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- EMDB-63238: human Betaine/GABA transporter 1 in inward facing conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63238
タイトルhuman Betaine/GABA transporter 1 in inward facing conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: structure of BGT1 protein
    • タンパク質・ペプチド: Sodium- and chloride-dependent betaine transporter
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: CHLORIDE ION
キーワードtransport proteins / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-aminobutyric acid transport / gamma-aminobutyric acid reuptake / Reuptake of GABA / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / monocarboxylic acid transport / Creatine metabolism / gamma-aminobutyric acid:sodium:chloride symporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / amino acid transmembrane transporter activity ...gamma-aminobutyric acid transport / gamma-aminobutyric acid reuptake / Reuptake of GABA / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / monocarboxylic acid transport / Creatine metabolism / gamma-aminobutyric acid:sodium:chloride symporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / amino acid transmembrane transporter activity / SLC-mediated transport of neurotransmitters / amino acid transport / cell projection / sodium ion transmembrane transport / presynapse / basolateral plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, betaine / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium- and chloride-dependent betaine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Zhao Y / Hao K
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of transportation mechanism of hBGT1
著者: Zhao Y / Xu H
履歴
登録2025年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63238.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63238.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.438
最小 - 最大-2.5299637 - 3.7733831
平均 (標準偏差)-0.0013439823 (±0.10357058)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63238_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63238_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : structure of BGT1 protein

全体名称: structure of BGT1 protein
要素
  • 複合体: structure of BGT1 protein
    • タンパク質・ペプチド: Sodium- and chloride-dependent betaine transporter
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: CHLORIDE ION

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超分子 #1: structure of BGT1 protein

超分子名称: structure of BGT1 protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium- and chloride-dependent betaine transporter

分子名称: Sodium- and chloride-dependent betaine transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.415859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDGKVAVQEC GPPAVSWVPE EGEKLDQEDE DQVKDRGQWT NKMEFVLSVA GEIIGLGNVW RFPYLCYKNG GGAFFIPYFI FFFVCGIPV FFLEVALGQY TSQGSVTAWR KICPLFQGIG LASVVIESYL NVYYIIILAW ALFYLFSSFT SELPWTTCNN F WNTEHCTD ...文字列:
MDGKVAVQEC GPPAVSWVPE EGEKLDQEDE DQVKDRGQWT NKMEFVLSVA GEIIGLGNVW RFPYLCYKNG GGAFFIPYFI FFFVCGIPV FFLEVALGQY TSQGSVTAWR KICPLFQGIG LASVVIESYL NVYYIIILAW ALFYLFSSFT SELPWTTCNN F WNTEHCTD FLNHSGAGTV TPFENFTSPV MEFWERRVLG ITSGIHDLGS LRWELALCLL LAWVICYFCI WKGVKSTGKV VY FTATFPY LMLVILLIRG VTLPGAYQGI IYYLKPDLFR LKDPQVWMDA GTQIFFSFAI CQGCLTALGS YNKYHNNCYK DCI ALCFLN SATSFVAGFV VFSILGFMSQ EQGVPISEVA ESGPGLAFIA FPKAVTMMPL SQLWSCLFFI MLIFLGLDSQ FVCV ECLVT ASIDMFPRQL RKSGRRELLI LTIAVMCYLI GLFLVTEGGM YIFQLFDYYA SSGICLLFLS LFEVVCISWV YGADR FYDN IEDMIGYRPW PLVKISWLFL TPGLCLATFL FSLSKYTPLK YNNVYVYPPW GYSIGWFLAL SSMVCVPLFV VITLLK TRG PFRKRLRQLI TPDSSLPQPK QHPCLDGSAG RNFGPSPTRE GLIAGEKETH L

UniProtKB: Sodium- and chloride-dependent betaine transporter

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI MORGAGNI
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析 #1

Image processing ID1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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画像解析 #2

Image processing ID2

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画像解析 #3

Image processing ID3

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画像解析 #4

Image processing ID4

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画像解析 #5

Image processing ID5
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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