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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45648
タイトルRepresentative cryo electron tomography reconstructions showing central pair microtubule alignment in a wild type Trypanosoma brucei cell
マップデータa tomogram of the extracted flagellum in a wild type cell
試料
  • 細胞器官・細胞要素: central pair microtubule organization in wild type cells
キーワードIntraflagellar transport (IFT) / Arl13b / Arl3 / ODA16 / cilia / flagella / small GTPase / Trypanosoma brucei / ciliopathy / PROTEIN TRANSPORT
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.02 Å
データ登録者Sun SY / Huang Y
資金援助 シンガポール, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2017-T2-2-109 シンガポール
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE-T2EP30121-0003 シンガポール
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: ARL3 GTPases facilitate ODA16 unloading from IFT in motile cilia.
著者: Yameng Huang / Xiaoduo Dong / Stella Y Sun / Teck-Kwang Lim / Qingsong Lin / Cynthia Y He /
要旨: Eukaryotic cilia and flagella are essential for cell motility and sensory functions. Their biogenesis and maintenance rely on the intraflagellar transport (IFT). Several cargo adapters have been ...Eukaryotic cilia and flagella are essential for cell motility and sensory functions. Their biogenesis and maintenance rely on the intraflagellar transport (IFT). Several cargo adapters have been identified to aid IFT cargo transport, but how ciliary cargos are discharged from the IFT remains largely unknown. During our explorations of small GTPases ARL13 and ARL3 in , we found that ODA16, a known IFT cargo adapter present exclusively in motile cilia, is a specific effector of ARL3. In the cilia, active ARL3 GTPases bind to ODA16 and dissociate ODA16 from the IFT complex. Depletion of ARL3 GTPases stabilizes ODA16 interaction with the IFT, leading to ODA16 accumulation in cilia and defects in axonemal assembly. The interactions between human ODA16 homolog HsDAW1 and ARL GTPases are conserved, and these interactions are altered in HsDAW1 disease variants. These findings revealed a conserved function of ARL GTPases in IFT transport of motile ciliary components, and a mechanism of cargo unloading from the IFT.
履歴
登録2024年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月11日-
現状2024年9月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45648.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45648.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈a tomogram of the extracted flagellum in a wild type cell
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
11.02 Å/pix.
x 350 pix.
= 3858.4 Å		11.02 Å/pix.
x 1024 pix.
= 11288.576 Å		11.02 Å/pix.
x 1024 pix.
= 11288.576 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.024 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-35.294246999999999 - 20.53406
平均 (標準偏差)0.000000003997413 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-512-512-175
サイズ10241024350
Spacing10241024350
セルA: 11288.576 Å / B: 11288.576 Å / C: 3858.4001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Feature annotation of the paraflagellar rod

ファイルemd_45648_additional_1.map
注釈Feature annotation of the paraflagellar rod
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Feature annotation of the central pair microtubules

ファイルemd_45648_additional_2.map
注釈Feature annotation of the central pair microtubules
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Feature annotation of the axoneme microtubules

ファイルemd_45648_additional_3.map
注釈Feature annotation of the axoneme microtubules
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : central pair microtubule organization in wild type cells

全体名称: central pair microtubule organization in wild type cells
要素
  • 細胞器官・細胞要素: central pair microtubule organization in wild type cells

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超分子 #1: central pair microtubule organization in wild type cells

超分子名称: central pair microtubule organization in wild type cells
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: detergent extracted flagellum from Trypanosoma brucei cells
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカー
Manufacturer直径
EMS10 nm
EMS15 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.02 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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