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- EMDB-41705: Fab 3864-10 in complex with influenza HA H3-SING16 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41705
タイトルFab 3864-10 in complex with influenza HA H3-SING16
マップデータ
試料
  • 複合体: Trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
    • タンパク質・ペプチド: Fab 3864-10 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 3864-10 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードantibody / influenza / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Morano NC / Shapiro L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationFNIH SHAP19IUFV 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: The N terminus of H3-influenza hemagglutinin as a site-of-vulnerability to neutralizing antibody
著者: Rawi R / Morano NC / Cheung CSF / Du H / Gorman J / Prabhakaran M / Becker JE / Bylund T / Charaf S / Chen X / Lee M / Harris DR / Olia AS / Ou L / Wang L / Wang S / Zhang B / Kanekiyo M / ...著者: Rawi R / Morano NC / Cheung CSF / Du H / Gorman J / Prabhakaran M / Becker JE / Bylund T / Charaf S / Chen X / Lee M / Harris DR / Olia AS / Ou L / Wang L / Wang S / Zhang B / Kanekiyo M / McDermott AB / Zhou T / Shapiro L / Kwong PD
履歴
登録2023年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41705.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41705.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.164
最小 - 最大-0.3441402 - 0.59522563
平均 (標準偏差)0.00026546387 (±0.019736737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41705_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41705_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimer

全体名称: Trimer
要素
  • 複合体: Trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
    • タンパク質・ペプチド: Fab 3864-10 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 3864-10 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Trimer

超分子名称: Trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 39.139555 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI LCLVFAQKIP GNDNSTATLC LGHHAVPNGT IVKTICNDRI EVTNATELVQ NSSIGEICDS PHQILDGENC TLIDALLGD PQCDGFQNKK WDLFVERSKA YSNCYPYDVP DYASLRSLVA SSGTLEFKNE SFNWTGVTQN GTSSACIRGS S SSFFSRLN ...文字列:
MKTIIALSYI LCLVFAQKIP GNDNSTATLC LGHHAVPNGT IVKTICNDRI EVTNATELVQ NSSIGEICDS PHQILDGENC TLIDALLGD PQCDGFQNKK WDLFVERSKA YSNCYPYDVP DYASLRSLVA SSGTLEFKNE SFNWTGVTQN GTSSACIRGS S SSFFSRLN WLTHLNYTYP ALNVTMPNKE QFDKLYIWGV HHPGTDKDQI FLYAQSSGRI TVSTKRSQQA VIPNIGSRPR IR DIPSRIS IYWTIVKPGD ILLINSTGNL IAPRGYFKIR SGKSSIMRSD APIGKCKSEC ITPNGSIPND KPFQNVNRIT YGA CPRYVK HSTLKLATGM RNVPEKQTRR RRRR

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2

分子名称: Hemagglutinin HA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 26.630529 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GIFGAIAGFI ENGWEGMVDG WYGFRHQNSE GRGQAADLKS TQAAIDQING KLNRLIGKTN EKFHQIEKEF SEVEGRVQDL EKYVEDTKI DLWSYNAELL VALENQHTID LTDSEMNKLF EKTKKQLREN AEDMGNGCFK IYHKCDNACI ESIRNETYDH N VYRDEALN ...文字列:
GIFGAIAGFI ENGWEGMVDG WYGFRHQNSE GRGQAADLKS TQAAIDQING KLNRLIGKTN EKFHQIEKEF SEVEGRVQDL EKYVEDTKI DLWSYNAELL VALENQHTID LTDSEMNKLF EKTKKQLREN AEDMGNGCFK IYHKCDNACI ESIRNETYDH N VYRDEALN NRFQIKGVEG RLVPRGSPGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGHH HHHHASWSHP QFEK

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #3: Fab 3864-10 Heavy Chain

分子名称: Fab 3864-10 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.889809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQQSGAE LVMPGASVKL SCKASGYTFI SYWMHWVKQR PGQGLEWIGE IDPSDSYTNY NQKFKGKARL TVDKSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCARG YYGSSGYFDV WGTGTTVTVS SASTTPPSVY PLAPGSAAQT NSMVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGSLSS ...文字列:
QVQLQQSGAE LVMPGASVKL SCKASGYTFI SYWMHWVKQR PGQGLEWIGE IDPSDSYTNY NQKFKGKARL TVDKSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCARG YYGSSGYFDV WGTGTTVTVS SASTTPPSVY PLAPGSAAQT NSMVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGSLSS GVHTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVPSSTWPSE TVTCNVAHPA SSTKVDKKIV PRDCDKGLEV LFQ

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分子 #4: Fab 3864-10 Light Chain

分子名称: Fab 3864-10 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.719123 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQTTSS LSASLGDRVT ISCRASQDIS NYLNWCQQKP DGTIKLLIYY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDIATYFCQ QSNVLPRTFG GGTKLEIKRT DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列:
DIQMTQTTSS LSASLGDRVT ISCRASQDIS NYLNWCQQKP DGTIKLLIYY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDIATYFCQ QSNVLPRTFG GGTKLEIKRT DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.06 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7kc1

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Coot / 使用した粒子像数: 90799
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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