[日本語] English
万見
- EMDB-4975: Haemonchus galactose containing glycoprotein complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4975
タイトルHaemonchus galactose containing glycoprotein complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Haemonchus galactose containing glycoprotein complex
    • タンパク質・ペプチド: Putative zinc metallopeptidase
    • タンパク質・ペプチド: Parasite pepsinogen
    • タンパク質・ペプチド: Cysteine Protease
キーワードMulti-protease complex / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloendopeptidase activity / protein processing / aspartic-type endopeptidase activity / lysosome / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M13 / Peptidase M13, N-terminal domain / Peptidase M13, C-terminal domain / Peptidase M13, domain 2 / Peptidase family M13 / Peptidase family M13 / Neprilysin-like (M13) protease domain profile. / Pepsin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide ...Peptidase M13 / Peptidase M13, N-terminal domain / Peptidase M13, C-terminal domain / Peptidase M13, domain 2 / Peptidase family M13 / Peptidase family M13 / Neprilysin-like (M13) protease domain profile. / Pepsin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative zinc metallopeptidase / Parasite pepsinogen
類似検索 - 構成要素
生物種Haemonchus contortus (ねんてんいちゅう)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Scarff CA / Thompson RF
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust204825/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust096685/Z/11/Z 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Structure of the protective nematode protease complex H-gal-GP and its conservation across roundworm parasites.
著者: Charlotte A Scarff / Rebecca F Thompson / George F J Newlands / Alexander H Jamson / Christopher Kennaway / Vivian J da Silva / Elida M Rabelo / Chun-Feng Song / John Trinick / W David Smith ...著者: Charlotte A Scarff / Rebecca F Thompson / George F J Newlands / Alexander H Jamson / Christopher Kennaway / Vivian J da Silva / Elida M Rabelo / Chun-Feng Song / John Trinick / W David Smith / Stephen P Muench /
要旨: Roundworm parasite infections are a major cause of human and livestock disease worldwide and a threat to global food security. Disease control currently relies on anthelmintic drugs to which ...Roundworm parasite infections are a major cause of human and livestock disease worldwide and a threat to global food security. Disease control currently relies on anthelmintic drugs to which roundworms are becoming increasingly resistant. An alternative approach is control by vaccination and 'hidden antigens', components of the worm gut not encountered by the infected host, have been exploited to produce Barbervax, the first commercial vaccine for a gut dwelling nematode of any host. Here we present the structure of H-gal-GP, a hidden antigen from Haemonchus contortus, the Barber's Pole worm, and a major component of Barbervax. We demonstrate its novel architecture, subunit composition and topology, flexibility and heterogeneity using cryo-electron microscopy, mass spectrometry, and modelling. Importantly, we demonstrate that complexes with the same architecture are present in other Strongylid roundworm parasites including human hookworm. This suggests a common ancestry and the potential for development of a unified hidden antigen vaccine.
履歴
登録2019年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月25日-
マップ公開2020年3月25日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6row
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4975.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 364 pix.
= 387.66 Å		1.07 Å/pix.
x 364 pix.
= 387.66 Å		1.07 Å/pix.
x 364 pix.
= 387.66 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.13055639 - 0.3030045
平均 (標準偏差)0.0008251641 (±0.009447437)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ364364364
Spacing364364364
セルA=B=C: 387.66003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z364364364
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z387.660387.660387.660
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS364364364
D min/max/mean-0.1310.3030.001

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_4975_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_4975_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_4975_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_4975_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Haemonchus galactose containing glycoprotein complex

全体名称: Haemonchus galactose containing glycoprotein complex
要素
  • 複合体: Haemonchus galactose containing glycoprotein complex
    • タンパク質・ペプチド: Putative zinc metallopeptidase
    • タンパク質・ペプチド: Parasite pepsinogen
    • タンパク質・ペプチド: Cysteine Protease

-
超分子 #1: Haemonchus galactose containing glycoprotein complex

超分子名称: Haemonchus galactose containing glycoprotein complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Multi-protease complex
由来(天然)生物種: Haemonchus contortus (ねんてんいちゅう)
分子量理論値: 500 KDa

