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- EMDB-45050: Structure of an STK19-containing TC-NER complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45050
タイトルStructure of an STK19-containing TC-NER complex
マップデータComposite map (map ix)
試料
  • 複合体: Transcription-coupled nucleotide excision repair complex
    • タンパク質・ペプチド: x 19種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードDNA repair / RNA polymerase II / Co-transcriptional process / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex ...B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / B-WICH complex / DNA protection / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / ATP-dependent chromatin remodeler activity / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / response to superoxide / spindle assembly involved in female meiosis / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / photoreceptor cell maintenance / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / nuclear lumen / UV-damage excision repair / positive regulation of Ras protein signal transduction / response to UV-B / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / RNA polymerase binding / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / RNA polymerase II complex binding / cullin family protein binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / viral release from host cell / site of DNA damage / protein tyrosine kinase activator activity / RNA Polymerase I Transcription Initiation / pyrimidine dimer repair / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to X-ray / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / ectopic germ cell programmed cell death / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / RNA polymerase I complex / positive regulation of viral genome replication / RNA polymerase III complex / transcription elongation by RNA polymerase I / proteasomal protein catabolic process / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / response to UV / : / protein autoubiquitination / JNK cascade / translation initiation factor binding / positive regulation of gluconeogenesis / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of DNA repair / DNA damage checkpoint signaling / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / neurogenesis / response to gamma radiation / helicase activity / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter
類似検索 - 分子機能
Serine-threonine protein kinase 19 / Inactive serine-threonine protein kinase 19 / UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 ...Serine-threonine protein kinase 19 / Inactive serine-threonine protein kinase 19 / UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / : / Det1 complexing ubiquitin ligase / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / ENTH/VHS / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb4/RPC9 core domain-containing protein / RNA polymerase II subunit J ...Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb4/RPC9 core domain-containing protein / RNA polymerase II subunit J / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Inactive serine/threonine-protein kinase 19 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA excision repair protein ERCC-6 / DNA excision repair protein ERCC-8 / DNA damage-binding protein 1 / UV-stimulated scaffold protein A / DET1- and DDB1-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mevissen TET / Kuemmecke M / Farnung L / Walter JC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)DP2-ES036404 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)HL098316 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: STK19 positions TFIIH for cell-free transcription-coupled DNA repair.
著者: Tycho E T Mevissen / Maximilian Kümmecke / Ernst W Schmid / Lucas Farnung / Johannes C Walter /
要旨: In transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER), stalled RNA polymerase II (RNA Pol II) binds CSB and CRL4, which cooperate with UVSSA and ELOF1 to recruit TFIIH. To explore the ...In transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER), stalled RNA polymerase II (RNA Pol II) binds CSB and CRL4, which cooperate with UVSSA and ELOF1 to recruit TFIIH. To explore the mechanism of TC-NER, we recapitulated this reaction in vitro. When a plasmid containing a site-specific lesion is transcribed in frog egg extract, error-free repair is observed that depends on CSB, CRL4, UVSSA, and ELOF1. Repair also requires STK19, a factor previously implicated in transcription recovery after UV exposure. A 1.9-Å cryo-electron microscopy structure shows that STK19 binds the TC-NER complex through CSA and the RPB1 subunit of RNA Pol II. Furthermore, AlphaFold predicts that STK19 interacts with the XPD subunit of TFIIH, and disrupting this interface impairs cell-free repair. Molecular modeling suggests that STK19 positions TFIIH ahead of RNA Pol II for lesion verification. Our analysis of cell-free TC-NER suggests that STK19 couples RNA Pol II stalling to downstream repair events.
履歴
登録2024年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45050.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 391 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map (map ix)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.94 Å/pix.
x 468 pix.
= 439.92 Å		0.94 Å/pix.
x 468 pix.
= 439.92 Å		0.94 Å/pix.
x 468 pix.
= 439.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.06
最小 - 最大-0.20792452 - 142.479260000000011
平均 (標準偏差)0.017204512 (±1.3486421)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ468468468
Spacing468468468
セルA=B=C: 439.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Transcription-coupled nucleotide excision repair complex

