[日本語] English
万見
- EMDB-49521: HIV-1 Reverse Transcriptase with New Non-Nucleoside Reverse Trans... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49521
タイトルHIV-1 Reverse Transcriptase with New Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor 12126065
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: HIV-1 reverse transcriptase with novel inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Reverse transcriptase p66 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reverse transcriptase p51 subunit
  • リガンド: 4-({5-amino-1-[6-(2-cyanoethyl)naphthalene-1-sulfonyl]-1H-1,2,4-triazol-3-yl}amino)-2-chlorobenzonitrile
キーワードReverse transcriptase / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding / viral penetration into host nucleus / host multivesicular body / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell plasma membrane / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Young MA / Lane TR / Raman R / Nelson JAE / Riabova O / Kazakova E / Monakhova N / Tsedilin A / Rees SD / Quinnell D ...Young MA / Lane TR / Raman R / Nelson JAE / Riabova O / Kazakova E / Monakhova N / Tsedilin A / Rees SD / Quinnell D / Chang G / Ekins S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase with -Phenyl-1-(phenylsulfonyl)-1-1,2,4-triazol-3-amine: A New HIV-1 Non-nucleoside Inhibitor.
著者: Megan A Young / Thomas R Lane / Renuka Raman / Julie A E Nelson / Olga Riabova / Elena Kazakova / Natalia Monakhova / Andrey Tsedilin / Steven D Rees / Daniel Quinnell / Vadim Makarov / ...著者: Megan A Young / Thomas R Lane / Renuka Raman / Julie A E Nelson / Olga Riabova / Elena Kazakova / Natalia Monakhova / Andrey Tsedilin / Steven D Rees / Daniel Quinnell / Vadim Makarov / Geoffrey Chang / Sean Ekins /
要旨: The use of highly active antiretroviral therapy (HAART) has made the human immunodeficiency virus (HIV) a chronic disease rather than a terminal disease. Non-nucleoside reverse transcriptase ...The use of highly active antiretroviral therapy (HAART) has made the human immunodeficiency virus (HIV) a chronic disease rather than a terminal disease. Non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs) are an important component of HAART, although we are seeing clinically relevant drug-resistant mutants such that there is a need to develop new molecules. We recently identified a new class of -phenyl-1-(phenylsulfonyl)-1-1,2,4-triazol-3-amine HIV-1 NNRTI, with one known as compound 12126065, with sub nanomolar (nM) potency in TZM-bl cells (HeLa cells expressing CD4, CCR5, and CXCR4) with no in vivo acute or subacute toxicity. We now describe the cryo-EM structure of this molecule (resolution of 3.53 Å) and compare it to analogues and other known NNRTIs. We also describe the synthesis and activity of five additional analogues of this class of compounds, some of which have promising activity against a K103N/Y181C (A17) double mutant, which will enable the design of future molecules.
履歴
登録2025年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_49521.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49521.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.042
最小 - 最大-0.5258282 - 0.88315666
平均 (標準偏差)0.00002730252 (±0.018441383)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 215.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_49521_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_49521_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : HIV-1 reverse transcriptase with novel inhibitor

全体名称: HIV-1 reverse transcriptase with novel inhibitor
要素
  • 細胞器官・細胞要素: HIV-1 reverse transcriptase with novel inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Reverse transcriptase p66 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reverse transcriptase p51 subunit
  • リガンド: 4-({5-amino-1-[6-(2-cyanoethyl)naphthalene-1-sulfonyl]-1H-1,2,4-triazol-3-yl}amino)-2-chlorobenzonitrile

-
超分子 #1: HIV-1 reverse transcriptase with novel inhibitor

超分子名称: HIV-1 reverse transcriptase with novel inhibitor / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 1.17 MDa

-
分子 #1: Reverse transcriptase p66 subunit

分子名称: Reverse transcriptase p66 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 65.8845 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPISPIETVP VKLKPGMDGP KVKQWPLTEE KIKALVEICT EMEKEGKISK IGPENPYNTP VFAIKKKDST KWRKLVDFRE LNKRTQDFW EVQLGIPHPA GLKQKKSVTV LDVGDAYFSV PLDKDFRKYT AFTIPSINNE TPGIRYQYNV LPQGWKGSPA I FQCSMTKI ...文字列:
MPISPIETVP VKLKPGMDGP KVKQWPLTEE KIKALVEICT EMEKEGKISK IGPENPYNTP VFAIKKKDST KWRKLVDFRE LNKRTQDFW EVQLGIPHPA GLKQKKSVTV LDVGDAYFSV PLDKDFRKYT AFTIPSINNE TPGIRYQYNV LPQGWKGSPA I FQCSMTKI LEPFRKQNPD IVIYQYMDDL YVGSDLEIGQ HRTKIEELRQ HLLRWGFTTP DKKHQKEPPF LWMGYELHPD KW TVQPIVL PEKDSWTVND IQKLVGKLNW ASQIYAGIKV RQLCKLLRGT KALTEVVPLT EEAELELAEN REILKEPVHG VYY DPSKDL IAEIQKQGQG QWTYQIYQEP FKNLKTGKYA RMKGAHTNDV KQLTEAVQKI ATESIVIWGK TPKFKLPIQK ETWE AWWTE YWQATWIPEW EFVNTPPLVK LWYQLEKEPI IGAETFYVDG AANRETKLGK AGYVTDRGRQ KVVPLTDTTN QKTEL QAIH LALQDSGLEV NIVTDSQYAL GIIQAQPDKS ESELVSQIIE QLIKKEKVYL AWVPAHKGIG GNEQVDGLVS AGIRKV LHH HHHHHHHH