-
分子 #1: Putative zinc metallopeptidase

分子名称: Putative zinc metallopeptidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haemonchus contortus (ねんてんいちゅう)
分子量理論値: 86.819812 KDa
配列文字列: NANRSKEWKN AANTLLFGLD ESVDPCEDFY GFTCNKFIER IDLDELGRGR FTTFSQAQLE VNSDIVKALE KVDVNDEKFS QTERITKAA FQSCVEYTLK DDRKASVNEL LQYISERFGG IPFLGQRVKG GCELYREMGR IEQQRALPTF MYTWVNVDHK N VSRNSYYI ...文字列:
NANRSKEWKN AANTLLFGLD ESVDPCEDFY GFTCNKFIER IDLDELGRGR FTTFSQAQLE VNSDIVKALE KVDVNDEKFS QTERITKAA FQSCVEYTLK DDRKASVNEL LQYISERFGG IPFLGQRVKG GCELYREMGR IEQQRALPTF MYTWVNVDHK N VSRNSYYI SQPTLPMPRE FYVLPQFAPE LDARTKAIEN VMKAFASDIL KDPSKYDKMI KTAAREVTQI EQKIAMASWP DD ELRNHEQ QYNPYELFAP SEGKIALQDA FPNIRFGKYI AGLMETATGG VPVSPVFIGD VIVTNPAYMG FLNTLFRQTN IQM NQYPFV NYIIVHMLFE DAEHLGDKYL RIAKDADYVT YAQRKGVGIT RSGRKYSRVF DERTDARMKC VDTITTYMPY GTGY VYVNS REDRDQVVED VKQQTELIMK TFLKKMLSTL SWMQGESYRR AEKKINEMHR NYGWPKKLFG DFKNFDTIDA YHRDD YYSI LEAYNNKTDK STAFYTILNI LRRGYENRES FRRKNETADR TNFLESPASV NAWYAPELNS LTLPFGILTS PHYDLQ FPK AFNFAGSGTV GGHELVHGFD DEGVQFDYDG SLADCSVYEC GWLEQKGKNG FKDMAQCVVT QYNAQCCPAK EGNVHCA NG AHTQGENIAD LGGLQASYNA YKEYIKMKGA EEMRLPGLEK FTPNQIFWIS YGYSWCAKET QSSLVKRLLT NPHSPNSC R VNQVLQDIPS FAKDFQCALG QKMYPPAEQR CKVW

UniProtKB: Putative zinc metallopeptidase

-
分子 #2: Parasite pepsinogen

分子名称: Parasite pepsinogen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haemonchus contortus (ねんてんいちゅう)
分子量理論値: 40.310469 KDa
配列文字列: VFPHPIYDYQ DTEYLAKITI GAPGQSFHVV LDTGSANLWI PDNICVNGRR GACRITTCDR GLVCEVLCHD KSCCEDDVDN PDEDNPCKG KSGFDSTQST SYAKITPKKY FEIVYGTGFA KGFLGNDTVR FGEEGNNKTL VVPGTVFGQA VQIGDPFANN P INGILGLG ...文字列:
VFPHPIYDYQ DTEYLAKITI GAPGQSFHVV LDTGSANLWI PDNICVNGRR GACRITTCDR GLVCEVLCHD KSCCEDDVDN PDEDNPCKG KSGFDSTQST SYAKITPKKY FEIVYGTGFA KGFLGNDTVR FGEEGNNKTL VVPGTVFGQA VQIGDPFANN P INGILGLG FRGLAQAGVT PPLQRAIDLK LVDPIFTVYM KQLGAKAKGQ DGGAFTYGGL DSVNCGQEIA YVDLTRPLYW QF KMEAFSA GYLSIRKGWE VISDTGTSFM GVPTAIADLV ADSYGGQYDE MFEIYTVDCN ATVTFGMTIG GKQYKIERKN LVL EEDKDS CMIAMTPLSS VGFGPQWILG APFIRQYCNI HDMRNNTIGF AEP

UniProtKB: Parasite pepsinogen

-
分子 #3: Cysteine Protease

分子名称: Cysteine Protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haemonchus contortus (ねんてんいちゅう)
分子量理論値: 28.31549 KDa
配列文字列: DPDIPENYDP RLIWPNCSSL FTIPDQANCG SCWAVSTAAA ISDRLCIASK GENQVFISSA DILSCCDTCG FGCDGGITFR AWEYFATKG SVSGGHFEAP NCCRPYYFHP CGQHGNDTFY GYCPRFAQTP FCRRKCRIGF NKSYAQDRIQ GKSFYTVDYS V PAIQREIM ...文字列:
DPDIPENYDP RLIWPNCSSL FTIPDQANCG SCWAVSTAAA ISDRLCIASK GENQVFISSA DILSCCDTCG FGCDGGITFR AWEYFATKG SVSGGHFEAP NCCRPYYFHP CGQHGNDTFY GYCPRFAQTP FCRRKCRIGF NKSYAQDRIQ GKSFYTVDYS V PAIQREIM TKGSVVGSYD VFTDFSHYKS GIYRHTGGKP DGRHAVRIIG WGKENGTDYW LIANSWHDDW GENGYFRMIR GI NDCGIEQ DITAGD

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 62.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 110863
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

詳細Models were generated using Phyre2, rigid body fitted in Chimera and then flexibly fitted into the map using MDFF in VMD.
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6row:
Haemonchus galactose containing glycoprotein complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る