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- EMDB-49304: The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49304
タイトルThe rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with Pritelivir
マップデータ
試料
  • 複合体: The ternary complex of HSV-1 UL8/UL52/UL5 helicase-primase complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase/primase complex-associated protein
キーワードInhibitor / Herpesvirus / Helicase / Primase / Pritelivir / REPLICATION / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA replication / host cell nucleus / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA helicase/primase complex-associated protein / Herpesvirus DNA helicase/primase complex associated protein / DNA primase / Herpesviridae UL52/UL70 DNA primase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA helicase/primase complex-associated protein / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Herpesviridae (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yao Q / Yu X
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Structural and mechanistic insights into herpesvirus helicase-primase and its therapeutic inhibitors.
著者: Qing Yao / Alexandre Mercier / Arabinda Nayak / Lindsey May / Pui Yan Ho / Ariel Lewis-Ballester / Varsha Nair / Annapurna Sapre / Thomas Aeschbacher / Jit Mukherjee / Christopher Richards / ...著者: Qing Yao / Alexandre Mercier / Arabinda Nayak / Lindsey May / Pui Yan Ho / Ariel Lewis-Ballester / Varsha Nair / Annapurna Sapre / Thomas Aeschbacher / Jit Mukherjee / Christopher Richards / Roberto Mateo / Aesop Cho / Eric Lansdon / Xinchao Yu /
要旨: The herpes simplex virus (HSV) helicase-primase (HP) complex is a promising anti-herpes therapeutic target. However, progress in developing highly effective small-molecule HP inhibitors (HPIs) for ...The herpes simplex virus (HSV) helicase-primase (HP) complex is a promising anti-herpes therapeutic target. However, progress in developing highly effective small-molecule HP inhibitors (HPIs) for the treatment of genital herpes has been hindered by the lack of structural information on the HP complex and the incomplete understanding of the mechanism of action of HPIs. Here we present the cryogenic electron microscopy structure of the HSV-1 HP apo-complex (3.8 Å), along with structures bound to pritelivir (3.2 Å) and amenamevir (3.2 Å)-two clinically active, chemically distinct HPIs. The potency of both inhibitors against HSV variants bearing mutations within the HPI binding pocket supports the high-resolution mapping of key molecular interactions while revealing residues that govern their antiviral spectrum against alphaherpesviruses. Our results provide important insight into the unique architecture of the HP complex and the mechanism of inhibition of HPIs, paving the way for the development of next-generation antivirals to treat herpesvirus infections.
履歴
登録2025年2月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49304.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49304.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 440 pix.
= 320.76 Å		0.73 Å/pix.
x 440 pix.
= 320.76 Å		0.73 Å/pix.
x 440 pix.
= 320.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.729 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.133
最小 - 最大-0.0018010587 - 2.1848068
平均 (標準偏差)0.00060534663 (±0.019488262)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 320.75998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49304_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49304_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49304_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The ternary complex of HSV-1 UL8/UL52/UL5 helicase-primase complex

全体名称: The ternary complex of HSV-1 UL8/UL52/UL5 helicase-primase complex
要素
  • 複合体: The ternary complex of HSV-1 UL8/UL52/UL5 helicase-primase complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase/primase complex-associated protein

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超分子 #1: The ternary complex of HSV-1 UL8/UL52/UL5 helicase-primase complex

超分子名称: The ternary complex of HSV-1 UL8/UL52/UL5 helicase-primase complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Herpesviridae (ウイルス)

