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- EMDB-62991: Clostridium botulinum ncRNA homo-dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62991
タイトルClostridium botulinum ncRNA homo-dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Clostridium botulinum OLE RNA dimer
    • RNA: RNA (578-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードncRNA / CryoEM / RNA
生物種Clostridium botulinum A str. ATCC 19397 (ボツリヌス菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jia XY / Wang L / Su ZM
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32222040 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM reveals mechanisms of natural RNA multivalency.
著者: Liu Wang / Jiahao Xie / Tao Gong / Hao Wu / Yifan Tu / Xin Peng / Sitong Shang / Xinyu Jia / Haiyun Ma / Jian Zou / Sheng Xu / Xin Zheng / Dong Zhang / Yang Liu / Chong Zhang / Yongbo Luo / ...著者: Liu Wang / Jiahao Xie / Tao Gong / Hao Wu / Yifan Tu / Xin Peng / Sitong Shang / Xinyu Jia / Haiyun Ma / Jian Zou / Sheng Xu / Xin Zheng / Dong Zhang / Yang Liu / Chong Zhang / Yongbo Luo / Zirui Huang / Bin Shao / Binwu Ying / Yu Cheng / Yingqiang Guo / Ying Lai / Dingming Huang / Jianquan Liu / Yuquan Wei / Siqi Sun / Xuedong Zhou / Zhaoming Su /
要旨: Homo-oligomerization of biological macromolecules leads to functional assemblies that are critical to understanding various cellular processes. However, RNA quaternary structures have rarely been ...Homo-oligomerization of biological macromolecules leads to functional assemblies that are critical to understanding various cellular processes. However, RNA quaternary structures have rarely been reported. Comparative genomics analysis has identified RNA families containing hundreds of sequences that adopt conserved secondary structures and likely fold into complex three-dimensional structures. In this study, we used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine structures from four RNA families, including ARRPOF and OLE forming dimers and ROOL and GOLLD forming hexameric, octameric, and dodecameric nanostructures, at 2.6- to 4.6-angstrom resolutions. These homo-oligomeric assemblies reveal a plethora of structural motifs that contribute to RNA multivalency, including kissing-loop, palindromic base-pairing, A-stacking, metal ion coordination, pseudoknot, and minor-groove interactions. These results provide the molecular basis of intermolecular interactions driving RNA multivalency with potential functional relevance.
履歴
登録2025年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62991.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62991.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 416 pix.
= 353.6 Å		0.85 Å/pix.
x 416 pix.
= 353.6 Å		0.85 Å/pix.
x 416 pix.
= 353.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.92218834 - 1.3570279
平均 (標準偏差)0.00051207433 (±0.014122744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 353.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62991_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62991_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Clostridium botulinum OLE RNA dimer

全体名称: Clostridium botulinum OLE RNA dimer
要素
  • 複合体: Clostridium botulinum OLE RNA dimer
    • RNA: RNA (578-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Clostridium botulinum OLE RNA dimer

超分子名称: Clostridium botulinum OLE RNA dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum A str. ATCC 19397 (ボツリヌス菌)

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分子 #1: RNA (578-MER)

分子名称: RNA (578-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum A str. ATCC 19397 (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 186.772516 KDa
配列文字列: GGUGCAGUAU UCUAGUCAGG UAAGUAUAUC UUGAAGGCGG GGCUAAAAAU CCGCUAAAGG GCACAUCGAU GAAGCUUCUG GUGCUGGCU UACGACGCCC AGUUGUGGGC UGGUGCUGGG AGAAAGAAGG CUGGGGCAAU CACAAAGGCA UGUGGCAACU G ACCCUACC ...文字列:
GGUGCAGUAU UCUAGUCAGG UAAGUAUAUC UUGAAGGCGG GGCUAAAAAU CCGCUAAAGG GCACAUCGAU GAAGCUUCUG GUGCUGGCU UACGACGCCC AGUUGUGGGC UGGUGCUGGG AGAAAGAAGG CUGGGGCAAU CACAAAGGCA UGUGGCAACU G ACCCUACC UUCGUGGAGG CCAUUGAUUG UGUAUAGGGA GAGAUUCCCU AUGGACGACA AUGGAUUAAA CCUGCAAUGU GG CGAGCAG CUAUGUGCAG UGUAGCCUGC CUUGAGUGGU GGGGGGAGAG GUUAAGUUUA AAUCUAAAGG UUAGGCCAAA CCU UUAGGC UAUUGCUUGC UGAAACCUCC AUUGCAAAAG AGGCUAGAGA UAUACCCAAC UGCCGAGGAA AUCUCCUAGA CUGU UCUAU ACGAGGUAUA UUGGGGAUUA CAGUGCGGAC UAAGUGGCAA UCCAGUCCUA UUUCUGGUGA CAGGGUAGGU AAAGC AUUA AAGGGAAACC GUCAAAAUGG CGACAUUUUG AUUGUUUUAC GGGAAAUCCU ACUGGACCUA AGCCGCAAGG UUUACU CAA UACACUACCA CCUUU

GENBANK: GENBANK: CP000726.1

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 28 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 260633
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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