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- EMDB-52227: Structure of 2x Zincore (SEPHS1:QRICH1) binding to ZFP91 on DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52227
タイトルStructure of 2x Zincore (SEPHS1:QRICH1) binding to ZFP91 on DNA
マップデータMain Map
試料
  • 複合体: Dual Zincore Complex
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase ZFP91
    • タンパク質・ペプチド: Selenide, water dikinase 1
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulator QRICH1
    • DNA: DNA (31-MER)
    • DNA: DNA (31-MER)
  • リガンド: ZINC ION
キーワードZincore Complex / Transcriptional regulator complex / SEPHS1 / Selenide / water dikinase 1 / selenophosphate synthetase 1 / QRICH1 / Zinc finger protein / ZFP91 / Transcription factor / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


selenide, water dikinase / selenide, water dikinase activity / integrated stress response signaling / L-selenocysteine biosynthetic process / PERK-mediated unfolded protein response / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / protein K63-linked ubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cell redox homeostasis ...selenide, water dikinase / selenide, water dikinase activity / integrated stress response signaling / L-selenocysteine biosynthetic process / PERK-mediated unfolded protein response / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / protein K63-linked ubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cell redox homeostasis / response to endoplasmic reticulum stress / protein modification process / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / nucleolus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3504 / : / Domain of unknown function (DUF3504) / QRICH1 domain / : / Selenophosphate synthetase / : / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain ...Protein of unknown function DUF3504 / : / Domain of unknown function (DUF3504) / QRICH1 domain / : / Selenophosphate synthetase / : / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zincore component SEPHS1 / Transcriptional regulator QRICH1 / E3 ubiquitin-protein ligase ZFP91
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Borza R / Perrakis A
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Oncode Institute オランダ
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Zincore, an atypical coregulator, binds zinc finger transcription factors to control gene expression.
著者: Daniëlle Bianchi / Razvan Borza / Erica De Zan / Guizela Huelsz-Prince / Sebastian Gregoricchio / Marleen Dekker / Alex Fish / Abdelghani Mazouzi / Lona J Kroese / Simon Linder / Miguel ...著者: Daniëlle Bianchi / Razvan Borza / Erica De Zan / Guizela Huelsz-Prince / Sebastian Gregoricchio / Marleen Dekker / Alex Fish / Abdelghani Mazouzi / Lona J Kroese / Simon Linder / Miguel Hernandez-Quiles / Michiel Vermeulen / Patrick H N Celie / Paul Krimpenfort / Ji-Ying Song / Wilbert Zwart / Lodewyk Wessels / Sebastian M B Nijman / Anastassis Perrakis / Thijn R Brummelkamp /
要旨: Zinc finger proteins (ZNFs) are the largest family of transcription factors, yet how they activate gene expression remains unclear. In this study, we identified Zincore, a protein complex consisting ...Zinc finger proteins (ZNFs) are the largest family of transcription factors, yet how they activate gene expression remains unclear. In this study, we identified Zincore, a protein complex consisting of QRICH1 and SEPHS1, as a ZNF-specific coregulator essential for embryonic development in mice and associated with developmental syndromes in humans. We also identified ZFP91 as a representative Zincore client, binding the conserved promoter motif CTTTAAR. Cryo-electron microscopy of a Zincore-ZFP91-DNA complex revealed a SEPHS1 arginine clamp to recognize the DNA-bound zinc finger domains. This mode of binding explains recognition of different ZNFs and stabilizes ZFP91 onto its cognate DNA motif. Thus, our study identified Zincore as a ZNF-specific coregulator essential for development, involving a distinctive mechanism that locks ZNFs onto DNA and regulates transcription.
履歴
登録2024年12月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52227.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52227.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 560 pix.
= 367.36 Å		0.66 Å/pix.
x 560 pix.
= 367.36 Å		0.66 Å/pix.
x 560 pix.
= 367.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.656 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055
最小 - 最大-0.11880967 - 0.32447273
平均 (標準偏差)-0.00020515962 (±0.006964229)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 367.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Map Half B

ファイルemd_52227_half_map_1.map
注釈Map Half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Map Half A

ファイルemd_52227_half_map_2.map
注釈Map Half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dual Zincore Complex

全体名称: Dual Zincore Complex
要素
  • 複合体: Dual Zincore Complex
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase ZFP91
    • タンパク質・ペプチド: Selenide, water dikinase 1
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulator QRICH1
    • DNA: DNA (31-MER)
    • DNA: DNA (31-MER)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Dual Zincore Complex

超分子名称: Dual Zincore Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase ZFP91