全体名称: Transcription-coupled nucleotide excision repair complex
要素
  • 複合体: Transcription-coupled nucleotide excision repair complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase Rpb4/RPC9 core domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit J
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit K
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor 1 homolog
    • DNA: DNA (35-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
    • DNA: DNA (49-MER)
    • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-8
    • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-6
    • タンパク質・ペプチド: UV-stimulated scaffold protein A
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DET1- and DDB1-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Inactive serine/threonine-protein kinase 19
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Transcription-coupled nucleotide excision repair complex

超分子名称: Transcription-coupled nucleotide excision repair complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 218.889547 KDa
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ PEGDEDLTKE KGHGGCGRYQ PRIRRSGLEL YAEWKHVNED SQEKKILLSP ERVHEIFKRI SDEECFVLGM EP RYARPEW MIVTVLPVPP LSVRPAVVMQ GSARNQDDLT HKLADIVKIN NQLRRNEQNG AAAHVIAEDV KLLQFHVATM VDN ELPGLP RAMQKSGRPL KSLKQRLKGK EGRVRGNLMG KRVDFSARTV ITPDPNLSID QVGVPRSIAA NMTFAEIVTP FNID RLQEL VRRGNSQYPG AKYIIRDNGD RIDLRFHPKP SDLHLQTGYK VERHMCDGDI VIFNRQPTLH KMSMMGHRVR ILPWS TFRL NLSVTTPYNA DFDGDEMNLH LPQSLETRAE IQELAMVPRM IVTPQSNRPV MGIVQDTLTA VRKFTKRDVF LERGEV MNL LMFLSTWDGK VPQPAILKPR PLWTGKQIFS LIIPGHINCI RTHSTHPDDE DSGPYKHISP GDTKVVVENG ELIMGIL CK KSLGTSAGSL VHISYLEMGH DITRLFYSNI QTVINNWLLI EGHTIGIGDS IADSKTYQDI QNTIKKAKQD VIEVIEKA H NNELEPTPGN TLRQTFENQV NRILNDARDK TGSSAQKSLS EYNNFKSMVV SGAKGSKINI SQVIAVVGQQ NVEGKRIPF GFKHRTLPHF IKDDYGPESR GFVENSYLAG LTPTEFFFHA MGGREGLIDT AVKTAETGYI QRRLIKSMES VMVKYDATVR NSINQVVQL RYGEDGLAGE SVEFQNLATL KPSNKAFEKK FRFDYTNERA LRRTLQEDLV KDVLSNAHIQ NELEREFERM R EDREVLRV IFPTGDSKVV LPCNLLRMIW NAQKIFHINP RLPSDLHPIK VVEGVKELSK KLVIVNGDDP LSRQAQENAT LL FNIHLRS TLCSRRMAEE FRLSGEAFDW LLGEIESKFN QAIAHPGEMV GALAAQSLGE PATQMTLNTF HYAGVSAKNV TLG VPRLKE LINISKKPKT PSLTVFLLGQ SARDAERAKD ILCRLEHTTL RKVTANTAIY YDPNPQSTVV AEDQEWVNVY YEMP DFDVA RISPWLLRVE LDRKHMTDRK LTMEQIAEKI NAGFGDDLNC IFNDDNAEKL VLRIRIMNSD ENKMQEEEEV VDKMD DDVF LRCIESNMLT DMTLQGIEQI SKVYMHLPQT DNKKKIIITE DGEFKALQEW ILETDGVSLM RVLSEKDVDP VRTTSN DIV EIFTVLGIEA VRKALERELY HVISFDGSYV NYRHLALLCD TMTCRGHLMA ITRHGVNRQD TGPLMKCSFE ETVDVLM EA AAHGESDPMK GVSENIMLGQ LAPAGTGCFD LLLDAEKCKY