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- EMDB-49956: Cryo-EM structure of OsCas12f-gRNA-DNA ternary complex. State II -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49956
タイトルCryo-EM structure of OsCas12f-gRNA-DNA ternary complex. State II
マップデータstructure of OsCas12f-gRNA-DNA ternary complex. State II
試料
  • 複合体: Ternary complex of OsCas12f-gRNA-DNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas12f
    • DNA: Target strand DNA
    • DNA: Non-target strand DNA
    • RNA: guide RNA
  • リガンド: ZINC ION
キーワードRNA-guided DNA endonuclease / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
生物種Oscillibacter sp. (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Guan K / Ocampo RF / Taylor DW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-1938 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of CRISPR-Cas12f nucleases
著者: Guan K / Ocampo RF / Taylor DW
履歴
登録2025年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49956.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49956.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of OsCas12f-gRNA-DNA ternary complex. State II
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 320 pix.
= 300.8 Å		0.94 Å/pix.
x 320 pix.
= 300.8 Å		0.94 Å/pix.
x 320 pix.
= 300.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.20369026 - 0.48255834
平均 (標準偏差)0.00052279065 (±0.01263418)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 300.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_49956_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_49956_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of OsCas12f-gRNA-DNA

全体名称: Ternary complex of OsCas12f-gRNA-DNA
要素
  • 複合体: Ternary complex of OsCas12f-gRNA-DNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas12f
    • DNA: Target strand DNA
    • DNA: Non-target strand DNA
    • RNA: guide RNA
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Ternary complex of OsCas12f-gRNA-DNA

超分子名称: Ternary complex of OsCas12f-gRNA-DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Oscillibacter sp. (バクテリア)

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分子 #1: Cas12f

分子名称: Cas12f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oscillibacter sp. (バクテリア)
分子量理論値: 49.389547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGKGVLAKVM KYELRYLDGC GDFSNMQEQV WALQRQTREI LNRSIQIAFQ WDCANSEHHR KTGEYLDLKT ETGYKRLDGH IYNCLKGQY EDMATSNLNA TIQKAWKKYN SSKKEILRGS MSIPSYKMNQ PLTLDKNTVK LSEGERNPIV TLTLFSDKFK R AQGVSNVK ...文字列:
MGKGVLAKVM KYELRYLDGC GDFSNMQEQV WALQRQTREI LNRSIQIAFQ WDCANSEHHR KTGEYLDLKT ETGYKRLDGH IYNCLKGQY EDMATSNLNA TIQKAWKKYN SSKKEILRGS MSIPSYKMNQ PLTLDKNTVK LSEGERNPIV TLTLFSDKFK R AQGVSNVK FSMPLHDGTQ RAIFANLMNG TYQLGECQLV YKRPKWFLFV TYKFPPVEHP LDPDKILGVD MGEACALYAS TF GEHGYLK IDGGEITKYA KKMEARIRSM QKQAAHCGEG RIGHGTKTRV SVVYQAKDKV ARFRDTINHR YSKALIDYAL KNQ CGTIQM EDLTGIKEDT GFPKFLRHWT YYDLQSKIEA KAAEHGIQVV KINPRHTSQR CSRCGHIDKA NRTSQADFCC TKCG FSANA DFNASQNISI RNIDKIIAKA IGANRKQT

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分子 #2: Target strand DNA

分子名称: Target strand DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Oscillibacter sp. (バクテリア)
分子量理論値: 13.83594 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT) (DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)

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分子 #3: Non-target strand DNA

分子名称: Non-target strand DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Oscillibacter sp. (バクテリア)
分子量理論値: 13.878857 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT) (DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC) (DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DT)

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分子 #4: guide RNA

分子名称: guide RNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oscillibacter sp. (バクテリア)
分子量理論値: 48.87007 KDa
配列文字列:
AGGGCCGACU UCCCGGCCCA AAAUCGAGAC AGUAGCCGUA AAACGUUGAG UUUCAGCGUG GGCGACACAC UCGAAAAGGU UAAGAUAUG CACAUAGUAA UCCGUGCAUG AGCCGCGAAA GCGGCUUGAA GGUGCUGUCU UGGGUGCAUU GG

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 44815
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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