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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42073
タイトルCryo-EM Structure of Brucella Abortus Lumazine Synthase (BLS) Engineered with Shiga Toxin II subunit B (Stx2B)
マップデータStructure of Brucella Abortus Lumazine Synthase (BLS) Engineered with Shiga Toxin II subunit B (Stx2B)
試料
  • 複合体: Chimeric BLS-Stx2B protein
    • タンパク質・ペプチド: Shiga toxin II subunit B,6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 2
キーワードCHIMERA / SHIGA / TOXIN / IMMUNOGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated hemolysis of host erythrocyte / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / toxin activity / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Enterotoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Shiga toxin 2 subunit B / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 (ウシ流産菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Cristofalo AE / Sharma A / Cerutti ML / Sharma K / Zylberman V / Goldbaum FA / Borgnia MJ / Otero LH
資金援助 アルゼンチン, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT 2020-3047 アルゼンチン
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIC ES103326 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM Structure of Brucella Abortus Lumazine Synthase (BLS) Engineered with Shiga Toxin II subunit B (Stx2B)
著者: Cristofalo AE / Sharma A / Cerutti ML / Sharma K / Zylberman V / Goldbaum FA / Borgnia MJ / Otero LH
履歴
登録2023年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42073.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of Brucella Abortus Lumazine Synthase (BLS) Engineered with Shiga Toxin II subunit B (Stx2B)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.08 Å/pix.
x 240 pix.
= 259.2 Å		1.08 Å/pix.
x 240 pix.
= 259.2 Å		1.08 Å/pix.
x 240 pix.
= 259.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.76
最小 - 最大-17.497710999999999 - 31.773036999999999
平均 (標準偏差)0.000000000001366 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 259.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_42073_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_42073_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chimeric BLS-Stx2B protein

全体名称: Chimeric BLS-Stx2B protein
要素
  • 複合体: Chimeric BLS-Stx2B protein
    • タンパク質・ペプチド: Shiga toxin II subunit B,6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 2

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超分子 #1: Chimeric BLS-Stx2B protein

超分子名称: Chimeric BLS-Stx2B protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Engineered chimera of Brucella abortus Lumazine Synthase (BLS) and Shiga Toxin 2 subunit B (Stx2B)
由来(天然)生物種: Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 細胞中の位置: extracellular region

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分子 #1: Shiga toxin II subunit B,6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 2

分子名称: Shiga toxin II subunit B,6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 (ウシ流産菌)
分子量理論値: 25.516785 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHADCAKGKI EFSKYNEDDT FTVKVDGKEY WTSRWNLQPL LQSAQLTGMT VTIKSSTCES GSGFAEVQFN NDGSGSGSGS GSLKTSFKI AFIQARWHAD IVDEARKSFV AELAAKTGGS VEVEIFDVPG AYEIPLHAKT LARTGRYAAI VGAAFVIDGG I YRHDFVAT ...文字列:
MHADCAKGKI EFSKYNEDDT FTVKVDGKEY WTSRWNLQPL LQSAQLTGMT VTIKSSTCES GSGFAEVQFN NDGSGSGSGS GSLKTSFKI AFIQARWHAD IVDEARKSFV AELAAKTGGS VEVEIFDVPG AYEIPLHAKT LARTGRYAAI VGAAFVIDGG I YRHDFVAT AVINGMMQVQ LETEVPVLSV VLTPHHFHES KEHHDFFHAH FKVKGVEAAH AALQIVSERS RIAALV

UniProtKB: Shiga toxin 2 subunit B, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClsodium chloride
2.7 mMKClpotassium chloride
10.0 mMNa2HPO4sodium hydrogen phosphate
1.8 mMKH2PO4potassium dihydrogen phosphate
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Preliminary grid screening was performed using SmartScope software
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3752 / 平均電子線量: 42.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3675008
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio model was generated
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 96992
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-initio job was used
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
ソフトウェア - 詳細: Homogeneous refinement job was used
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1xn1

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3mxg

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8uaw:
Cryo-EM Structure of Brucella Abortus Lumazine Synthase (BLS) Engineered with Shiga Toxin II subunit B (Stx2B)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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