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- EMDB-44357: Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA in the nucleotide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44357
タイトルHuman polymerase epsilon bound to PCNA and DNA in the nucleotide exchange state
マップデータFinal EM map
試料
  • 複合体: The DNA bound Pol epsilon and PCNA complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*C)-3')
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードDNA polymerase / DNA / DNA Binding Protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / nuclear lamina / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand ...DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / nuclear lamina / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand / DNA replication proofreading / MutLalpha complex binding / PCNA complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / Removal of the Flap Intermediate / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / replisome / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / response to L-glutamate / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / response to dexamethasone / DNA polymerase processivity factor activity / histone acetyltransferase binding / leading strand elongation / G1/S-Specific Transcription / DNA synthesis involved in DNA repair / nuclear replication fork / replication fork processing / SUMOylation of DNA replication proteins / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Activation of the pre-replicative complex / embryonic organ development / response to cadmium ion / estrous cycle / mismatch repair / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / DNA polymerase binding / epithelial cell differentiation / liver regeneration / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of DNA replication / Translesion synthesis by REV1 / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of DNA repair / Translesion synthesis by POLK / replication fork / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / male germ cell nucleus / Termination of translesion DNA synthesis / G1/S transition of mitotic cell cycle / Translesion Synthesis by POLH / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / receptor tyrosine kinase binding / DNA-templated DNA replication / HDR through Homologous Recombination (HRR) / cellular response to xenobiotic stimulus / Dual Incision in GG-NER / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / response to estradiol / mitotic cell cycle / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / heart development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / chromatin organization / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / chromosome, telomeric region / nuclear body / nucleotide binding / chromatin binding / centrosome / chromatin / protein-containing complex binding / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. ...: / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / DNA polymerase family B, thumb domain / : / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA sliding clamp PCNA / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / DNA molecule (その他)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.01 Å
データ登録者Wang F / He Q / Li H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM148159 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structures of the human leading strand Polε-PCNA holoenzyme.
著者: Qing He / Feng Wang / Nina Y Yao / Michael E O'Donnell / Huilin Li /
要旨: In eukaryotes, the leading strand DNA is synthesized by Polε and the lagging strand by Polδ. These replicative polymerases have higher processivity when paired with the DNA clamp PCNA. While the ...In eukaryotes, the leading strand DNA is synthesized by Polε and the lagging strand by Polδ. These replicative polymerases have higher processivity when paired with the DNA clamp PCNA. While the structure of the yeast Polε catalytic domain has been determined, how Polε interacts with PCNA is unknown in any eukaryote, human or yeast. Here we report two cryo-EM structures of human Polε-PCNA-DNA complex, one in an incoming nucleotide bound state and the other in a nucleotide exchange state. The structures reveal an unexpected three-point interface between the Polε catalytic domain and PCNA, with the conserved PIP (PCNA interacting peptide)-motif, the unique P-domain, and the thumb domain each interacting with a different protomer of the PCNA trimer. We propose that the multi-point interface prevents other PIP-containing factors from recruiting to PCNA while PCNA functions with Polε. Comparison of the two states reveals that the finger domain pivots around the [4Fe-4S] cluster-containing tip of the P-domain to regulate nucleotide exchange and incoming nucleotide binding.
履歴
登録2024年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年10月2日-
現状2024年10月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44357.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44357.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.08 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.08 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.28685215 - 0.54816604
平均 (標準偏差)0.0002940317 (±0.012837055)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 298.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened EM map

ファイルemd_44357_additional_1.map
注釈Unsharpened EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_44357_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_44357_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The DNA bound Pol epsilon and PCNA complex

全体名称: The DNA bound Pol epsilon and PCNA complex
要素
  • 複合体: The DNA bound Pol epsilon and PCNA complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*C)-3')
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: The DNA bound Pol epsilon and PCNA complex

超分子名称: The DNA bound Pol epsilon and PCNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