GMEIPTNIPG LGAAGPTGMF FGSAPSPMGG ISPAMTPW N QGATPAYGAW SPSVGSGMTP GAAGFSPSAA SDASGFSPGY SPAWSPTPGS PGSPGPSSPY IPSPGGAMSP SYSPTSPAY EPRSPGGYTP QSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPNYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS P NYSPTSPN YTPTSPSYSP TSPSYSPTSP NYTPTSPNYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPSSPRYTPQ SPTYTPSSPS YS PSSPSYS PTSPKYTPTS PSYSPSSPEY TPTSPKYSPT SPKYSPTSPK YSPTSPTYSP TTPKYSPTSP TYSPTSPVYT PTS PKYSPT SPTYSPTSPK YSPTSPTYSP TSPKGSTYSP TSPGYSPTSP TYSLTSPAIS PDDSDEEN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 142.426125 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MCSTNLSQAL AYFRAGANLT AASLWAGFRG SRRIFWERRK RKSLCLALRP GGACWRWLLA VSCVSLRGLG APGSCANMYD ADEDMQYDE DDDEITPDLW QEACWIVISS YFDEKGLVRQ QLDSFDEFIQ MSVQRIVEDA PPIDLQAEAQ HASGEVEEPP R YLLKFEQI ...文字列:
MCSTNLSQAL AYFRAGANLT AASLWAGFRG SRRIFWERRK RKSLCLALRP GGACWRWLLA VSCVSLRGLG APGSCANMYD ADEDMQYDE DDDEITPDLW QEACWIVISS YFDEKGLVRQ QLDSFDEFIQ MSVQRIVEDA PPIDLQAEAQ HASGEVEEPP R YLLKFEQI YLSKPTHWER DGAPSPMMPN EARLRNLTYS APLYVDITKT VIKEGEEQLQ TQHQKTFIGK IPIMLRSTYC LL NGLTDRD LCELNECPLD PGGYFIINGS EKVLIAQEKM ATNTVYVFAK KDSKYAYTGE CRSCLENSSR PTSTIWVSML ARG GQGAKK SAIGQRIVAT LPYIKQEVPI IIVFRALGFV SDRDILEHII YDFEDPEMME MVKPSLDEAF VIQEQNVALN FIGS RGAKP GVTKEKRIKY AKEVLQKEML PHVGVSDFCE TKKAYFLGYM VHRLLLAALG RRELDDRDHY GNKRLDLAGP LLAFL FRGM FKNLLKEVRI YAQKFIDRGK DFNLELAIKT RIISDGLKYS LATGNWGDQK KAHQARAGVS QVLNRLTFAS TLSHLR RLN SPIGRDGKLA KPRQLHNTLW GMVCPAETPE GHAVGLVKNL ALMAYISVGS QPSPILEFLE EWSMENLEEI SPAAIAD AT KIFVNGCWVG IHKDPEQLMN TLRKLRRQMD IIVSEVSMIR DIREREIRIY TDAGRICRPL LIVEKQKLLL KKRHIDQL K EREYNNYSWQ DLVASGVVEY IDTLEEETVM LAMTPDDLQE KEVAYCSTYT HCEIHPSMIL GVCASIIPFP DHNQSPRNT YQSAMGKQAM GVYITNFHVR MDTLAHVLYY PQKPLVTTRS MEYLRFRELP AGINSIVAIA SYTGYNQEDS VIMNRSAVDR GFFRSVFYR SYKEQESKKG FDQEEVFEKP TRETCQGMRH AIYDKLDDDG LIAPGVRVSG DDVIIGKTVT LPENEDELEG T NRRYTKRD CSTFLRTSET GIVDQVMVTL NQEGYKFCKI RVRSVRIPQI GDKFASRHGQ KGTCGIQYRQ EDMPFTCEGI TP DIIINPH AIPSRMTIGH LIECLQGKVS ANKGEIGDAT PFNDAVNVQK ISNLLSDYGY HLRGNEVLYN GFTGRKITSQ IFI GPTYYQ RLKHMVDDKI HSRARGPIQI LNRQPMEGRS RDGGLRFGEM ERDCQIAHGA AQFLRERLFE ASDPYQVHVC NLCG IMAIA NTRTHTYECR GCRNKTQISL VRMPYACKLL FQELMSMSIA PRMMSV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 31.439074 KDa
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG FGKEHAKWNP TAGVAFEYDP DNALRHTVYP KPEEWPKSEY SELDEDESQA PYDPNGKPER FYYNVESCGS LR PETIVLS ALSGLKKKLS DLQTQLSHEI QSDVLTIN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: RNA polymerase Rpb4/RPC9 core domain-containing protein

