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- EMDB-53360: Structure of the energy converting methyltransferase (Mtr) of Met... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53360
タイトルStructure of the energy converting methyltransferase (Mtr) of Methanosarcina mazei in complex with a novel protein binder
マップデータlocal refinement of MtrA/i
試料
  • 複合体: Mtr complex
    • タンパク質・ペプチド: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Conserved protein
  • リガンド: 5-HYDROXYBENZIMIDAZOLYLCOB(III)AMIDE
キーワードSodium-pumping / membrane-bound / methyltransferase complex / methanogen / methanogenic / methylotrophic / archaeon / archaea / methanosarcina / methanosarcina mazei / Vitamin B12 / corrinoid / cobalt / 5-hydroxybenzimidazole / small protein / oxygen-sensitive / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrahydromethanopterin S-methyltransferase / tetrahydromethanopterin S-methyltransferase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / cobalt ion binding / one-carbon metabolic process / methylation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A, MtrA / Methyltransferase MtrA/MtxA / Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase, subunit A
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A / Conserved protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei Go1 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Reif-Trauttmansdorff T / Herdering E / Bohn S / Pascoa TC / Kumar A / Zimmer E / Schmitz RA / Schuller JM
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101075992European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure of the Methanosarcina mazei Mtr complex bound to the oxygen-stress responsive small protein MtrI
著者: Reif-Trauttmansdorff T / Herdering E / Bohn S / Pascoa TC / Kumar A / Zimmer E / Schmitz RA / Schuller JM
履歴
登録2025年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53360.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53360.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local refinement of MtrA/i
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 576 pix.
= 417.6 Å		0.73 Å/pix.
x 576 pix.
= 417.6 Å		0.73 Å/pix.
x 576 pix.
= 417.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.3725542 - 0.58714324
平均 (標準偏差)0.00014764891 (±0.008156843)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 417.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A local refinement of MtrA/i

ファイルemd_53360_half_map_1.map
注釈half map A local refinement of MtrA/i
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B local refinement of MtrA/i

ファイルemd_53360_half_map_2.map
注釈half map B local refinement of MtrA/i
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mtr complex

全体名称: Mtr complex
要素
  • 複合体: Mtr complex
    • タンパク質・ペプチド: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Conserved protein
  • リガンド: 5-HYDROXYBENZIMIDAZOLYLCOB(III)AMIDE

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超分子 #1: Mtr complex

超分子名称: Mtr complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Methanosarcina mazei Go1 (古細菌)

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分子 #1: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

分子名称: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tetrahydromethanopterin S-methyltransferase
由来(天然)生物種: Methanosarcina mazei Go1 (古細菌)
分子量理論値: 25.395191 KDa
配列文字列: MADKREPAPG WPILKGEYEV GDVKNSVLVI TCGSHLPGKP ILDAGAACTG SCKTENLGIE KVVAHIISNP NIRYLLVTGS EVKGHITGQ SMMSLHANGV KENRIAGALG AIPYVENLNA AAVARFQEQV QVVNLLDTED MGAITSKVRE LASKDPGAFD A DPLVVEIS ...文字列:
MADKREPAPG WPILKGEYEV GDVKNSVLVI TCGSHLPGKP ILDAGAACTG SCKTENLGIE KVVAHIISNP NIRYLLVTGS EVKGHITGQ SMMSLHANGV KENRIAGALG AIPYVENLNA AAVARFQEQV QVVNLLDTED MGAITSKVRE LASKDPGAFD A DPLVVEIS EEGEEEEEGG VVRPVSGEIA VLRSRLKAIE ARMMDIGNLN KFHSGVHAGK VEGAMIGLTI TISLLGLLLL GR

UniProtKB: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

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分子 #2: Conserved protein

分子名称: Conserved protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina mazei Go1 (古細菌)
分子量理論値: 7.623597 KDa
配列文字列:
MKCEACGRES DTKYCNDCGK VMDEVVRRVG EARWAAIDDC SFIYPLVQRV GRGEATVNDI IQALDVED

UniProtKB: Conserved protein

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分子 #3: 5-HYDROXYBENZIMIDAZOLYLCOB(III)AMIDE

分子名称: 5-HYDROXYBENZIMIDAZOLYLCOB(III)AMIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: B13
分子量理論値: 1.321326 KDa
Chemical component information

ChemComp-B13:
5-HYDROXYBENZIMIDAZOLYLCOB(III)AMIDE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10.0 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 136531
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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