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万見
- EMDB-42293: Archaeal highly thermostable GH35 family beta-galactosidase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42293
タイトルArchaeal highly thermostable GH35 family beta-galactosidase from Desulfurococcus amyloliticus
マップデータ
試料
  • 複合体: Fungal type GH35 family beta-galactosidase from archaeal hyperthermophilicThermoprotei archaeon Desulfurococcus amyloliticus
    • タンパク質・ペプチド: Beta-galactosidase
    • タンパク質・ペプチド: Beta-galactosidase
キーワードGlycoside hydrolase / beta-galactosidase / Lactose hydrolysis / Cryo-EM / Hyperthermophilic Archaea / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-galactosidase, domain 2 / Beta-galactosidase, domain 2 superfamily / Beta-galactosidase, domain 2 / Beta-galactosidase, domain 2 / Glycoside hydrolase 35, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 35 / Glycoside hydrolase, family 35 / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfurococcus amylolyticus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Pichkur EB / Rychkov GN
資金援助 ロシア, 1件
OrganizationGrant number国
Russian Science Foundation19-74-20146 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Archaeal highly thermostable GH35 family beta-galactosidase DabetaGal has a unique seven domain protein fold revealed by Cryo-EM and X-ray structural analysis
著者: Kil Y / Pichkur EB
履歴
登録2023年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42293.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42293.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-4.9646688 - 7.451368
平均 (標準偏差)-0.0016370707 (±0.2761281)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 220.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42293_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42293_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_42293_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Fungal type GH35 family beta-galactosidase from archaeal hyperthe...

全体名称: Fungal type GH35 family beta-galactosidase from archaeal hyperthermophilicThermoprotei archaeon Desulfurococcus amyloliticus
要素
  • 複合体: Fungal type GH35 family beta-galactosidase from archaeal hyperthermophilicThermoprotei archaeon Desulfurococcus amyloliticus
    • タンパク質・ペプチド: Beta-galactosidase
    • タンパク質・ペプチド: Beta-galactosidase

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超分子 #1: Fungal type GH35 family beta-galactosidase from archaeal hyperthe...

超分子名称: Fungal type GH35 family beta-galactosidase from archaeal hyperthermophilicThermoprotei archaeon Desulfurococcus amyloliticus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Desulfurococcus amylolyticus (古細菌)

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分子 #1: Beta-galactosidase

分子名称: Beta-galactosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfurococcus amylolyticus (古細菌)
分子量理論値: 84.576414 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TLLCGEIHYF RVPKHLWRDR LLKLKRAGGN CVSTYIPWNW HDPREKVVNF TDGTSQWHVA SYYSRDLASF LELAGELGLR VIARPGPYI CSEWDSGGHP NWIYTKAMRL RSLDPGYFKH VVEWYNSVLN ILKPYVEREI VIGIQVENEY FWGNEKYIEK L AEIVEEKL ...文字列:
TLLCGEIHYF RVPKHLWRDR LLKLKRAGGN CVSTYIPWNW HDPREKVVNF TDGTSQWHVA SYYSRDLASF LELAGELGLR VIARPGPYI CSEWDSGGHP NWIYTKAMRL RSLDPGYFKH VVEWYNSVLN ILKPYVEREI VIGIQVENEY FWGNEKYIEK L AEIVEEKL PGVLVFTNED PYLTRIPNTI DLYPSPWDMR QFDDRLRSYL SSQPGLFKMI MELEGGWFKS SRYGYYPTNR LS IPPEWTE ILLKTAVGMG LNNINIYMFH GGSNPGYYTA KYLASSYDFE ACIREWGELS ERYYRVKRVF TFLNGFQELV TSL KPGETV KTASTCSELL QRVGDHGKIA VLRNTGDNLC YQRLINRGEI IPMWTPIRVP PRYAKIVLLD LVVEGTPFKL VYTS GEALL MKRLGDTVVM IIYGDHGEYT ETAVEVEGGV LDVDIQGDVL IRREGERAYL VVNHTHGEHL AIVKSTRGQN LLLIF TCRC RAEKTWIVDE DLVLISNIYY IGDSRIDEGK VVINAELDED SCGRLLVVTS REIEAISLED LDLDLTRLSK YVYATH IPL SMCRSGKNTY HPLEYRLLED PVFHTLTSIN PSSPLLKNGF YENGIYVYRL RLHLDKKQLG DLLDKHLALI GFSDYAV VS INNEYAGSGY HYIEMSADSL REGVNEVTVI LESTGHPNDG LLYVPNGIYG GVYLGRVGEI RLYKWRKTGF EIPYGPGF D LAEFIANPEP VIKALQE

UniProtKB: Beta-galactosidase

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分子 #2: Beta-galactosidase

分子名称: Beta-galactosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfurococcus amylolyticus (古細菌)
分子量理論値: 26.123895 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ETYSVDSPGL YITEFKVDDL SRHYVLDPGL EFYYNHYYRI LLFVNKVYVG PLIGPIDITR YLKPGVNEVA LLVEWGVVNP VIGVYQYKV DGEWFIQEGL HGLIEEWFRR SPRGETAEPP ILLGDKAGRV IWVNTVIPYE KEPTSSSPVK LEVDFWGCRI L VFVNGEFI ...文字列:
ETYSVDSPGL YITEFKVDDL SRHYVLDPGL EFYYNHYYRI LLFVNKVYVG PLIGPIDITR YLKPGVNEVA LLVEWGVVNP VIGVYQYKV DGEWFIQEGL HGLIEEWFRR SPRGETAEPP ILLGDKAGRV IWVNTVIPYE KEPTSSSPVK LEVDFWGCRI L VFVNGEFI GRISDDSPER ELYVPETAVR RGLNNITLLA IVTSRSSGIR GLRLKETYVH ERKEIVFKL

UniProtKB: Beta-galactosidase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 401183
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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