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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42487 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of Staphylococcus aureus oleate hydratase (OhyA) dimer of dimers | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | oleate hydratase (OhyA) / phospholipids / membrane binding domain / amphipathic helices / interfacial enzyme / peripheral membrane protein / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | oleate hydratase / oleate hydratase activity / Oleate hydratase / MCRA family / fatty acid metabolic process / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Myosin-cross-reactive antigen 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Oldham ML / Qayyum MZ | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The carboxy terminus causes interfacial assembly of oleate hydratase on a membrane bilayer 著者: Radka CD / Grace CR / Hasdemir HS / Li Y / Rodriguez CC / Rodrigues P / Oldham ML / Qayyum MZ / Pitre A / MacCain WJ / Kalathur RC / Tajkhorshid E / Rock CO | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42487.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42487-v30.xml emd-42487.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42487_fsc.xml | 8.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42487.png | 67.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42487.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_42487_additional_1.map.gz emd_42487_half_map_1.map.gz emd_42487_half_map_2.map.gz | 59.8 MB 62.2 MB 62.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42487 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42487 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ur8 M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42487.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.044 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: DeepEMhancer map
ファイル | emd_42487_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | DeepEMhancer map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42487_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42487_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dimer of Dimers of OhyA
全体 | 名称: Dimer of Dimers of OhyA |
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要素 |
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-超分子 #1: Dimer of Dimers of OhyA
超分子 | 名称: Dimer of Dimers of OhyA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 278.686 KDa |
-分子 #1: Oleate hydratase
分子 | 名称: Oleate hydratase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 69.892719 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MYYSYGNYEA FARPKKPENV ENKSAYLIGS GLASLAAACF LIRDGQMEGS KIHILEELPK AGGSLDGEN MPLKGYVVRG GREMENHFEC LWDLFRSIPS LEIDNASVLD EFYWLNKEDP NYSRCRVIEK QGQRLVTDGD F TLTKTAIK ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MYYSYGNYEA FARPKKPENV ENKSAYLIGS GLASLAAACF LIRDGQMEGS KIHILEELPK AGGSLDGEN MPLKGYVVRG GREMENHFEC LWDLFRSIPS LEIDNASVLD EFYWLNKEDP NYSRCRVIEK QGQRLVTDGD F TLTKTAIK EILDLCLTNE EDLDDVKITD VFSDDFFNSN FWIYWKTMFA FEPWHSAMEM RRYLMRFVHH ISGLADFSAL KF TKYNQYE SLVLPMVEYL KSHGVQFEYD VKVEDIKIDV TTSQKIAREI LIDRNGNAES IKLTINDLVF VTNGSITESS TYG DNDTPA PPTDELGGSW TLWKNLARQS PEFGNPDKFC QNIPKKSWFV SATSTTNNKE IIDTIESICK RDPLAGKTVT GGII TINDS AWQMSFTINR QQQFKDQPEN EISTWIYALY SDVNGDYIKK PITECSGNEI CQEWLYHLGV STDKIEDLAK HASNT IPVY MPYITSYFMT RAIGDRPLVV PHQSQNLAFI GNFAETERDT VFTTEYSVRT AMEAVYQLLN IDRGIPEVIN SPFDLR VLM DAIYELNDHQ DLREITKDSK MQKLALAGFL KKIKGTYIES LLKEHKLL UniProtKB: Myosin-cross-reactive antigen |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.3 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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温度 | 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 276 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 79000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: initial model was a crystal structure |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル |
PDB-8ur8: |