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- EMDB-53687: Prefusion stabilized spike glycoprotein of equine coronavirus. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53687
タイトルPrefusion stabilized spike glycoprotein of equine coronavirus.
マップデータEM map of the equine coronavirus spike glycoprotein.
試料
  • 複合体: Trimeric spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: Sapienic acid
キーワードfusion glycoprotein / membrane protein / viral protein
生物種Equine coronavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Melchers JM / Hulswit RJG / Hurdiss DL
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Other private オランダ
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2026
タイトル: AI-guided prefusion stabilization of the human coronavirus OC43 spike protein enables universal embecovirus antigen design.
著者: Jelle M Melchers / Jarek Juraszek / Ruben J G Hulswit / Daan van Overveld / Lam Le / Frank J M van Kuppeveld / Daniel L Hurdiss / Berend-Jan Bosch / Johannes P M Langedijk / Mark J G Bakkers /
要旨: The continued threat of zoonotic coronavirus spillovers underscores the need for cross-species applicable vaccine design strategies. The genus Embecovirus includes human coronaviruses OC43 and HKU1 ...The continued threat of zoonotic coronavirus spillovers underscores the need for cross-species applicable vaccine design strategies. The genus Embecovirus includes human coronaviruses OC43 and HKU1 as well as relevant veterinary pathogens. The coronavirus spike (S) fusion glycoprotein, key to viral entry and protective immunity, is inherently metastable, complicating vaccine development. Using the ReCaP AI tool, we stabilized the prefusion conformation of OC43 S through rationally combined amino acid substitutions, resulting in markedly enhanced expression and thermal stability. The substitutions were transferable to equine coronavirus (ECoV) S and HKU1. Cryo-EM structures of stabilized OC43 and ECoV S revealed that stabilization was achieved by arresting the release of the fusion peptide and keeping the S1B receptor binding domain in the 'down' state by improving the complex polar interactions of neighboring S1B domains and the bound free fatty acid at the interprotomer S1B interface. This work provides the first ECoV S structure and a broadly applicable framework for engineering stabilized Embecovirus S antigens.
履歴
登録2025年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53687.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53687.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map of the equine coronavirus spike glycoprotein.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 300.96 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 300.96 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 300.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.836 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.73191214 - 0.97892576
平均 (標準偏差)0.0006376272 (±0.021337064)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 300.96002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map of equine coronavirus spike glycoprotein.

ファイルemd_53687_half_map_1.map
注釈Half map of equine coronavirus spike glycoprotein.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of equine coronavirus spike glycoprotein.

ファイルemd_53687_half_map_2.map
注釈Half map of equine coronavirus spike glycoprotein.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric spike glycoprotein

全体名称: Trimeric spike glycoprotein
要素
  • 複合体: Trimeric spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: Sapienic acid

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超分子 #1: Trimeric spike glycoprotein

超分子名称: Trimeric spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Equine coronavirus (ウイルス) / 細胞中の位置: membrane
分子量理論値: 435 KDa

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Equine coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 143.631375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVLLLLFFLP TAFAVVGDVK CTTIGVNDVN TGAPVISTET VDVTNGLGTY YVLDRVYLNT TLLLNGYYPT SGANYRNLAL KASELLSTL WYKPPFLSEF NDGVFAKVKN TKVTKNGIVY SEFPTMVIGT TFVNTSYTVV VQPRTTVVNS KLQGLLEITI C QYSMCEYP ...文字列:
MVLLLLFFLP TAFAVVGDVK CTTIGVNDVN TGAPVISTET VDVTNGLGTY YVLDRVYLNT TLLLNGYYPT SGANYRNLAL KASELLSTL WYKPPFLSEF NDGVFAKVKN TKVTKNGIVY SEFPTMVIGT TFVNTSYTVV VQPRTTVVNS KLQGLLEITI C QYSMCEYP NTVCNSGIGS PRKELWHYEK AVASCLYRRN FTYDVNSDWL YFHFYQQGGT FYAYYTDSGF ITTFLFNIYL GT SLSHYYV MPLSCSGKLD LQYWVTPLTN RQFLLVFNQD GIIYNAVDCA SDYMSEIKCK TQNVKPSTGV YDLTGYTVQP IAD VYRRIP NLPDCNMEDW LSAPTVASPL NWERRTFSNC NFNMSSLLSF IQADSFSCSN IDAAKLYGMC FGSVTIDKFA IPNS RKVDL QLGNRGYLQR FNYRIDTTAT SCQLYYSLGA DNVTVTRSNP SAWNRRYGFN DTMFKPQPAG FFTNHDVVYS KQCFK VPNT YCPCKNNGAT CVGNGVSAGV SGTTTGSGTC PVGTSYRTCF NPIQCACTCD PEPINAILTS GPRACPQVKS LVGLGE HCS GLGIHEDFCG GSPCSCPANA FMAWSVDSCL QDGRCNIFSN LILNGVNSGA TCSTDLQRSN TEIVVGVCVK YDLYGIT GQ GIFIEVNATY YNSWQNLLYD SNGNLYGFRD YLTNRTFMIR SCYSGRVSAA YHSDASEPAL LYRNLKCNYV FNNTIARE G NPINYFDSYL GCIVNADNST SSVVDTCVLT MGSGYCVDYS TASRAGGSPS TGYRLTNFEP FNVRLVNDSV EPVGGLYEI QIPSEFTIGN FEEFIQTNSP KVTIDCAAFV CGDYAACREQ LVGYGSFCDN IEAILTEVND LLDTTQFQVA NSLMNGVTLS SRLKTGINF NVDDINFSSV LGCVGSDCNT VSSRSAIEDL LFNKVRLSDV GFVEAYNNCT GGAEIRDLLC VQTFNGIKVL P PVLSENQI SGYTLAATSA QLFPPWTAAA GIPFYLNVQY RINGLGVTMD VLSQNQKMIA NAFNNALGAI QNGFDPTNSA LV KIQAVVN ANAEALNNLL QQLSNRFGAI SSSLQEILSR LDPPEAQAQI DKLINGRLTA LNAFVSQQLS DTTLVKFSAS QAI EKVNEC VKSQSLRVNF CGNGNHIISL VQNAPYGLYF IHFNYVPTKY VTAKVSPGLC IAGDRGIAPK SGYFVNVNNM WMFT GSGYY YPEPITENNV VVMSTCAVNY TKAPDVMLNI LIPNLSDFKE ELDQWFKNQT SVAPDLSLDY INVTFLNLQD EMNRL QESI KVLNQSYINL KDKGTYEY

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #4: Sapienic acid

分子名称: Sapienic acid / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: 8Z9
分子量理論値: 254.408 Da
Chemical component information

ChemComp-8Z9:
Sapienic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris
150.0 mMsodium chlorideNaCl

詳細: 20 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 906875
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 397300
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: ModelAngelo
ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX (ver. 1.9)
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9r6t:
Prefusion stabilized spike glycoprotein of equine coronavirus.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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