分子名称: RNA polymerase Rpb4/RPC9 core domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 16.331255 KDa
配列文字列:
MAAGGSDPRA GDVEEDASQL IFPKEFETAE TLLNSEVHML LEHRKQQNES AEDEQELSEV FMKTLNYTAR FSRFKNRETI ASVRSLLLQ KKLHKFELAC LANLCPETAE ESKALIPSLE GRFEDEELQQ ILDDIQTKRS FQY

UniProtKB: RNA polymerase Rpb4/RPC9 core domain-containing protein

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 24.644318 KDa
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.477001 KDa
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIISD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 19.314283 KDa
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVV TQVNKVGLFT EIGPMSCFIS RHSIPSEMEF DPNSNPPCYK TMDEDIVIQQ DDEIRLKIVG TRVDKNDIFA I GSLMDDYL GLVS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 17.162273 KDa
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.541221 KDa
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQIIA DVSQDPTLPR TEDHPCQKC GHKEAVFFQS HSARAEDAMR LYYVCTAPHC GHRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.655123 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: RNA polymerase II subunit J

分子名称: RNA polymerase II subunit J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.310284 KDa
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEHK IIIRVQTTPD YSPQEAFTN AITDLISELS LLEERFRVAI KDKQEGIE

UniProtKB: RNA polymerase II subunit J

+
分子 #12: RNA polymerase II subunit K

分子名称: RNA polymerase II subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.018244 KDa
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: RNA polymerase II, I and III subunit K

+
分子 #13: Transcription elongation factor 1 homolog

分子名称: Transcription elongation factor 1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.616944 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SNAGRRKSKR KPPPKKKMTG TLETQFTCPF CNHEKSCDVK MDRARNTGVI SCTVCLEEFQ TPITYLSEPV DVYSDWIDAC EAANQ

UniProtKB: Transcription elongation factor 1 homolog

+
分子 #17: DNA excision repair protein ERCC-8

分子名称: DNA excision repair protein ERCC-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.10716 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCS IGRDHPDVHR YSVETVQWYP HDTGMFTSSS FDKTLKVWDT NTLQTADVFN FEETVYSHHM SPVSTKHCLV A VGTRGPKV ...文字列:
MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCS IGRDHPDVHR YSVETVQWYP HDTGMFTSSS FDKTLKVWDT NTLQTADVFN FEETVYSHHM SPVSTKHCLV A VGTRGPKV QLCDLKSGSC SHILQGHRQE ILAVSWSPRY DYILATASAD SRVKLWDVRR ASGCLITLDQ HNGKKSQAVE SA NTAHNGK VNGLCFTSDG LHLLTVGTDN RMRLWNSSNG ENTLVNYGKV CNNSKKGLKF TVSCGCSSEF VFVPYGSTIA VYT VYSGEQ ITMLKGHYKT VDCCVFQSNF QELYSGSRDC NILAWVPSLY EPVPDDDETT TKSQLNPAFE DAWSSSDEEG

UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-8

+
分子 #18: DNA excision repair protein ERCC-6

分子名称: DNA excision repair protein ERCC-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 168.874719 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMPNEGIP HSSQTQEQDC LQSQPVSNNE EMAIKQESGG DGEVEEYLSF RSVGDGLSTS AVGCASAAPR RGPALLHIDR HQIQAVEPS AQALELQGLG VDVYDQDVLE QGVLQQVDNA IHEASRASQL VDVEKEYRSV LDDLTSCTTS LRQINKIIEQ L SPQAATSR ...文字列:
SNAMPNEGIP HSSQTQEQDC LQSQPVSNNE EMAIKQESGG DGEVEEYLSF RSVGDGLSTS AVGCASAAPR RGPALLHIDR HQIQAVEPS AQALELQGLG VDVYDQDVLE QGVLQQVDNA IHEASRASQL VDVEKEYRSV LDDLTSCTTS LRQINKIIEQ L SPQAATSR DINRKLDSVK RQKYNKEQQL KKITAKQKHL QAILGGAEVK IELDHASLEE DAEPGPSSLG SMLMPVQETA WE ELIRTGQ MTPFGTQIPQ KQEKKPRKIM LNEASGFEKY LADQAKLSFE RKKQGCNKRA ARKAPAPVTP PAPVQNKNKP NKK ARVLSK KEERLKKHIK KLQKRALQFQ GKVGLPKARR PWESDMRPEA EGDSEGEESE YFPTEEEEEE EDDEVEGAEA DLSG DGTDY ELKPLPKGGK RQKKVPVQEI DDDFFPSSGE EAEAASVGEG GGGGRKVGRY RDDGDEDYYK QRLRRWNKLR LQDKE KRLK LEDDSEESDA EFDEGFKVPG FLFKKLFKYQ QTGVRWLWEL HCQQAGGILG DEMGLGKTIQ IIAFLAGLSY SKIRTR GSN YRFEGLGPTV IVCPTTVMHQ WVKEFHTWWP PFRVAILHET GSYTHKKEKL IRDVAHCHGI LITSYSYIRL MQDDISR YD WHYVILDEGH KIRNPNAAVT LACKQFRTPH RIILSGSPMQ NNLRELWSLF DFIFPGKLGT LPVFMEQFSV PITMGGYS N ASPVQVKTAY KCACVLRDTI NPYLLRRMKS DVKMSLSLPD KNEQVLFCRL TDEQHKVYQN FVDSKEVYRI LNGEMQIFS GLIALRKICN HPDLFSGGPK NLKGLPDDEL EEDQFGYWKR SGKMIVVESL LKIWHKQGQR VLLFSQSRQM LDILEVFLRA QKYTYLKMD GTTTIASRQP LITRYNEDTS IFVFLLTTRV GGLGVNLTGA NRVVIYDPDW NPSTDTQARE RAWRIGQKKQ V TVYRLLTA GTIEEKIYHR QIFKQFLTNR VLKDPKQRRF FKSNDLYELF TLTSPDASQS TETSAIFAGT GSDVQTPKCH LK RRIQPAF GADHDVPKRK KFPASNISVN DATSSEEKSE AKGAEVNAVT SNRSDPLKDD PHMSSNVTSN DRLGEETNAV SGP EELSVI SGNGECSNSS GTGKTSMPSG DESIDEKLGL SYKRERPSQA QTEAFWENKQ MENNFYKHKS KTKHHSVAEE ETLE KHLRP KQKPKNSKHC GDAKFEGTRI PHLVKKRRYQ KQDSENKSEA KEQSNDDYVL EKLFKKSVGV HSVMKHDAIM DGASP DYVL VEAEANRVAQ DALKALRLSR QRCLGAVSGV PTWTGHRGIS GAPAGKKSRF GKKRNSNFSV QHPSSTSPTE KCQDGI MKK EGKDNVPEHF SGRAEDADSS SGPLASSSLL AKMRARNHLI LPERLESESG HLREASALLP TTEHDDLLVE MRNFIAF QA HTDGQASTRE ILQEFESKLS ASQSCVFREL LRNLCTFHRT SGGEGIWKLK PEYC

UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-6

+
分子 #19: UV-stimulated scaffold protein A

分子名称: UV-stimulated scaffold protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.993945 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMDQKLSK LVEELTTSGE PRLNPEKMKE LKKICKSSEE QLSRAYRLLI AQLTQEHAEI RLSAFQIVEE LFVRSHQFRM LVVSNFQEF LELTLGTDPA QPLPPPREAA QRLRQATTRA VEGWNEKFGE AYKKLALGYH FLRHNKKVDF QDTNARSLAE R KREEEKQK ...文字列:
SNAMDQKLSK LVEELTTSGE PRLNPEKMKE LKKICKSSEE QLSRAYRLLI AQLTQEHAEI RLSAFQIVEE LFVRSHQFRM LVVSNFQEF LELTLGTDPA QPLPPPREAA QRLRQATTRA VEGWNEKFGE AYKKLALGYH FLRHNKKVDF QDTNARSLAE R KREEEKQK HLDKIYQERA SQAEREMQEM SGEIESCLTE VESCFRLLVP FDFDPNPETE SLGMASGMSD ALRSSCAGQV GP CRSGTPD PRDGEQPCCS RDLPASAGHP RAGGGAQPSQ TATGDPSDED EDSDLEEFVR SHGLGSHKYT LDVELCSEGL KVQ ENEDNL ALIHAARDTL KLIRNKFLPA VCSWIQRFTR VGTHGGCLKR AIDLKAELEL VLRKYKELDI EPEGGERRRT EALG DAEED EDDEDFVEVP EKEGYEPHIP DHLRPEYGLE AAPEKDTVVR CLRTRTRMDE EVSDPTSAAA QLRQLRDHLP PPSSA SPSR ALPEPQEAQK LAAERARAPV VPYGVDLHYW GQELPTAGKI VKSDSQHRFW KPSEVEEEVV NADISEMLRS RHITFA GKF EPVQHWCRAP RPDGRLCERQ DRLKCPFHGK IVPRDDEGRP LDPEDRAREQ RRQLQKQERP EWQDPELMRD VEAATGQ DL GSSRYSGKGR GKKRRYPSLT NLKAQADTAR ARIGRKVFAK AAVRRVVAAM NRMDQKKHEK FSNQFNYALN

UniProtKB: UV-stimulated scaffold protein A

+
分子 #20: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.369719 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMSYNYVV TAQKPTAVNG CVTGHFTSAE DLNLLIAKNT RLEIYVVTAE GLRPVKEVGM YGKIAVMELF RPKGESKDLL FILTAKYNA CILEYKQSGE SIDIITRAHG NVQDRIGRPS ETGIIGIIDP ECRMIGLRLY DGLFKVIPLD RDNKELKAFN I RLEELHVI ...文字列:
SNAMSYNYVV TAQKPTAVNG CVTGHFTSAE DLNLLIAKNT RLEIYVVTAE GLRPVKEVGM YGKIAVMELF RPKGESKDLL FILTAKYNA CILEYKQSGE SIDIITRAHG NVQDRIGRPS ETGIIGIIDP ECRMIGLRLY DGLFKVIPLD RDNKELKAFN I RLEELHVI DVKFLYGCQA PTICFVYQDP QGRHVKTYEV SLREKEFNKG PWKQENVEAE ASMVIAVPEP FGGAIIIGQE SI TYHNGDK YLAIAPPIIK QSTIVCHNRV DPNGSRYLLG DMEGRLFMLL LEKEEQMDGT VTLKDLRVEL LGETSIAECL TYL DNGVVF VGSRLGDSQL VKLNVDSNEQ GSYVVAMETF TNLGPIVDMC VVDLERQGQG QLVTCSGAFK EGSLRIIRNG IGIH EHASI DLPGIKGLWP LRSDPNRETD DTLVLSFVGQ TRVLMLNGEE VEETELMGFV DDQQTFFCGN VAHQQLIQIT SASVR LVSQ EPKALVSEWK EPQAKNISVA SCNSSQVVVA VGRALYYLQI HPQELRQISH TEMEHEVACL DITPLGDSNG LSPLCA IGL WTDISARILK LPSFELLHKE MLGGEIIPRS ILMTTFESSH YLLCALGDGA LFYFGLNIET GLLSDRKKVT LGTQPTV LR TFRSLSTTNV FACSDRPTVI YSSNHKLVFS NVNLKEVNYM CPLNSDGYPD SLALANNSTL TIGTIDEIQK LHIRTVPL Y ESPRKICYQE VSQCFGVLSS RIEVQDTSGG TTALRPSAST QALSSSVSSS KLFSSSTAPH ETSFGEEVEV HNLLIIDQH TFEVLHAHQF LQNEYALSLV SCKLGKDPNT YFIVGTAMVY PEEAEPKQGR IVVFQYSDGK LQTVAEKEVK GAVYSMVEFN GKLLASINS TVRLYEWTTE KELRTECNHY NNIMALYLKT KGDFILVGDL MRSVLLLAYK PMEGNFEEIA RDFNPNWMSA V EILDDDNF LGAENAFNLF VCQKDSAATT DEERQHLQEV GLFHLGEFVN VFCHGSLVMQ NLGETSTPTQ GSVLFGTVNG MI GLVTSLS ESWYNLLLDM QNRLNKVIKS VGKIEHSFWR SFHTERKTEP ATGFIDGDLI ESFLDISRPK MQEVVANLQY DDG SGMKRE ATADDLIKVV EELTRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

