[日本語] English
万見
- EMDB-55771: Hepatitis A Virus in Complex with LDLR Receptor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55771
タイトルHepatitis A Virus in Complex with LDLR Receptor
マップデータHAV in complex with LDLR
試料
  • ウイルス: Human hepatitis A virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
  • リガンド: water
キーワードHepatitis A Virus GD1a / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / host multivesicular body / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / host multivesicular body / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis A virus, protein VP1-2A / : / Hepatitis A virus viral protein VP / 2B protein soluble domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus ...Hepatitis A virus, protein VP1-2A / : / Hepatitis A virus viral protein VP / 2B protein soluble domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human hepatitis A virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhao Y / Stuart D / Lemon SM / Duyvesteyn H / Shah P / Fry E
資金援助 米国, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01- 438 AI103083 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)01-AI131685 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-AI150095 米国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2026
タイトル: The low-density lipoprotein receptor LDLR mediates cellular entry of nonenveloped hepatitis A virus.
著者: Tomoyuki Shiota / Yuguang Zhao / Itoe Shiota / Helen M E Duyvesteyn / Manami Yamaoka / Anshuman Das / Maryna Kapustina / Pranav Shah / Masamichi Muramatsu / Xiangxi Wang / Elizabeth E Fry / ...著者: Tomoyuki Shiota / Yuguang Zhao / Itoe Shiota / Helen M E Duyvesteyn / Manami Yamaoka / Anshuman Das / Maryna Kapustina / Pranav Shah / Masamichi Muramatsu / Xiangxi Wang / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Stanley M Lemon /
要旨: Hepatitis A virus (HAV) is an unusual picornavirus with two types of extracellular virions: nonenveloped particles (nHAV) shed in feces and quasi-enveloped particles (eHAV) circulating in blood. Both ...Hepatitis A virus (HAV) is an unusual picornavirus with two types of extracellular virions: nonenveloped particles (nHAV) shed in feces and quasi-enveloped particles (eHAV) circulating in blood. Both enter cells by clathrin-dependent endocytic pathways merging in late endolysosomes with capsid binding to ganglioside receptors. Phosphatidylserine receptors facilitate eHAV endocytosis, but no protein receptor has been identified for nHAV. Here, we show low-density lipoprotein receptor (LDLR) is such a receptor. LDLR knockout did not alter viral attachment to cells, but restricted cellular uptake of nHAV (not eHAV). Soluble LDLR ectodomain blocked nHAV entry, as did antibody to LDLR. Recombinant LDLR-related protein-associated protein 1, a pan-LDLR family chaperone, also inhibited nHAV entry, including residual entry into knockout cells, suggesting other LDLR family members may similarly facilitate endocytosis. Reconstituting full-length LDLR expression restored nHAV entry in knockout cells, whereas LDLR mutants lacking LA repeats 4 to 7 or the EGF-like/propeller domain did not. ELISAs confirmed LDLR binds nHAV, optimally above pH7, without destabilizing the capsid. A 1.7Å resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure revealed LDLR interacts with VP1 at the fivefold vertex of the capsid. Extreme blurring of the LDLR density prevented detailed identification of LDLR interactions, and suggested binding does not follow particle symmetry, being either flexible or to multiple LDLR regions. Additional cryo-EM studies show ganglioside GD1a binds to a similar region of the capsid. Collectively, these data reveal the LDLR to be an important entry factor, shuttling nHAV from the extracellular environment to endolysosomes where it is likely released at low pH to bind gangliosides.
履歴
登録2025年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_55771.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55771.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HAV in complex with LDLR
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 438.18 Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 438.18 Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 438.18 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7303 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.5480086 - 1.9122665
平均 (標準偏差)0.012971675 (±0.11635653)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 438.18 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half A

ファイルemd_55771_half_map_1.map
注釈Half_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half B

ファイルemd_55771_half_map_2.map
注釈half_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Human hepatitis A virus

全体名称: Human hepatitis A virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human hepatitis A virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
  • リガンド: water

