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万見
- EMDB-53161: NorQD complex state 2 from Jhaorihella thermophila -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53161
タイトルNorQD complex state 2 from Jhaorihella thermophila
マップデータmain map
試料
  • 複合体: NorQD complex from J. thermophila
    • タンパク質・ペプチド: Nitric oxide reductase NorQ protein
    • タンパク質・ペプチド: Nitric oxide reductase NorD protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードAAA+ Protein / MoxR / VWA domain / Nitric Oxide Reductase / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / CbbQ/NirQ/NorQ, C-terminal / CbbQ/NirQ/NorQ C-terminal / : / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A ...: / CbbQ/NirQ/NorQ, C-terminal / CbbQ/NirQ/NorQ C-terminal / : / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitric oxide reductase NorQ protein / Nitric oxide reductase NorD protein
類似検索 - 構成要素
生物種Jhaorihella thermophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Kahle M / Appelgren S / Carroni M / Adelroth P / Wendler P
資金援助 ドイツ, スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NorQD - a MoxR like AAA+ complex with a twist
著者: Kahle M / Appelgren S / Carroni M / Adelroth P / Wendler P
履歴
登録2025年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月25日-
マップ公開2026年3月25日-
更新2026年3月25日-
現状2026年3月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53161.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53161.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 243.648 Å		0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 243.648 Å		0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 243.648 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.846 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.1939242 - 0.37553495
平均 (標準偏差)0.0011472802 (±0.018150803)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 243.64801 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53161_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: sharpened map

ファイルemd_53161_additional_1.map
注釈sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_53161_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_53161_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NorQD complex from J. thermophila

全体名称: NorQD complex from J. thermophila
要素
  • 複合体: NorQD complex from J. thermophila
    • タンパク質・ペプチド: Nitric oxide reductase NorQ protein
    • タンパク質・ペプチド: Nitric oxide reductase NorD protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: NorQD complex from J. thermophila

超分子名称: NorQD complex from J. thermophila / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Jhaorihella thermophila (バクテリア)
分子量理論値: 258 KDa

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分子 #1: Nitric oxide reductase NorQ protein

分子名称: Nitric oxide reductase NorQ protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Jhaorihella thermophila (バクテリア)
分子量理論値: 29.382672 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDGSTTFGGA ATAPFYLPQA DECEVFAAAH ENDLPVLLKG PTGCGKTRFV AHMAQRLGRK LYTVACHDDL AAADLIGRYL LKGGETVWV DGPLTRAVRE GAICYLDQVV EARKDVTVVL HPLTDDRRIL PIDRTGEELE AAPGFMLVAS YNPGYQNILK T LKPSTRQR ...文字列:
MDGSTTFGGA ATAPFYLPQA DECEVFAAAH ENDLPVLLKG PTGCGKTRFV AHMAQRLGRK LYTVACHDDL AAADLIGRYL LKGGETVWV DGPLTRAVRE GAICYLDQVV EARKDVTVVL HPLTDDRRIL PIDRTGEELE AAPGFMLVAS YNPGYQNILK T LKPSTRQR FISIEFDFPH PDLETEVVAQ ESGLPLERCK PLIRLANKLR ALKGQDLEEG VSTRLVVYAA TLIAQGMNTD RA IRAAMIE PLTDDEDVKR GLLDLVTAVF G

UniProtKB: Nitric oxide reductase NorQ protein

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分子 #2: Nitric oxide reductase NorD protein

分子名称: Nitric oxide reductase NorD protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Jhaorihella thermophila (バクテリア)
分子量理論値: 71.726891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDRIEFEPWE PEETVGKLWH KFASRLDAPE AHEGAAVDLS EIGGRLAVLF RGLGGASSVE LRPVSPEISR HRLSWRRRLG AEAEAVPRA SFDGEVLRLP DRLAVFPSRE ANGALYVWLA ACAAHASDRV DQDDPLRADL AALAASRAMV AATLEDAPGL R PLYEGLCA ...文字列:
MDRIEFEPWE PEETVGKLWH KFASRLDAPE AHEGAAVDLS EIGGRLAVLF RGLGGASSVE LRPVSPEISR HRLSWRRRLG AEAEAVPRA SFDGEVLRLP DRLAVFPSRE ANGALYVWLA ACAAHASDRV DQDDPLRADL AALAASRAMV AATLEDAPGL R PLYEGLCA ALLHQRRVPD LPRDEAAVEA VIRNMLGDPA PLSDRAAAFQ AACAGDPLDP AITAPRKYRP FRPVPLWPEL RP VEFSEAG EVETREIEGT PEEAGEKTHR ARRRKSDQAE RRDSLILHKF EAILSWAEFL NLNRRVDDDD PDNAKKAADD QEE IGLGQI SKAPPTRLKL HLDLAPEDVD RERLSGRITY PEWDTRTGAY LPDHVCVLTS DVEAKPEQEA YAHDPAASRR IRAV RRQFE ALRPGRVTTR GHLDGDDLDI EAAVRAEVDR LASGEGSERI WLRSRPEARD LAVSILLDVS RSTESAVSGR AVIDI EREA LDALAWGLDA CGDDFAIHAF SSLKRHRVHV QRCKGFDEPM GPEVERRIGG LRPGFYTRLG AAIRHVSAEL SQQARK RRL LLVITDGKPN DLDHYEGRHG IEDTAMAVRE ARRAGHSVFG ITVDAKGKAW FSRMFGQGGF AVIPDPEKLI FALPQIY RQ LVGA

UniProtKB: Nitric oxide reductase NorD protein

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分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM TRIS/HCl,150mM KCl
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.05 kPa / 詳細: PELCO easiGlow at 20mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: SGD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 23631
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9qhe:
NorQD complex state 2 from Jhaorihella thermophila

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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