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万見
- EMDB-43825: Cryo-EM structure of XCR1 signaling complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43825
タイトルCryo-EM structure of XCR1 signaling complex
マップデータXCL1-XCR1-Gi map
試料
  • 複合体: XCL1-XCR1-Gi complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Lymphotactin
    • タンパク質・ペプチド: Chemokine XC receptor 1,Non structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
キーワードGPCR / XCL1 / Membrane protein / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mature natural killer cell chemotaxis / positive regulation of granzyme A production / negative regulation of T-helper 1 cell activation / positive regulation of immunoglobulin production in mucosal tissue / positive regulation of granzyme B production / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of B cell chemotaxis / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of T cell cytokine production / positive regulation of natural killer cell chemotaxis ...mature natural killer cell chemotaxis / positive regulation of granzyme A production / negative regulation of T-helper 1 cell activation / positive regulation of immunoglobulin production in mucosal tissue / positive regulation of granzyme B production / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of B cell chemotaxis / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of T cell cytokine production / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / chemokine receptor binding / positive regulation of transforming growth factor beta production / chemokine receptor activity / positive regulation of T cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / positive regulation of leukocyte chemotaxis / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / chemokine activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / positive regulation of relaxation of smooth muscle / Adenylate cyclase inhibitory pathway / neutrophil chemotaxis / release of sequestered calcium ion into cytosol / D2 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular response to interleukin-4 / cellular response to forskolin / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of mitotic spindle organization / chemokine-mediated signaling pathway / cell chemotaxis / Regulation of insulin secretion / neuropeptide signaling pathway / calcium-mediated signaling / response to prostaglandin E / positive regulation of T cell cytokine production / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / response to peptide hormone / response to virus / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / chemotaxis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / GDP binding / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / cell-cell signaling / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G-protein beta-subunit binding / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade
類似検索 - 分子機能
XC chemokine receptor 1 / C chemokine / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / : / Calycin / G-protein alpha subunit, group I ...XC chemokine receptor 1 / C chemokine / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / : / Calycin / G-protein alpha subunit, group I / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Non structural polyprotein / Chemokine XC receptor 1 / Lymphotactin / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) / Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Zhang X / Zhang C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128641 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Molecular basis for chemokine recognition and activation of XCR1.
著者: Xuan Zhang / Roman R Schlimgen / Stephanie Singh / Michael P Tomani / Brian F Volkman / Cheng Zhang /
要旨: The X-C motif chemokine receptor XCR1, which selectively binds to the chemokine XCL1, is highly expressed in conventional dendritic cells subtype 1 (cDC1s) and crucial for their activation. ...The X-C motif chemokine receptor XCR1, which selectively binds to the chemokine XCL1, is highly expressed in conventional dendritic cells subtype 1 (cDC1s) and crucial for their activation. Modulating XCR1 signaling in cDC1s could offer novel opportunities in cancer immunotherapy and vaccine development by enhancing the antigen presentation function of cDC1s. To investigate the molecular mechanism of XCL-induced XCR1 signaling, we determined a high-resolution structure of the human XCR1 and G complex with an engineered form of XCL1, XCL1 CC3, by cryoelectron microscopy. Through mutagenesis and structural analysis, we elucidated the molecular details for the binding of the N-terminal segment of XCL1 CC3, which is vital for activating XCR1. The unique arrangement within the XCL1 CC3 binding site confers specificity for XCL1 in XCR1. We propose an activation mechanism for XCR1 involving structural alterations of key residues at the bottom of the XCL1 binding pocket. These detailed insights into XCL1 CC3-XCR1 interaction and XCR1 activation pave the way for developing novel XCR1-targeted therapeutics.
履歴
登録2024年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43825.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43825.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈XCL1-XCR1-Gi map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0465
最小 - 最大-0.03304484 - 1.7853737
平均 (標準偏差)0.0015465216 (±0.025996434)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 209.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: XCL1-XCR1-Gi map half A

ファイルemd_43825_half_map_1.map
注釈XCL1-XCR1-Gi_map_half_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: XCL1-XCR1-Gi map half B

ファイルemd_43825_half_map_2.map
注釈XCL1-XCR1-Gi_map_half_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : XCL1-XCR1-Gi complex

全体名称: XCL1-XCR1-Gi complex
要素
  • 複合体: XCL1-XCR1-Gi complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Lymphotactin
    • タンパク質・ペプチド: Chemokine XC receptor 1,Non structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16

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超分子 #1: XCL1-XCR1-Gi complex

超分子名称: XCL1-XCR1-Gi complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.414047 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGAQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHASM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCS TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #2: Lymphotactin

分子名称: Lymphotactin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.905371 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
VGSEVSDKRT CVSLTTQRLP CSRIKTYTIT EGSLRAVIFI TKRGLKVCAD PQATWVRDCV RSMDRKSNTR NNMIQTKPTG TQQSTNTAV TLTGGSGSGS GSGSGSGSGS GSGSGSLEVL FQGPDYKDDD DKGS

UniProtKB: Lymphotactin

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分子 #3: Chemokine XC receptor 1,Non structural polyprotein

分子名称: Chemokine XC receptor 1,Non structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.383625 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: ESSGNPESTT FFYYDLQSQP CENQAWVFAT LATTVLYCLV FLLSLVGNSL VLWVLVKYES LESLTNIFIL NLCLSDLVFA CLLPVWISP YHWGWVLGDF LCKLLNMIFS ISLYSSIFFL TIMTIHRYLS VVSPLSTLRV PTLRCRVLVT MAVWVASILS S ILDTIFHK ...文字列:
ESSGNPESTT FFYYDLQSQP CENQAWVFAT LATTVLYCLV FLLSLVGNSL VLWVLVKYES LESLTNIFIL NLCLSDLVFA CLLPVWISP YHWGWVLGDF LCKLLNMIFS ISLYSSIFFL TIMTIHRYLS VVSPLSTLRV PTLRCRVLVT MAVWVASILS S ILDTIFHK VLSSGCDYSE LTWYLTSVYQ HNLFFLLSLG IILFCYVEIL RTLFRSRSKR RHRTVKLIFA IVVAYFLSWG PY NFTLFLQ TLFRTQIIRS CEAKQQLEYA LLICRNLAFS HCCFNPVLYV FVGVKFRTHL KHVLRQFWFC RLQAPSPASI PHS PGAFAY EGASFYGSVF TLEDFVGDWE QTAAYNLDQV LEQGGVSSLL QNLAVSVTPI QRIVRSGENA LKIDIHVIIP YEGL SADQM AQIEEVFKVV YPVDDHHFKV ILPYGTLVID GVTPNMLNYF GRPYEGIAVF DGKKITVTGT LWNGNKIIDE RLITP DGSM LFRVTINSGG SGHHHHHHHH WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEK

UniProtKB: Chemokine XC receptor 1, Non structural polyprotein

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.744371 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI ...文字列:
MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI VTSSGDTTCA LWDIETGQQT TTFTGHTGDV MSLSLAPDTR LFVSGACDAS AKLWDVREGM CRQTFTGHES DI NAICFFP NGNAFATGSD DATCRLFDLR ADQELMTYSH DNIICGITSV SFSKSGRLLL AGYDDFNCNV WDALKADRAG VLA GHDNRV SCLGVTDDGM AVATGSWDSF LKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.859173 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVQQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASQNP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #6: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.634797 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS AGGGGSGGGG SGGGGSADIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS AGGGGSGGGG SGGGGSADIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL LEENLYFQGA SHHHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 255110
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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