+
分子 #21: DET1- and DDB1-associated protein 1

分子名称: DET1- and DDB1-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.127555 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
SNAMADFLKG LPVYNKSNFS RFHADSVCKA SNRRPSVYLP TREYPSEQII VTEKTNILLR YLHQQWDKKN AAKKRDQEQV ELEGESSAP PRKVARTDSP DMHEDT

UniProtKB: DET1- and DDB1-associated protein 1

+
分子 #22: Inactive serine/threonine-protein kinase 19

分子名称: Inactive serine/threonine-protein kinase 19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.505994 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSWKRHHLIP ETFGVKRRRK RGPVESDPLR GEPGSARAAV SELMQLFPRG LFEDALPPIV LRSQVYSLVP DRTVADRQLK ELQEQGEIR IVQLGFDLDA HGIIFTEDYR TRVLKACDGR PYAGAVQKFL ASVLPACGDL SFQQDQMTQT FGFRDSEITH L VNAGVLTV ...文字列:
MSWKRHHLIP ETFGVKRRRK RGPVESDPLR GEPGSARAAV SELMQLFPRG LFEDALPPIV LRSQVYSLVP DRTVADRQLK ELQEQGEIR IVQLGFDLDA HGIIFTEDYR TRVLKACDGR PYAGAVQKFL ASVLPACGDL SFQQDQMTQT FGFRDSEITH L VNAGVLTV RDAGSWWLAV PGAGRFIKYF VKGRQAVLSM VRKAKYRELL LSELLGRRAP VVVRLGLTYH VHDLIGAQLV DC ISTTSGT LLRLPET

UniProtKB: Inactive serine/threonine-protein kinase 19

+
分子 #14: DNA (35-MER)

分子名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 27.780756 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DG) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG) ...文字列:
(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DG) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA) (DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT) (DT)(DG) (DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA) (DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA) (DC)(DC)(DT)(DC)

+
分子 #16: DNA (49-MER)

分子名称: DNA (49-MER) / タイプ: dna / ID: 16 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 27.551607 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA) (DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA) (DC) (DA)(DT)(DT)(DC)(DG) ...文字列:
(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA) (DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA) (DC) (DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC) (DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA) (DT)(DG)(DA) (DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA) (DC)(DT)(DA)(DG)

+
分子 #15: RNA (5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.264036 KDa
配列文字列:
AUCGAGAGGA

+
分子 #23: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 10 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #24: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #25: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 52.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 484012
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8b3f

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9bz0:
Structure of an STK19-containing TC-NER complex

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る