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- EMDB-45179: Cryo-EM Structure of EV-D68 Vaccine Candidate - A2 Subclade Virus... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45179
タイトルCryo-EM Structure of EV-D68 Vaccine Candidate - A2 Subclade Virus-like Particle
マップデータ
試料
  • ウイルス: Enterovirus (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP0
    • タンパク質・ペプチド: VP3
キーワードEV-D68 / A2 subclade / VLP / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...: / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human enterovirus D68 (エンテロウイルス) / Enterovirus (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Cheng J / Krug PW / Lei H / Moss DL / Huang R / Lang ZC / Morton AJ / Shen C / Pierson TC / Zhou T ...Cheng J / Krug PW / Lei H / Moss DL / Huang R / Lang ZC / Morton AJ / Shen C / Pierson TC / Zhou T / Ruckwardt TJ / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights from vaccine candidates for EV-D68.
著者: Jiaxuan Cheng / Peter W Krug / Haotian Lei / Daniel L Moss / Zabrina C Lang / Abraham J Morton / Chen-Hsiang Shen / Sergei Pletnev / Rick K Huang / Theodore C Pierson / Tongqing Zhou / Tracy ...著者: Jiaxuan Cheng / Peter W Krug / Haotian Lei / Daniel L Moss / Zabrina C Lang / Abraham J Morton / Chen-Hsiang Shen / Sergei Pletnev / Rick K Huang / Theodore C Pierson / Tongqing Zhou / Tracy J Ruckwardt / Peter D Kwong /
要旨: Enterovirus D68 (EV-D68), a member of the Picornaviridae family, causes respiratory illness and can lead to acute flaccid myelitis in children. No specific treatment or vaccine is available. Here, we ...Enterovirus D68 (EV-D68), a member of the Picornaviridae family, causes respiratory illness and can lead to acute flaccid myelitis in children. No specific treatment or vaccine is available. Here, we determine cryo-EM structures of EV-D68 virus-like particles (VLPs), inactivated virus particles (InVPs), and altered virus particles (A-particles) from B3 and A2 subclades. The B3 VLP is a current vaccine candidate, which we show closely resembles its InVP counterpart, particularly at the 5-fold axis of symmetry, the target of potent neutralizing antibodies. Similar structural conservation was observed in the A2 subclade. Sequence variation between B3 and A2 mainly occurred in flexible loops displayed on the particle surface. A canyon-filling pocket factor was present in B3 InVP but absent in A2 InVP. A-particles were predominant in β-propiolactone-inactivated virus at longer but not shorter incubation. Overall, our findings highlight EV-D68 similarities and subclade-specific differences, offering structural insights that relate to vaccine development.
履歴
登録2024年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45179.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45179.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 531.2 Å		0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 531.2 Å		0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 531.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.168
最小 - 最大-0.16044943 - 0.58988154
平均 (標準偏差)0.0075285463 (±0.033098802)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 531.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45179_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45179_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterovirus

全体名称: Enterovirus (エンテロウイルス)
要素
  • ウイルス: Enterovirus (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP0
    • タンパク質・ペプチド: VP3

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超分子 #1: Enterovirus

超分子名称: Enterovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12059 / 生物種: Enterovirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SUBSPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 33.014531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGASSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKNHT SSEARTDKN FYKWTINTKS FVQLRRKLEL FTYLRFDAEI TILTTVAVGS NNSTYMGLPD LTLQAMFVPT GALTPEKQDS F HWQSGSNA ...文字列:
IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGASSNTEPE EAIQTRTVIN QHGVSETLVE NFLSRAALVS KRSFEYKNHT SSEARTDKN FYKWTINTKS FVQLRRKLEL FTYLRFDAEI TILTTVAVGS NNSTYMGLPD LTLQAMFVPT GALTPEKQDS F HWQSGSNA SVFFKVSDPP ARMTIPFMCI NSAYSVFYDG FAGFEKNGLY GINPADTIGN LCVRIVNEHQ PIGFTVTVRV YM KPKHIKA WAPRPPRTLP YMSIANANYK GKERAPNALN AIIGNRESVK TMPHDIRLV

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: VP0

分子名称: VP0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 35.074316 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGAQVTRQQT GTHENANIAT NGSHITYNQI NFYKDSYAAS ASKQDFSQDP SKFTEPVVEG LKAGAPVLKS PSAEACGYSD RVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETESTGWWW KLPDALNNIG M FGQNVQHH ...文字列:
MGAQVTRQQT GTHENANIAT NGSHITYNQI NFYKDSYAAS ASKQDFSQDP SKFTEPVVEG LKAGAPVLKS PSAEACGYSD RVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETESTGWWW KLPDALNNIG M FGQNVQHH YLYRSGFLIH VQCNATKFHQ GALLVVAIPE HQRGAHNTTT SPGFDDIMKG EEGGTFNHPY VLDDGTSLAC AT IFPHQWI NLRTNNSATI VLPWMNAAPM DFPLRHNQWT LAIIPVVPLG TRTVSSMVPI TVSIAPMCCE FNGLRHAITQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 27.282035 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPVLPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVIQVE SMMEINNTEN AVGMQRLKVD ISVLTDVDQL LFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMATGKL ILCYTPPGGS CPTTRETAML GTHIVWDFGL Q SSVTLVIP ...文字列:
GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPVLPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVIQVE SMMEINNTEN AVGMQRLKVD ISVLTDVDQL LFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMATGKL ILCYTPPGGS CPTTRETAML GTHIVWDFGL Q SSVTLVIP WISGSHYRMF NNDAKSTNAN VGYVTCFMQT NLIVPSESSN TCSLIGFVAA KDDFSLRLMR DSPDIGQLEH LH EAEAAYQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wdt

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 37000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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