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- EMDB-61589: Structure of HHV6B glycoprotein B -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61589
タイトルStructure of HHV6B glycoprotein B
マップデータ
試料
  • 複合体: glycoprotein B
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHHV6B / gB / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
: / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) / Human herpesvirus 6 strain Z29 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Fang XY / Xie C / Sun C / Zeng MS / Liu Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82030046 中国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2025
タイトル: Human herpesvirus 6B glycoprotein B postfusion structure, vulnerability mapping, and receptor recognition.
著者: Chu Xie / Xin-Yan Fang / Yuan-Tao Liu / Xian-Shu Tian / Lan-Yi Zhong / Pei-Huang Wu / Hang Zhou / Peng-Lin Li / Yan-Lin Yang / Zi-Ying Jiang / Sen-Fang Sui / Zheng Liu / Mu-Sheng Zeng / Cong Sun /
要旨: Human herpesvirus 6B (HHV-6B), a β-herpesvirus that significantly threatens immunocompromised individuals, currently lacks targeted antiviral therapies or vaccines. Glycoprotein B (gB), the primary ...Human herpesvirus 6B (HHV-6B), a β-herpesvirus that significantly threatens immunocompromised individuals, currently lacks targeted antiviral therapies or vaccines. Glycoprotein B (gB), the primary mediator of membrane fusion during viral entry, is a key target for neutralizing antibody (nAb) and vaccine development. In this study, we determined a 2.8 Å cryo-EM structure of the HHV-6B gB ectodomain in its postfusion conformation, unveiling unique N-terminal features and resolving the furin site for the first time in herpesviruses. Comparative analyses highlighted similarities between HHV-6B gB and gB from human cytomegalovirus (HCMV) and Epstein-Barr virus (EBV), mapping conserved residues across herpesviruses. Cross-binding assays indicated minimal cross-epitope recognition by nAbs from other herpesviruses, while several potential vulnerable sites on HHV-6B gB were identified. These insights advance our understanding of HHV-6B infection mechanisms and support future development of antibodies or vaccines targeting gB.
履歴
登録2024年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 400 pix.
= 264. Å		0.66 Å/pix.
x 400 pix.
= 264. Å		0.66 Å/pix.
x 400 pix.
= 264. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.054
最小 - 最大-0.09462209 - 0.2595838
平均 (標準偏差)0.00020126908 (±0.008146149)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61589_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61589_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : glycoprotein B

全体名称: glycoprotein B
要素
  • 複合体: glycoprotein B
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: glycoprotein B

超分子名称: glycoprotein B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein B

分子名称: Envelope glycoprotein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 6 strain Z29 (ヘルペスウイルス)
株: Z29
分子量理論値: 72.54232 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSKMRVLFLA VFLMNSVLMI YCDSDDYIRA GYNHKYPFRI CSIAKGTDLM RFDRDISCSP YKSNAKMSEG FFIIYKTNIE TYTFPVRTY KNELTFPTSY RDHRTTYFLD RTVMGLAMPV YEANLVNSRA QCYSAVAIKR PDGTVFSAYH EDNNKNETLE L FPLNFKSV ...文字列:
MSKMRVLFLA VFLMNSVLMI YCDSDDYIRA GYNHKYPFRI CSIAKGTDLM RFDRDISCSP YKSNAKMSEG FFIIYKTNIE TYTFPVRTY KNELTFPTSY RDHRTTYFLD RTVMGLAMPV YEANLVNSRA QCYSAVAIKR PDGTVFSAYH EDNNKNETLE L FPLNFKSV TNKRFITTKE PYFARGPLAT HSTSTSLNCI VTEATAKAKY PFSYFALTTG EIVEGSPFFD GSNGKHFAEP LE KLTILEN YTMIEDLMNG MNGATTLVRK IAFLEKGDTL FSWEIKEENE SVCMLKHWTT VTHGLRAETD ETYHFISKEL TAA FVASKE SLNLTDPKQT CIKNEFEKII TDVYMSDYND AYSMNGSYQI FKTTGDLILI WQPLVQKSLM VLEQGSVNLR RRRD LVDVK SRHDILYVQL QYLYDTLKDY INDALGNLAE SWCLDQKRTI TMLHELSKIS PSSIVSEVYG RPISAQLHGD VLAIS KCIE VNQSSVQLYK SMRVVDAKGV RSETMCYNRP LVTFSFVNST PEVVLGQLGL DNEILLGDHR TEECEIPSTK IFLSGN HAH VYTDYTHTNS TPIEDIEVLD AFIRLKIDPL ENADFKLLDL YSPDELSRAN VFDLENILRE YNSYKSALYT

UniProtKB: Envelope glycoprotein B

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 272190
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9jli:
Structure of HHV6B glycoprotein B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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