分子名称: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 261.753234 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MSLRSGGRRR ADPGADGEAS RDDGATSSVS ALKRLERSQW TDKMDLRFGF ERLKEPGEKT GWLINMHPTE ILDEDKRLGS AVDYYFIQD DGSRFKVALP YKPYFYIATR KGCEREVSSF LSKKFQGKIA KVETVPKEDL DLPNHLVGLK RNYIRLSFHT V EDLVKVRK ...文字列:
MSLRSGGRRR ADPGADGEAS RDDGATSSVS ALKRLERSQW TDKMDLRFGF ERLKEPGEKT GWLINMHPTE ILDEDKRLGS AVDYYFIQD DGSRFKVALP YKPYFYIATR KGCEREVSSF LSKKFQGKIA KVETVPKEDL DLPNHLVGLK RNYIRLSFHT V EDLVKVRK EISPAVKKNR EQDHASDAYT ALLSSVLQRG GVITDEEETS KKIADQLDNI VDMREYDVPY HIRLSIDLKI HV AHWYNVR YRGNAFPVEI TRRDDLVERP DPVVLAFAIA TTKLPLKFPD AETDQIMMIS YMIDGQGYLI TNREIVSEDI EDF EFTPKP EYEGPFCVFN EPDEAHLIQR WFEHVQETKP TIMVTYNGDF FDWPFVEARA AVHGLSMQQE IGFQKDSQGE YKAP QCIHM DCLRWVKRDS YLPVGSHNLK AAAKAKLGYD PVELDPEDMC RMATEQPQTL ATYSVSDAVA TYYLYMKYVH PFIFA LCTI IPMEPDEVLR KGSGTLCEAL LMVQAFHANI IFPNKQEQEF NKLTDDGHVL DSETYVGGHV EALESGVFRS DIPCRF RMN PAAFDFLLQR VEKTLRHALE EEEKVPVEQV TNFEEVCDEI KSKLASLKDV PSRIECPLIY HLDVGAMYPN IILTNRL QP SAMVDEATCA ACDFNKPGAN CQRKMAWQWR GEFMPASRSE YHRIQHQLES EKFPPLFPEG PARAFHELSR EEQAKYEK R RLADYCRKAY KKIHITKVEE RLTTICQREN SFYVDTVRAF RDRRYEFKGL HKVWKKKLSA AVEVGDAAEV KRCKNMEVL YDSLQLAHKC ILNSFYGYVM RKGARWYSME MAGIVCFTGA NIITQARELI EQIGRPLELD TDGIWCVLPN SFPENFVFKT TNVKKPKVT ISYPGAMLNI MVKEGFTNDQ YQELAEPSSL TYVTRSENSI FFEVDGPYLA MILPASKEEG KKLKKRYAVF N EDGSLAEL KGFEVKRRGE LQLIKIFQSS VFEAFLKGST LEEVYGSVAK VADYWLDVLY SKAANMPDSE LFELISENRS MS RKLEDYG EQKSTSISTA KRLAEFLGDQ MVKDAGLSCR YIISRKPEGS PVTERAIPLA IFQAEPTVRK HFLRKWLKSS SLQ DFDIRA ILDWDYYIER LGSAIQKIIT IPAALQQVKN PVPRVKHPDW LHKKLLEKND VYKQKKISEL FTLEGRRQVT MAEA SEDSP RPSAPDMEDF GLVKLPHPAA PVTVKRKRVL WESQEESQDL TPTVPWQEIL GQPPALGTSQ EEWLVWLRFH KKKWQ LQAR QRLARRKRQR LESAEGVLRP GAIRDGPATG LGSFLRRTAR SILDLPWQIV QISETSQAGL FRLWALVGSD LHCIRL SIP RVFYVNQRVA KAEEGASYRK VNRVLPRSNM VYNLYEYSVP EDMYQEHINE INAELSAPDI EGVYETQVPL LFRALVH LG CVCVVNKQLV RHLSGWEAET FALEHLEMRS LAQFSYLEPG SIRHIYLYHH AQAHKALFGI FIPSQRRASV FVLDTVRS N QMPSLGALYS AEHGLLLEKV GPELLPPPKH TFEVRAETDL KTICRAIQRF LLAYKEERRG PTLIAVQSSW ELKRLASEI PVLEEFPLVP ICVADKINYG VLDWQRHGAR RMIRHYLNLD TCLSQAFEMS RYFHIPIGNL PEDISTFGSD LFFARHLQRH NHLLWLSPT ARPDLGGKEA DDNCLVMEFD DQATVEINSS GCYSTVCVEL DLQNLAVNTI LQSHHVNDME GADSMGISFD V IQQASLED MITGGQAASA PASYDETALC SNTFRILKSM VVGWVKEITQ YHNIYADNQV MHFYRWLRSP SSLLHDPALH RT LHNMMKK LFLQLIAEFK RLGSSVIYAN FNRIILCTKK RRVEDAIAYV EYITSSIHSK ETFHSLTISF SRCWEFLLWM DPS NYGGIK GKVSSRIHCG LQDSQKAGGA EDEQENEDDE EERDGEEEEE AEESNVEDLL ENNWNILQFL PQAASCQNYF LMIV SAYIV AVYHCMKDGL RRSAPGSTPV RRRGASQLSQ EAEGAVGALP GMITFSQDYV ANELTQSFFT ITQKIQKKVT GSRNS TELS EMFPVLPGSH LLLNNPALEF IKYVCKVLSL DTNITNQVNK LNRDLLRLVD VGEFSEEAQF RDPCRSYVLP EVICRS CNF CRDLDLCKDS SFSEDGAVLP QWLCSNCQAP YDSSAIEMTL VEVLQKKLMA FTLQDLVCLK CRGVKETSMP VYCSCAG DF ALTIHTQVFM EQIGIFRNIA QHYGMSYLLE TLEWLLQKNP QLGH

UniProtKB: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

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分子 #2: Proliferating cell nuclear antigen

分子名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.795752 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MFEARLVQGS ILKKVLEALK DLINEACWDI SSSGVNLQSM DSSHVSLVQL TLRSEGFDTY RCDRNLAMGV NLTSMSKILK CAGNEDIIT LRAEDNADTL ALVFEAPNQE KVSDYEMKLM DLDVEQLGIP EQEYSCVVKM PSGEFARICR DLSHIGDAVV I SCAKDGVK ...文字列:
MFEARLVQGS ILKKVLEALK DLINEACWDI SSSGVNLQSM DSSHVSLVQL TLRSEGFDTY RCDRNLAMGV NLTSMSKILK CAGNEDIIT LRAEDNADTL ALVFEAPNQE KVSDYEMKLM DLDVEQLGIP EQEYSCVVKM PSGEFARICR DLSHIGDAVV I SCAKDGVK FSASGELGNG NIKLSQTSNV DKEEEAVTIE MNEPVQLTFA LRYLNFFTKA TPLSSTVTLS MSADVPLVVE YK IADMGHL KYYLAPKIED EEGS

UniProtKB: DNA sliding clamp PCNA

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分子 #3: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP...

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 10.823965 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG) (DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)

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分子 #4: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*GP...

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 18.13668 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG) (DC) (DA)(DT)(DC)(DA)(DC) ...文字列:
(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG) (DC) (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT) (DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DA)

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分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
100.0 mMNaClSodium chloride
1.0 mMDTTDithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 280 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71210
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9b8s:
Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA in the nucleotide exchange state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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