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万見
- EMDB-49601: Cryo-EM structure of amyloid fibril isolated from the kidney of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49601
タイトルCryo-EM structure of amyloid fibril isolated from the kidney of a variant Alect2-I40V amyloidosis patient
マップデータThis map was used for building model.
試料
  • 複合体: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
キーワードLeukocyte cell-derived chemotaxin-2 / LECT2 / systemic amyloidosis / ALECT2 / systemic / amyloid / kidney. / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


skeletal system development / chemotaxis / : / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leukocyte cell-derived chemotaxin 2 / Leukocyte cell-derived chemotaxin 2, chordata / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nguyen B / Saelices L
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
American Heart Association847236 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)DP2-HL163810 米国
Welch FoundationI-2121-20220331 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of amyloid fibril isolated from the kidney of a variant Alect2-I40V amyloidosis patient
著者: Nguyen B / Saelices L
履歴
登録2025年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月11日-
マップ公開2026年2月11日-
更新2026年2月11日-
現状2026年2月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49601.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49601.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This map was used for building model.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 286.2 Å		0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 286.2 Å		0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 286.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.954 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0364
最小 - 最大-0.111045435 - 0.21652387
平均 (標準偏差)0.00017162474 (±0.0053487103)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 286.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: combined map from two half-maps

ファイルemd_49601_additional_1.map
注釈combined map from two half-maps
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map2

ファイルemd_49601_half_map_1.map
注釈half-map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map1

ファイルemd_49601_half_map_2.map
注釈half-map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Leukocyte cell-derived chemotaxin-2 protein

全体名称: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2 protein
要素
  • 複合体: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2

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超分子 #1: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2 protein

超分子名称: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2 protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: fibrillation of Leukocyte cell-derived chemotaxin-2 protein
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 組織: Kidney

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分子 #1: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2

分子名称: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 組織: Kidney
分子量理論値: 14.593726 KDa
配列文字列:
GPWANICAGK SSNEIRTCDR HGCGQYSAQR SQRPHQGVDV LCSAGSTVYA PFTGMIVGQE KPYQNKNAIN NGVRISGRGF CVKMFYIKP IKYKGPIKKG EKLGTLLPLQ KVYPGIQSHV HIENCDSSDP TAYL

UniProtKB: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: extracted in water
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22899 / 平均露光時間: 3.69 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.75 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -0.91 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 36221
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: NONE
Segment selection選択した数: 179392 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
詳細: We used Relion built-in Topaz to autopick this dataset.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: generated using relion_helix_inimodel2d
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細We used ModelAngelo to obtain the initial fibril model of a single chain.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 45
得られたモデル

PDB-9non:
Cryo-EM structure of amyloid fibril isolated from the kidney of a variant Alect2-I40V amyloidosis patient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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