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- EMDB-49347: cryo-EM structure of Serendipita indica sulfate transporter SiSul... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49347
タイトルcryo-EM structure of Serendipita indica sulfate transporter SiSulT in sulphate bound state
マップデータSharpened final map use for model building.
試料
  • 複合体: Sulphate transporter with its substrate
    • タンパク質・ペプチド: Sulfate transporter
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: water
キーワードTransporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfate import across plasma membrane / sulfate transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulfate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Serendipita indica (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Khandelwal NK / Kumar P / Gupta M / Finer-Moore J / Stroud RM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM024485 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryo-EM structure of Serendipita indica sulfate transporter SiSulT in sulphate bound state
著者: Khandelwal NK / Kumar P / Gupta M / Finer-Moore J / Stroud RM
履歴
登録2025年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49347.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened final map use for model building.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 360.316 Å		0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 360.316 Å		0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 360.316 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8189 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-2.491063 - 4.788146
平均 (標準偏差)0.00007554683 (±0.057781953)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 360.316 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49347_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened final map.

ファイルemd_49347_additional_1.map
注釈Unsharpened final map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A.

ファイルemd_49347_half_map_1.map
注釈Half map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B.

ファイルemd_49347_half_map_2.map
注釈Half map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sulphate transporter with its substrate

全体名称: Sulphate transporter with its substrate
要素
  • 複合体: Sulphate transporter with its substrate
    • タンパク質・ペプチド: Sulfate transporter
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Sulphate transporter with its substrate

超分子名称: Sulphate transporter with its substrate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Serendipita indica (菌類)
分子量理論値: 206.65154 KDa

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分子 #1: Sulfate transporter

分子名称: Sulfate transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Serendipita indica (菌類)
分子量理論値: 88.222195 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MASDYKDDDD KGALEVLFQG PSSPGAATVK RLAKKIVSAP EEAPPTVSSG DWIKSQLEGE TPKTAVVHYL KSLFPVIQWA PNYNIGWLY GDVVAGLTVG LVLIPQSMSY ARLATLPTEY GLYASFVGVF IYCFFATSKD VSIGPVAVMS LEVANIIKYV Q SHYGDRWG ...文字列:
MASDYKDDDD KGALEVLFQG PSSPGAATVK RLAKKIVSAP EEAPPTVSSG DWIKSQLEGE TPKTAVVHYL KSLFPVIQWA PNYNIGWLY GDVVAGLTVG LVLIPQSMSY ARLATLPTEY GLYASFVGVF IYCFFATSKD VSIGPVAVMS LEVANIIKYV Q SHYGDRWG NVQIAVTLSF ICGFIVLGIG LLRIGWIVEF IPTPAVAGFM TGSAITIVSS QVPGLFGIQN LLDTRTSAYK VI INTLKNL GHSKKDAAFG VTGLFALYFI RWIFDYLGRR YPNRARTFFY LSVMRNAFVL IILTLAAWGV VRYEKPDKKG NYS ISILKT VPRGFKHIGQ PTIDPELLKG LGSHLFVATL ILLLEHIAIS KSFGRINGYK INPNQELIAI GVTNTIGTLF AAYP ATGSF SRSALKSKCG VRTPAAGWVT GLVVIVALYG LTDAFFFIPT AGLSAIIVHA VADLVTPPSQ VYRFWLISPL EFLIW AAAV LVSIFSSIEN GIYTSVAASL VLLLIRVARP GGQFLGKVKV HGDDNSTSRD VFVPLEPKGG LRNPHIIVEP AAPGVF IFR LEESFTFPNS SLINSTVVDH IKEHTRRGKD VSLIRLIDRP WNDPGPRRGA AFDPKAQDTS KPLLKAVVLD FAAVGNI DT TGVQNLIDTR KELENWADGP VEFHFANILS PWVRRGLVAG GFGTGKDVDF PAEVAPVVPN QSGDYADPDH QTPHLRHR E EWISKTGTTK TDKTEADVES GDSEYRKSNS PSSSVEGPLL STLTPFFHVD LASAVRVAEA RAKRSTPGLV PRGSSAHHH HHHHHHHGA

UniProtKB: Sulfate transporter

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分子 #2: SULFATE ION

分子名称: SULFATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: SO4
分子量理論値: 96.063 Da
Chemical component information

ChemComp-SO4:
SULFATE ION

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTris-ClTris chloride

詳細: 50 mM Tirs ,300mM Nacl pH7.5- LMNG0.01%+.001%CHS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 気圧: 33.0 kPa / 詳細: 30 sec glow 30 sec hold with 15mA at 33000 Pa .
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.81 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sult-0.9mg /ml with +100mM Na2SO4

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6392 / 平均露光時間: 0.8189 sec. / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1) / 使用した粒子像数: 425677
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 89.8
得られたモデル

PDB-9nf7:
cryo-EM structure of Serendipita indica sulfate transporter SiSulT in sulphate bound state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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