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万見
- EMDB-49957: Structure of Al3Cas12f State II -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49957
タイトルStructure of Al3Cas12f State II
マップデータStructure of Al3Cas12f State II
試料
  • 複合体: Cas12f:sgRNA:dsDNA
    • DNA: Target Strand DNA
    • DNA: Non-Target Strand DNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas12f Nuclease
    • RNA: sgRNA
キーワードCas12f CRISPR Endonuclease Dimeric / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
生物種Deltaproteobacteria (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Fregoso Ocampo R / Guan K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-1938 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of MetagenCas12f State II
著者: Fregoso Ocampo R / Guan K
履歴
登録2025年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49957.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49957.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of Al3Cas12f State II
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 298.56 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 298.56 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 298.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.933 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.9710089 - 1.4631336
平均 (標準偏差)-0.00000438391 (±0.027630499)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 298.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_49957_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_49957_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cas12f:sgRNA:dsDNA

全体名称: Cas12f:sgRNA:dsDNA
要素
  • 複合体: Cas12f:sgRNA:dsDNA
    • DNA: Target Strand DNA
    • DNA: Non-Target Strand DNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas12f Nuclease
    • RNA: sgRNA

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超分子 #1: Cas12f:sgRNA:dsDNA

超分子名称: Cas12f:sgRNA:dsDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: RNP bound to its sgRNA forming a 20bp R-loop with its target dsDNA
由来(天然)生物種: Deltaproteobacteria (バクテリア)
分子量理論値: 125.676 KDa

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分子 #1: Target Strand DNA

分子名称: Target Strand DNA / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.353835 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG) (DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DT)(DT)

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分子 #2: Non-Target Strand DNA

分子名称: Non-Target Strand DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.451913 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG) (DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC) (DA)(DG)

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分子 #3: Cas12f Nuclease

分子名称: Cas12f Nuclease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 58.75759 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSMATEYTCI TRKIEVHLHR HGEYEEAKQR LIDDYRVWDT INDNLYKAAN RIVSHCFFND AYEYRLKIHS PRFQEIEKLL KYPKRNKLT DEDIKQLKAE RKQLFADFKK QRHTFLRGGV AEGANPEQNS TYKVISNEFL EVIPSEILTN LNQNISSTYK N YSLDVERG ...文字列:
GSMATEYTCI TRKIEVHLHR HGEYEEAKQR LIDDYRVWDT INDNLYKAAN RIVSHCFFND AYEYRLKIHS PRFQEIEKLL KYPKRNKLT DEDIKQLKAE RKQLFADFKK QRHTFLRGGV AEGANPEQNS TYKVISNEFL EVIPSEILTN LNQNISSTYK N YSLDVERG IRTIPNYKRG IPVPFSIKQR GELMLKSRDD GSIYVRFPLG LEWDLSFGRD RSNNREIVER VLSGQYDVGN SS IQESKNR KRFLLLVVKI PKENHNLNPD RIVGVDLGIN IPLYAALNDN DYGGMGIGSR EQFLNMRMRM DAKKRELQRN LRQ STNGGH GRKQKLQALE RFEGKERNWV HLQNHIFSKS IIEYAVKNNA GAIQMERLTG FGRDKNDEVD SNFKFILRYW SFFE LQTMI EYKANAAGIE VRYVDPYHTS QTCSFCGHYE KGQRLNQSTF VCKNPDCEKG KGKKLSDGTY QGINADWNAA RNIAL SDKI VDRKKKGGSG GSGGSGPPKK KRKV

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分子 #4: sgRNA

分子名称: sgRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 49.819699 KDa
配列文字列:
CAAACCCCUU CGGGGGAGGG CGCGUUGGAG CGCCUUAGUU UGAGGUGCAG AAUCAAAAAA ACUGCGACGA UGGAGGUCGU UUCAGUCUC UGUACACUCA AAAAAUUCAC UUGAGAAAUC AAGUGAAUAU CCAACGGAAG UGUAAGGAAG CUGCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3070006
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 69185
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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