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- EMDB-47331: Human GC-A bound to ANP and 2xREGN5308 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47331
タイトルHuman GC-A bound to ANP and 2xREGN5308
マップデータ
試料
  • 複合体: RGN5308 bound to NPR1-ANP
    • タンパク質・ペプチド: REGN5308 - Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN5308 - Light chain
    • タンパク質・ペプチド: Atrial natriuretic peptide receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Atrial natriuretic peptide
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
キーワードreceptor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of collecting lymphatic vessel constriction / : / ANPR-A receptor complex / natriuretic peptide receptor activity / : / neuropeptide receptor binding / : / mast cell granule / response to 3-methylcholanthrene / receptor guanylyl cyclase signaling pathway ...negative regulation of collecting lymphatic vessel constriction / : / ANPR-A receptor complex / natriuretic peptide receptor activity / : / neuropeptide receptor binding / : / mast cell granule / response to 3-methylcholanthrene / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / body fluid secretion / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / peptide receptor activity / positive regulation of renal sodium excretion / cell growth involved in cardiac muscle cell development / guanylate cyclase / synaptic signaling via neuropeptide / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / negative regulation of JUN kinase activity / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / Physiological factors / cardiac conduction system development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / sodium ion export across plasma membrane / regulation of vascular permeability / neuropeptide hormone activity / positive regulation of urine volume / hormone receptor binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / glycinergic synapse / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / G protein-coupled peptide receptor activity / aortic valve morphogenesis / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / : / dopamine metabolic process / hormone binding / peptide hormone binding / brush border / cellular response to angiotensin / neuropeptide signaling pathway / positive regulation of heart rate / response to muscle stretch / positive regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of angiogenesis / blood vessel diameter maintenance / cell projection / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / female pregnancy / cellular response to mechanical stimulus / hormone activity / negative regulation of cell growth / response to insulin / regulation of blood pressure / vasodilation / cellular response to hydrogen peroxide / : / protein folding / perikaryon / response to hypoxia / cell surface receptor signaling pathway / protein kinase activity / receptor complex / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Natriuretic peptide, atrial type / : / Natriuretic peptide, conserved site / Atrial natriuretic peptide / Natriuretic peptides signature. / Natriuretic peptide / Natriuretic peptide / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase / Natriuretic peptides receptors signature. / : ...Natriuretic peptide, atrial type / : / Natriuretic peptide, conserved site / Atrial natriuretic peptide / Natriuretic peptides signature. / Natriuretic peptide / Natriuretic peptide / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase / Natriuretic peptides receptors signature. / : / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Natriuretic peptides A / Atrial natriuretic peptide receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Liu S / Huang X-Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: human NPR1 bound to ANP and 2xRGN5308
著者: Liu S / Huang X-Y
履歴
登録2024年10月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47331.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47331.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-4.3465385 - 6.769871
平均 (標準偏差)0.00027235204 (±0.16369677)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47331_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47331_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RGN5308 bound to NPR1-ANP

全体名称: RGN5308 bound to NPR1-ANP
要素
  • 複合体: RGN5308 bound to NPR1-ANP
    • タンパク質・ペプチド: REGN5308 - Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN5308 - Light chain
    • タンパク質・ペプチド: Atrial natriuretic peptide receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Atrial natriuretic peptide
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: RGN5308 bound to NPR1-ANP

超分子名称: RGN5308 bound to NPR1-ANP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: REGN5308 - Heavy chain

分子名称: REGN5308 - Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.46842 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVTV SCKASGYTFT DYYMHWVRQA PGQGLEWMGW IKPNSGGTNS AQRFQGRITM TWDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCSRG GPVMNYYYYY GMDVWGQGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVTV SCKASGYTFT DYYMHWVRQA PGQGLEWMGW IKPNSGGTNS AQRFQGRITM TWDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCSRG GPVMNYYYYY GMDVWGQGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKRVEPKSC

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分子 #2: REGN5308 - Light chain

分子名称: REGN5308 - Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.323898 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: NIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSID SYLNWYQQKP GKAPKLLIYV ASSLQSGVPS RFSGSGSGKD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSYSIPTFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
NIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSID SYLNWYQQKP GKAPKLLIYV ASSLQSGVPS RFSGSGSGKD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSYSIPTFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #3: Atrial natriuretic peptide receptor 1

分子名称: Atrial natriuretic peptide receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: guanylate cyclase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 115.702828 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: AAGNLTVAVV LPLANTSYPW SWARVGPAVE LALAQVKARP DLLPGWTVRT VLGSSENALG VCSDTAAPLA AVDLKWEHNP AVFLGPGCV YAAAPVGRFT AHWRVPLLTA GAPALGFGVK DEYALTTRAG PSYAKLGDFV AALHRRLGWE RQALMLYAYR P GDEEHCFF ...文字列:
AAGNLTVAVV LPLANTSYPW SWARVGPAVE LALAQVKARP DLLPGWTVRT VLGSSENALG VCSDTAAPLA AVDLKWEHNP AVFLGPGCV YAAAPVGRFT AHWRVPLLTA GAPALGFGVK DEYALTTRAG PSYAKLGDFV AALHRRLGWE RQALMLYAYR P GDEEHCFF LVEGLFMRVR DRLNITVDHL EFAEDDLSHY TRLLRTMPRK GRVIYICSSP DAFRTLMLLA LEAGLCGEDY VF FHLDIFG QSLQGGQGPA PRRPWERGDG QDVSARQAFQ AAKIITYKDP DNPEYLEFLK QLKHLAYEQF NFTMEDGLVN TIP ASFHDG LLLYIQAVTE TLAHGGTVTD GENITQRMWN RSFQGVTGYL KIDSSGDRET DFSLWDMDPE NGAFRVVLNY NGTS QELVA VSGRKLNWPL GYPPPDIPKC GFDNEDPACN QDHLSTLEVL ALVGSLSLLG ILIVSFFIYR KMQLEKELAS ELWRV RWED VEPSSLERHL RSAGSRLTLS GRGSNYGSLL TTEGQFQVFA KTAYYKGNLV AVKRVNRKRI ELTRKVLFEL KHMRDV QNE HLTRFVGACT DPPNICILTE YCPRGSLQDI LENESITLDW MFRYSLTNDI VKGMLFLHNG AICSHGNLKS SNCVVDG RF VLKITDYGLE SFRDLDPEQG HTVYAKKLWT APELLRMASP PVRGSQAGDV YSFGIILQEI ALRSGVFHVE GLDLSPKE I IERVTRGEQP PFRPSLALQS HLEELGLLMQ RCWAEDPQER PPFQQIRLTL RKFNRENSSN ILDNLLSRME QYANNLEEL VEERTQAYLE EKRKAEALLY QILPHSVAEQ LKRGETVQAE AFDSVTIYFS DIVGFTALSA ESTPMQVVTL LNDLYTCFDA VIDNFDVYK VETIGDAYMV VSGLPVRNGR LHACEVARMA LALLDAVRSF RIRHRPQEQL RLRIGIHTGP VCAGVVGLKM P RYCLFGDT VNTASRMESN GEALKIHLSS ETKAVLEEFG GFELELRGDV EMKGKGKVRT YWLLGERGSS TRG

UniProtKB: Atrial natriuretic peptide receptor 1

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分子 #4: Atrial natriuretic peptide

分子名称: Atrial natriuretic peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.087505 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SLRRSSCFGG RMDRIGAQSG LGCNSFRY

UniProtKB: Natriuretic peptides A

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分子 #7: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 211000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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