-
超分子 #1: Human hepatitis A virus

超分子名称: Human hepatitis A virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 208726 / 生物種: Human hepatitis A virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

-
分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human hepatitis A virus (ウイルス)
分子量理論値: 30.244896 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops aethiops (ミドリザル)
配列文字列: VGDDSGGFST TVSTEQNVPD PQVGITTMKD LKGKANRGKM DVSGVQAPVG AITTIEDPVL AKKVPETFPE LKPGESRHTS DHMSIYKFM GRSHFLCTFT FNSNNKEYTF PITLSSTSNP PHGLPSTLRW FFNLFQLYRG PLDLTIIITG ATDVDGMAWF T PVGLAVDT ...文字列:
VGDDSGGFST TVSTEQNVPD PQVGITTMKD LKGKANRGKM DVSGVQAPVG AITTIEDPVL AKKVPETFPE LKPGESRHTS DHMSIYKFM GRSHFLCTFT FNSNNKEYTF PITLSSTSNP PHGLPSTLRW FFNLFQLYRG PLDLTIIITG ATDVDGMAWF T PVGLAVDT PWVEKESALS IDYKTALGAV RFNTRRTGNI QIRLPWYSYL YAVSGALDGL GDKTDSTFGL VSIQIANYNH SD EYLSFSC YLSVTEQSEF YFPRAPLNSN AMLSTES

UniProtKB: Genome polyprotein

-
分子 #2: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human hepatitis A virus (ウイルス)
分子量理論値: 24.870053 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops aethiops (ミドリザル)
配列文字列: DIEEEQMIQS VDRTAVTGAS YFTSVDQSSV HTAEVGSHQV EPLRTSVDKP GSKKTQGEKF FLIHSADWLT THALFHEVAK LDVVKLLYN EQFAVQGLLR YHTYARFGIE IQVQINPTPF QQGGLICAMV PGDQSYGSIA SLTVYPHGLL NCNINNVVRI K VPFIYTRG ...文字列:
DIEEEQMIQS VDRTAVTGAS YFTSVDQSSV HTAEVGSHQV EPLRTSVDKP GSKKTQGEKF FLIHSADWLT THALFHEVAK LDVVKLLYN EQFAVQGLLR YHTYARFGIE IQVQINPTPF QQGGLICAMV PGDQSYGSIA SLTVYPHGLL NCNINNVVRI K VPFIYTRG AYHFKDPQYP VWELTIRVWS ELNIGTGTSA YTSLNVLARF TDLELHGLTP LSTQ

UniProtKB: Genome polyprotein

-
分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human hepatitis A virus (ウイルス)
分子量理論値: 27.835693 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MMRNETRVST TENVVNLSNY EDARAKMSFA LDQEDWKSDP SQGGGIKITH FTTWTSIPTL AAQFPFNASD SVGQQIKVIP VDPYFFQMT NTNPDQKCIT ALASICQMFC FWRGDLVFDF QVFPTKYHSG RLLFCFVPGN ELIDVTGITL KQATTAPCAV M DIAGVQST ...文字列:
MMRNETRVST TENVVNLSNY EDARAKMSFA LDQEDWKSDP SQGGGIKITH FTTWTSIPTL AAQFPFNASD SVGQQIKVIP VDPYFFQMT NTNPDQKCIT ALASICQMFC FWRGDLVFDF QVFPTKYHSG RLLFCFVPGN ELIDVTGITL KQATTAPCAV M DIAGVQST LRFRVPWISD TPYRVNRYTK EAHQKGEYTA IGKLIVYCYN RLTSPSNVAH HVRVNVYLSA INLECFAPLY HA MDVTTQ

UniProtKB: Genome polyprotein

-
分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 73 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHepesHepes
150.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMCaCl2calcium chloride

詳細: 10 mM Hepes 150 mM NaCl 2 mM CaCl2
凍結凍結剤: ETHANE
詳細HAV vaccine

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5wte

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 27762
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5wte


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9tbh:
Hepatitis A Virus in Complex with LDLR Receptor

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る