UniProtKB: Gag-Pol polyprotein

-
分子 #2: Reverse transcriptase p51 subunit

分子名称: Reverse transcriptase p51 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 51.465234 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPISPIETVP VKLKPGMDGP KVKQWPLTEE KIKALVEICT EMEKEGKISK IGPENPYNTP VFAIKKKDST KWRKLVDFRE LNKRTQDFW EVQLGIPHPA GLKQKKSVTV LDVGDAYFSV PLDKDFRKYT AFTIPSINNE TPGIRYQYNV LPQGWKGSPA I FQCSMTKI ...文字列:
MPISPIETVP VKLKPGMDGP KVKQWPLTEE KIKALVEICT EMEKEGKISK IGPENPYNTP VFAIKKKDST KWRKLVDFRE LNKRTQDFW EVQLGIPHPA GLKQKKSVTV LDVGDAYFSV PLDKDFRKYT AFTIPSINNE TPGIRYQYNV LPQGWKGSPA I FQCSMTKI LEPFRKQNPD IVIYQYMDDL YVGSDLEIGQ HRTKIEELRQ HLLRWGFTTP DKKHQKEPPF LWMGYELHPD KW TVQPIVL PEKDSWTVND IQKLVGKLNW ASQIYAGIKV RQLCKLLRGT KALTEVVPLT EEAELELAEN REILKEPVHG VYY DPSKDL IAEIQKQGQG QWTYQIYQEP FKNLKTGKYA RMKGAHTNDV KQLTEAVQKI ATESIVIWGK TPKFKLPIQK ETWE AWWTE YWQATWIPEW EFVNTPPLVK LWYQLEKEPI IGAETF

UniProtKB: Gag-Pol polyprotein

-
分子 #3: 4-({5-amino-1-[6-(2-cyanoethyl)naphthalene-1-sulfonyl]-1H-1,2,4-t...

分子名称: 4-({5-amino-1-[6-(2-cyanoethyl)naphthalene-1-sulfonyl]-1H-1,2,4-triazol-3-yl}amino)-2-chlorobenzonitrile
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: A1BYY
分子量理論値: 477.926 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTris-HClTris-HCl Buffer
60.0 mMNaClSodium chloride

詳細: 50mM Tris-HCl pH=8, 60mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 30.0 kPa
詳細: The cryo-EM grids used for single particle collection were Quantifoil R 2/1 300 gold mesh grids with carbon coating. The grids were glow-discharged for 25 s at 25 mA with the chamber pressure ...詳細: The cryo-EM grids used for single particle collection were Quantifoil R 2/1 300 gold mesh grids with carbon coating. The grids were glow-discharged for 25 s at 25 mA with the chamber pressure set at 0.3 mbar (PELCO easiGlow; Ted Pella).
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: The cryo-EM grids used for single particle collection were Quantifoil R 2/1 300 gold mesh grids with carbon coating. The grids were glow-discharged for 25 s at 25 mA with the chamber pressure ...詳細: The cryo-EM grids used for single particle collection were Quantifoil R 2/1 300 gold mesh grids with carbon coating. The grids were glow-discharged for 25 s at 25 mA with the chamber pressure set at 0.3 mbar (PELCO easiGlow; Ted Pella). The grids were prepared using the Leica GP2 plunge freezer with its chamber set to 10oC and 95% humidity. Samples of purified HIV-1 RT were diluted to 1mg/mL and 2 molar equivalents of the appropriate compound 12126065 were incubated on a 4oC rotator overnight to combine. A total of 4uL of HIV-1 RT and compound were applied to the backside of the Quantifoil grid and blotted for 4 seconds on the carbon side before plunge frozen in ethane at -181oC..
詳細Samples of purified HIV-1 RT were diluted to 1mg/mL and 2 molar equivalents of the appropriate compound 12126065 were incubated on a 4oC rotator overnight to combine.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 6268754
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4g1q

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 175711
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 1

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4g1q


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 125
得られたモデル

PDB-9nlp:
HIV-1 Reverse Transcriptase with New Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor 12126065

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る