTFGG GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
DIQLTQSPSF LSASVGDRVT ITCSASSSVS YIHWYQQKPG KAPKRWIYDT SRLASGVPSR FSGSGSGTEF TLTISSLQPE DFATYYCQQ WSSAPLTFGG GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #3: CD276 antigen

分子名称: CD276 antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.241594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LEVQVPEDPV VALVGTDATL CCSFSPEPGF SLAQLNLIWQ LTDTKQLVHS FAEGQDQGSA YANRTALFPD LLAQGNASLR LQRVRVADE GSFTCFVSIR DFGSAAVSLQ VAAPYSKPSM TLEPNKDLRP GDTVTITCSS YQGYPEAEVF WQDGQGVPLT G NVTTSQMA ...文字列:
LEVQVPEDPV VALVGTDATL CCSFSPEPGF SLAQLNLIWQ LTDTKQLVHS FAEGQDQGSA YANRTALFPD LLAQGNASLR LQRVRVADE GSFTCFVSIR DFGSAAVSLQ VAAPYSKPSM TLEPNKDLRP GDTVTITCSS YQGYPEAEVF WQDGQGVPLT G NVTTSQMA NEQGLFDVHS ILRVVLGANG TYSCLVRNPV LQQDAHSSVT ITPQRSPTGA VEVQVPEDPV VALVGTDATL RC SFSPEPG FSLAQLNLIW QLTDTKQLVH SFTEGRDQGS AYANRTALFP DLLAQGNASL RLQRVRVADE GSFTCFVSIR DFG SAAVSL QVAAPYSKPS MTLEPNKDLR PGDTVTITCS SYRGYPEAEV FWQDGQGVPL TGNVTTSQMA NEQGLFDVHS VLRV VLGAN GTYSCLVRNP VLQQDAHGSV TITGQPMTGG GGSHHHHHHH HHH

UniProtKB: CD276 antigen

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 134476
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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