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase ZFP91 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.557219 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPGETEEPRP PEQQDQEGGE AAKAAPEEPQ QRPPEAVAAA PAGTTSSRVL RGGRDRGRAA AAAAAAAVSR RRKAEYPRRR RSSPSARPP DVPGQQPQAA KSPSPVQGKK SPRLLCIEKV TTDKDPKEEK EEEDDSALPQ EVSIAASRPS RGWRSSRTSV S RHRDTENT ...文字列:
MPGETEEPRP PEQQDQEGGE AAKAAPEEPQ QRPPEAVAAA PAGTTSSRVL RGGRDRGRAA AAAAAAAVSR RRKAEYPRRR RSSPSARPP DVPGQQPQAA KSPSPVQGKK SPRLLCIEKV TTDKDPKEEK EEEDDSALPQ EVSIAASRPS RGWRSSRTSV S RHRDTENT RSSRSKTGSL QLICKSEPNT DQLDYDVGEE HQSPGGISSE EEEEEEEEML ISEEEIPFKD DPRDETYKPH LE RETPKPR RKSGKVKEEK EKKEIKVEVE VEVKEEENEI REDEEPPRKR GRRRKDDKSP RLPKRRKKPP IQYVRCEMEG CGT VLAHPR YLQHHIKYQH LLKKKYVCPH PSCGRLFRLQ KQLLRHAKHH TDQRDYICEY CARAFKSSHN LAVHRMIHTG EKPL QCEIC GFTCRQKASL NWHMKKHDAD SFYQFSCNIC GKKFEKKDSV VAHKAKSHPE VLIAEALAAN AGALITSTDI LGTNP ESLT QPSDGQGLPL LPEPLGNSTS GECLLLEAEG MSKSYCSGTE RVSLMADGKI FVGSGSSGGT EGLVMNSDIL GATTEV LIE DSDSAGP

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase ZFP91

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分子 #2: Selenide, water dikinase 1

分子名称: Selenide, water dikinase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: selenide, water dikinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.953461 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MSTRESFNPE SYELDKSFRL TRFTELKGTG CKVPQDVLQK LLESLQENHF QEDEQFLGAV MPRLGIGMDT CVIPLRHGGL SLVQTTDYI YPIVDDPYMM GRIACANVLS DLYAMGVTEC DNMLMLLGVS NKMTDRERDK VMPLIIQGFK DAAEEAGTSV T GGQTVLNP ...文字列:
MSTRESFNPE SYELDKSFRL TRFTELKGTG CKVPQDVLQK LLESLQENHF QEDEQFLGAV MPRLGIGMDT CVIPLRHGGL SLVQTTDYI YPIVDDPYMM GRIACANVLS DLYAMGVTEC DNMLMLLGVS NKMTDRERDK VMPLIIQGFK DAAEEAGTSV T GGQTVLNP WIVLGGVATT VCQPNEFIMP DNAVPGDVLV LTKPLGTQVA VAVHQWLDIP EKWNKIKLVV TQEDVELAYQ EA MMNMARL NRTAAGLMHT FNAHAATDIT GFGILGHAQN LAKQQRNEVS FVIHNLPVLA KMAAVSKACG NMFGLMHGTC PET SGGLLI CLPREQAARF CAEIKSPKYG EGHQAWIIGI VEKGNRTARI IDKPRIIEVA PQVATQNVNP TPGATS

UniProtKB: Zincore component SEPHS1

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分子 #3: Transcriptional regulator QRICH1

分子名称: Transcriptional regulator QRICH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.507156 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNNSLENTIS FEEYIRVKAR SVPQHRMKEF LDSLASKGPE ALQEFQQTAT TTMVYQQGGN CIYTDSTEVA GSLLELACPV TTSVQPQTQ QEQQIQVQQP QQVQVQVQVQ QSPQQVSAQL SPQLTVHQPT EQPIQVQVQI QGQAPQSAAP SIQTPSLQSP S PSQLQAAQ ...文字列:
MNNSLENTIS FEEYIRVKAR SVPQHRMKEF LDSLASKGPE ALQEFQQTAT TTMVYQQGGN CIYTDSTEVA GSLLELACPV TTSVQPQTQ QEQQIQVQQP QQVQVQVQVQ QSPQQVSAQL SPQLTVHQPT EQPIQVQVQI QGQAPQSAAP SIQTPSLQSP S PSQLQAAQ IQVQHVQAAQ QIQAAEIPEE HIPHQQIQAQ LVAGQSLAGG QQIQIQTVGA LSPPPSQQGS PREGERRVGT AS VLQPVKK RKVDMPITVS YAISGQPVAT VLAIPQGQQQ SYVSLRPDLL TVDSAHLYSA TGTITSPTGE TWTIPVYSAQ PRG DPQQQS ITHIAIPQEA YNAVHVSGSP TALAAVKLED DKEKMVGTTS VVKNSHEEVV QTLANSLFPA QFMNGNIHIP VAVQ AVAGT YQNTAQTVHI WDPQQQPQQQ TPQEQTPPPQ QQQQQLQVTC SAQTVQVAEV EPQSQPQPSP ELLLPNSLKP EEGLE VWKN WAQTKNAELE KDAQNRLAPI GRRQLLRFQE DLISSAVAEL NYGLCLMTRE ARNGEGEPYD PDVLYYIFLC IQKYLF ENG RVDDIFSDLY YVRFTEWLHE VLKDVQPRVT PLGYVLPSHV TEEMLWECKQ LGAHSPSTLL TTLMFFNTKY FLLKTVD QH MKLAFSKVLR QTKKNPSNPK DKSTSIRYLK ALGIHQTGQK VTDDMYAEQT ENPENPLRCP IKLYDFYLFK CPQSVKGR N DTFYLTPEPV VAPNSPIWYS VQPISREQMG QMLTRILVIR EIQEAIAVAN ASTMH

UniProtKB: Transcriptional regulator QRICH1

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分子 #4: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.314979 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DC)(DC)

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分子 #5: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.755242 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG) (DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG)(DC)

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7542 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択詳細: Multiple particle selection
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: AlphaFold predictions
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 138830
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9hju:
Structure of 2x Zincore (SEPHS1:QRICH1) binding to ZFP91 on DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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