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- EMDB-40033: Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40033
タイトルBombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse transcription
マップデータSharpened map of Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse transcription
試料
  • 複合体: Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse transcription
    • タンパク質・ペプチド: Reverse transcriptase-like protein
    • DNA: 28S DNA bottom strand, 3' side
    • DNA: 28S DNA bottom strand, 5' side (priming strand)
    • RNA: R2Bm 3'UTR RNA
    • DNA: 28S DNA top strand
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードretrotransposon / LINE / reverse transcriptase / endonuclease / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / RNA-directed DNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / Reverse transcriptase-like protein
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Wilkinson ME / Zhang F
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01HG009761 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structure of the R2 non-LTR retrotransposon initiating target-primed reverse transcription.
著者: Max E Wilkinson / Chris J Frangieh / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang /
要旨: Non-long terminal repeat (non-LTR) retrotransposons, or long interspersed nuclear elements (LINEs), are an abundant class of eukaryotic transposons that insert into genomes by target-primed reverse ...Non-long terminal repeat (non-LTR) retrotransposons, or long interspersed nuclear elements (LINEs), are an abundant class of eukaryotic transposons that insert into genomes by target-primed reverse transcription (TPRT). During TPRT, a target DNA sequence is nicked and primes reverse transcription of the retrotransposon RNA. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the R2 non-LTR retrotransposon initiating TPRT at its ribosomal DNA target. The target DNA sequence is unwound at the insertion site and recognized by an upstream motif. An extension of the reverse transcriptase (RT) domain recognizes the retrotransposon RNA and guides the 3' end into the RT active site to template reverse transcription. We used Cas9 to retarget R2 in vitro to non-native sequences, suggesting future use as a reprogrammable RNA-based gene-insertion tool.
履歴
登録2023年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40033.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40033.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse transcription
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 300 pix.
= 265.2 Å		0.88 Å/pix.
x 300 pix.
= 265.2 Å		0.88 Å/pix.
x 300 pix.
= 265.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.884 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.035769425 - 0.06533652
平均 (標準偏差)0.000040435985 (±0.0020603824)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 265.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40033_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map one

ファイルemd_40033_half_map_1.map
注釈Half map one
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map two

ファイルemd_40033_half_map_2.map
注釈Half map two
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse t...

全体名称: Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse transcription
要素
  • 複合体: Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse transcription
    • タンパク質・ペプチド: Reverse transcriptase-like protein
    • DNA: 28S DNA bottom strand, 3' side
    • DNA: 28S DNA bottom strand, 5' side (priming strand)
    • RNA: R2Bm 3'UTR RNA
    • DNA: 28S DNA top strand
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse t...

超分子名称: Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse transcription
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Bombyx mori (カイコ)
分子量理論値: 230 KDa

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分子 #1: Reverse transcriptase-like protein