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分子 #1: DNA primase

分子名称: DNA primase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
由来(天然)生物種: Herpesviridae (ウイルス)
分子量理論値: 114.544547 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGQEDGNRGE RRAAGTPVEV TALYATDGCV ITSSIALLTN SLLGAEPVYI FSYDAYTHDG RADGPTEQDR FEESRALYQA SGGLNGDSF RVTFCLLGTE VGGTHQARGR TRPMFVCRFE RADDVAALQD ALAHGTPLQP DHIAATLDAE ATFALHANMI L ALTVAINN ...文字列:
MGQEDGNRGE RRAAGTPVEV TALYATDGCV ITSSIALLTN SLLGAEPVYI FSYDAYTHDG RADGPTEQDR FEESRALYQA SGGLNGDSF RVTFCLLGTE VGGTHQARGR TRPMFVCRFE RADDVAALQD ALAHGTPLQP DHIAATLDAE ATFALHANMI L ALTVAINN ASPRTGRDAA AAQYDQGASL RSLVGRTSLG QRGLTTLYVH HEVRVLAAYR RAYYGSAQSP FWFLSKFGPD EK SLVLTTR YYLLQAQRLG GAGATYDLQA IKDICATYAI PHAPRPDTVS AASLTSFAAI TRFCCTSQYA RGAAAAGFPL YVE RRIAAD VRETSALEKF ITHDRSCLRV SDREFITYIY LAHFECFSPP RLATHLRAVT THDPNPAAST EQPSPLGREA VEQF FCHVR AQLNIGEYVK HNVTPRETVL DGDTAKAYLR ARTYAPGALT PAPAYCGAVD SATKMMGRLA DAEKLVPRRG WPAFA PASP GEDTAGGTPP PQTCGIVKRL LRLAATEQQG PTPPAIAALI RNAAVQTPLP VYRISMVPTG QAFAALAWDD WARITR DAR LAEAVVSAEA AAHPDHGALG RRLTDRIRAQ GPVMPPGGLD AGGQMYVNRN EIFNGALAIT NIILDLDIAL KEPVPFR RL HEALGHFRRG ALAAVQLLFP AARVDPDAYP CYFFKSACRP GPASVGSGSG LGNDDDGDWF PCYDDAGDEE WAEDPGAM D TSHDPPDDEV AYFDLCHEVG PTAEPRETDS PVCSCTDKIG LRVCMPVPAP YVVHGSLTMR GVARVIQQAV LLDDFVVEA IGSYVKNFLL IDTGVYAHGH SLRLPYFAKI APDGPACGRL LPVFVIPPAC KDVPAFVAAH ADPRRFHFHA PPTYLASPRE IRVLHSLGG DYVSFFERKA SRNALEHFGR RETLTEVLGR YNVQPDAGGT VEGFASELLG RIVACIETHF PEHAGEYQAV S VRRAVSKD DWVLLQLVPV RGTLQQSLSC LRFKHGRASR ATARTFVALS VGANNRLCVS LCQQCFAAKC DSNRLHTLFT ID AGTPCSP SVPCSTSQPS S

UniProtKB: DNA primase

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分子 #2: DNA helicase/primase complex-associated protein

分子名称: DNA helicase/primase complex-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Herpesviridae (ウイルス)
分子量理論値: 80.005664 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDTADIVWVE ESVSAITLYA VWLPPRAREY FHALVYFVCR NAAGEGRARF AEVSVTATEL RDFYGSADVS VQAVVAAARA ATTPAASPL EPLENPTLWR ALYACVLAAL ERQTGPVALF APLRIGSDPR TGLVVKVERA SWGPPAAPRA ALLVAEANID I DPMALAAR ...文字列:
MDTADIVWVE ESVSAITLYA VWLPPRAREY FHALVYFVCR NAAGEGRARF AEVSVTATEL RDFYGSADVS VQAVVAAARA ATTPAASPL EPLENPTLWR ALYACVLAAL ERQTGPVALF APLRIGSDPR TGLVVKVERA SWGPPAAPRA ALLVAEANID I DPMALAAR VAEHPDARLA WARLAAIRDT PQCASAASLT VNITTGTALF AREYQTLAFP PIKKEGAFGD LVEVCEVGLR PR GHPQRVT ARVLLPRDYD YFVSAGEKFS APALVALFRQ WHTTVHAAPG ALAPVFAFLG PEFEVRGGPV PYFAVLGFPG WPT FTVPAT AESARDLVRG AAAAYAALLG AWPAVGARVV LPPRAWPGVA SAAAGCLLPA VREAVARWHP ATKIIQLLDP PAAV GPVWT ARFCFPGLRA QLLAALADLG GSGLADPHGR TGLARLDALV VAAPSEPWAG AVLERLVPDT CNACPALRQL LGGVM AAVC LQIEETASSV KFAVCGGDGG AFWGVFNVDP QDADAASGVI EDARRAIETA VGAVLRANAV RLRHPLCLAL EGVYTH AVA WSQAGVWFWN SRDNTDHLGG FPLRGPAYTT AAGVVRDTLR RVLGLTTACV PEEDALTARG LMEDACDRLI LDAFNKR LD AEYWSVRVSP FEASDPLPPT AFRGGALLDA EHYWRRVVRV CPGGGESVGV PVDLYPRPLV LPPVDCAHHL REILREIE L VFTGVLAGVW GEGGKFVYPF DDKMSFLFA

UniProtKB: DNA helicase/primase complex-associated protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均露光時間: 5.84 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 136652
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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