分子名称: Reverse transcriptase-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bombyx mori (カイコ)
分子量理論値: 123.358352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MMASTALSLM GRCNPDGCTR GKHVTAAPMD GPRGPSSLAG TFGWGLAIPA GEPCGRVCSP ATVGFFPVAK KSNKENRPEA SGLPLESER TGDNPTVRGS AGADPVGQDA PGWTCQFCER TFSTNRGLGV HKRRAHPVET NTDAAPMMVK RRWHGEEIDL L ARTEARLL ...文字列:
MMASTALSLM GRCNPDGCTR GKHVTAAPMD GPRGPSSLAG TFGWGLAIPA GEPCGRVCSP ATVGFFPVAK KSNKENRPEA SGLPLESER TGDNPTVRGS AGADPVGQDA PGWTCQFCER TFSTNRGLGV HKRRAHPVET NTDAAPMMVK RRWHGEEIDL L ARTEARLL AERGQCSGGD LFGALPGFGR TLEAIKGQRR REPYRALVQA HLARFGSQPG PSSGGCSAEP DFRRASGAEE AG EERCAED AAAYDPSAVG QMSPDAARVL SELLEGAGRR RACRAMRPKT AGRRNDLHDD RTASAHKTSR QKRRAEYARV QEL YKKCRS RAAAEVIDGA CGGVGHSLEE METYWRPILE RVSDAPGPTP EALHALGRAE WHGGNRDYTQ LWKPISVEEI KASR FDWRT SPGPDGIRSG QWRAVPVHLK AEMFNAWMAR GEIPEILRQC RTVFVPKVER PGGPGEYRPI SIASIPLRHF HSILA RRLL ACCPPDARQR GFICADGTLE NSAVLDAVLG DSRKKLRECH VAVLDFAKAF DTVSHEALVE LLRLRGMPEQ FCGYIA HLY DTASTTLAVN NEMSSPVKVG RGVRQGDPLS PILFNVVMDL ILASLPERVG YRLEMELVSA LAYADDLVLL AGSKVGM QE SISAVDCVGR QMGLRLNCRK SAVLSMIPDG HRKKHHYLTE RTFNIGGKPL RQVSCVERWR YLGVDFEASG CVTLEHSI S SALNNISRAP LKPQQRLEIL RAHLIPRFQH GFVLGNISDD RLRMLDVQIR KAVGQWLRLP ADVPKAYYHA AVQDGGLAI PSVRATIPDL IVRRFGGLDS SPWSVARAAA KSDKIRKKLR WAWKQLRRFS RVDSTTQRPS VRLFWREHLH ASVDGRELRE STRTPTSTK WIRERCAQIT GRDFVQFVHT HINALPSRIR GSRGRRGGGE SSLTCRAGCK VRETTAHILQ QCHRTHGGRI L RHNKIVSF VAKAMEENKW TVELEPRLRT SVGLRKPDII ASRDGVGVIV DVQVVSGQRS LDELHREKRN KYGNHGELVE LV AGRLGLP KAECVRATSC TISWRGVWSL TSYKELRSII GLREPTLQIV PILALRGSHM NWTRFNQMTS VMGGGVG

UniProtKB: Reverse transcriptase-like protein

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分子 #2: 28S DNA bottom strand, 3' side

分子名称: 28S DNA bottom strand, 3' side / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Bombyx mori (カイコ)
分子量理論値: 21.507758 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC) (DC)(DG) (DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)

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分子 #3: 28S DNA bottom strand, 5' side (priming strand)

分子名称: 28S DNA bottom strand, 5' side (priming strand) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Bombyx mori (カイコ)
分子量理論値: 7.439812 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DT)(DA)(DT)

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分子 #5: 28S DNA top strand

分子名称: 28S DNA top strand / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Bombyx mori (カイコ)
分子量理論値: 21.654875 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC) (DT) (DC)(DT)(DT)(DA)(DA) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC) (DT) (DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT) (DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT) (DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC) (DT)(DA)(DA)

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分子 #4: R2Bm 3'UTR RNA

分子名称: R2Bm 3'UTR RNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bombyx mori (カイコ)
分子量理論値: 81.21393 KDa
配列文字列: GCCUUGCACA GUAGUCCAGC GGUAAGGGUG UAGAUCAGGC CCGUCUGUUU CUCCCCCGGA GCUCGCUCCC UUGGCUUCCC UUAUAUAUU UUAACAUCAG AAACAGACAU UAAACAUCUA CUGAUCCAAU UUCGCCGGCG UACGGCCACG AUCGGGAGGG U GGGAAUCU ...文字列:
GCCUUGCACA GUAGUCCAGC GGUAAGGGUG UAGAUCAGGC CCGUCUGUUU CUCCCCCGGA GCUCGCUCCC UUGGCUUCCC UUAUAUAUU UUAACAUCAG AAACAGACAU UAAACAUCUA CUGAUCCAAU UUCGCCGGCG UACGGCCACG AUCGGGAGGG U GGGAAUCU CGGGGGUCUU CCGAUCCUAA UCCAUGAUGA UUACGACCUG AGUCACUAAA GACGAUGGCA UGAUGAUCCG GC GAUGAAA AUAGCC

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #8: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: TTP
分子量理論値: 482.168 Da
Chemical component information

ChemComp-TTP:
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
詳細: 20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 500 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 1 mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細A260 = 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16551 / 平均露光時間: 0.69 sec. / 平均電子線量: 42.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1085471
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 39616
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 100000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8gh6:
Bombyx mori R2 retrotransposon initiating target-primed reverse transcription

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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