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- EMDB-39126: Structure of the FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39126
タイトルStructure of the FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
    • タンパク質・ペプチド: Caspase-8 subunit p10
    • タンパク質・ペプチド: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43
    • タンパク質・ペプチド: FAS-associated death domain protein
キーワードFADD / caspase-8 / cellular FLICE-like inhibitory protein / Death effector domain / APOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / negative regulation of myoblast fusion / skeletal muscle atrophy / skeletal myofibril assembly / caspase-8 / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / death effector domain binding / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / FasL/ CD95L signaling ...positive regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / negative regulation of myoblast fusion / skeletal muscle atrophy / skeletal myofibril assembly / caspase-8 / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / death effector domain binding / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / CD95 death-inducing signaling complex / Apoptotic execution phase / death-inducing signaling complex assembly / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / ripoptosome / caspase binding / regulation of necroptotic process / TRIF-mediated programmed cell death / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / positive regulation of extracellular matrix organization / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / self proteolysis / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of adaptive immune response / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / response to cobalt ion / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / necroptotic signaling pathway / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of hepatocyte proliferation / skeletal muscle tissue regeneration / CLEC7A/inflammasome pathway / death-inducing signaling complex / negative regulation of necroptotic process / receptor serine/threonine kinase binding / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of innate immune response / death receptor binding / natural killer cell activation / positive regulation of activated T cell proliferation / motor neuron apoptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / execution phase of apoptosis / RIPK1-mediated regulated necrosis / response to anesthetic / Apoptotic cleavage of cellular proteins / regulation of innate immune response / response to testosterone / T cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / B cell activation / macrophage differentiation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / response to tumor necrosis factor / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / pyroptotic inflammatory response / cellular response to dexamethasone stimulus / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / lymph node development / positive regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / skeletal muscle tissue development / spleen development / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / behavioral response to cocaine / cellular response to nitric oxide / cysteine-type peptidase activity / signaling adaptor activity / regulation of cytokine production / cellular response to epidermal growth factor stimulus / : / thymus development / T cell activation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Regulation of NF-kappa B signaling / cellular response to estradiol stimulus / apoptotic signaling pathway / kidney development / Regulation of TNFR1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / protein maturation / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of neuron projection development
類似検索 - 分子機能
FADD / : / Caspase-8 / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death domain profile. / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. ...FADD / : / Caspase-8 / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death domain profile. / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CASP8 and FADD-like apoptosis regulator / FAS-associated death domain protein / Caspase-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Lin S-C / Yang C-Y
資金援助 台湾, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Deciphering DED assembly mechanisms in FADD-procaspase-8-cFLIP complexes regulating apoptosis.
著者: Chao-Yu Yang / Chia-I Lien / Yi-Chun Tseng / Yi-Fan Tu / Arkadiusz W Kulczyk / Yen-Chen Lu / Yin-Ting Wang / Tsung-Wei Su / Li-Chung Hsu / Yu-Chih Lo / Su-Chang Lin /
要旨: Fas-associated protein with death domain (FADD), procaspase-8, and cellular FLICE-inhibitory proteins (cFLIP) assemble through death-effector domains (DEDs), directing death receptor signaling ...Fas-associated protein with death domain (FADD), procaspase-8, and cellular FLICE-inhibitory proteins (cFLIP) assemble through death-effector domains (DEDs), directing death receptor signaling towards cell survival or apoptosis. Understanding their three-dimensional regulatory mechanism has been limited by the absence of atomic coordinates for their ternary DED complex. By employing X-ray crystallography and cryogenic electron microscopy (cryo-EM), we present the atomic coordinates of human FADD-procaspase-8-cFLIP complexes, revealing structural insights into these critical interactions. These structures illustrate how FADD and cFLIP orchestrate the assembly of caspase-8-containing complexes and offer mechanistic explanations for their role in promoting or inhibiting apoptotic and necroptotic signaling. A helical procaspase-8-cFLIP hetero-double layer in the complex appears to promote limited caspase-8 activation for cell survival. Our structure-guided mutagenesis supports the role of the triple-FADD complex in caspase-8 activation and in regulating receptor-interacting protein kinase 1 (RIPK1). These results propose a unified mechanism for DED assembly and procaspase-8 activation in the regulation of apoptotic and necroptotic signaling across various cellular pathways involved in development, innate immunity, and disease.
履歴
登録2024年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39126.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39126.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 330 pix.
= 277.2 Å		0.84 Å/pix.
x 330 pix.
= 277.2 Å		0.84 Å/pix.
x 330 pix.
= 277.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.28484416 - 0.46650007
平均 (標準偏差)0.00032665388 (±0.012925275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 277.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39126_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39126_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly

全体名称: FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
要素
  • 複合体: FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
    • タンパク質・ペプチド: Caspase-8 subunit p10
    • タンパク質・ペプチド: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43
    • タンパク質・ペプチド: FAS-associated death domain protein

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超分子 #1: FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly

超分子名称: FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Caspase-8 subunit p10

分子名称: Caspase-8 subunit p10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.191648 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MDFSRNLYDI GEQLDSEDLA SLKFLSLDYI PQRKQEPIKD ALMLFQRLQE KRMLEESNLS FLKELLFRIN RLDLLITYLN TRKEEMERE LQTPGRAQIS AYRVMLYQIS EEVSRSELRS FKGGLQEEIS KCKLDDDMNL LDIFIEMEKR VILGEGKLDI L KRVCAQIN ...文字列:
MDFSRNLYDI GEQLDSEDLA SLKFLSLDYI PQRKQEPIKD ALMLFQRLQE KRMLEESNLS FLKELLFRIN RLDLLITYLN TRKEEMERE LQTPGRAQIS AYRVMLYQIS EEVSRSELRS FKGGLQEEIS KCKLDDDMNL LDIFIEMEKR VILGEGKLDI L KRVCAQIN KSLLKIINDY EEFSKERSSS LEGSPDEFSN GEELCGVMTI SDSPREQDSE SQTLDKVYQM KSKPRGYCLI IN NHNFAKA REKVPKLHSI RDRNGTHLDA GALTTTFEEL HFEIKPHDDC TVEQIYEILK IYQLMDHSNM DCFICCILSH GDK GIIYGT DGQEAPIYEL TSQFTGLKCP SLAGKPKVFF IQAAQGDNYQ KGIPVETASE EQPYLEMALS SPQTRYIPDE ADFL LGMAT VNNCVSYRNP AEGTWYIQSL CQSLRERCPR GDDILTILTE VNYEVSNKDD KKNMGKQMPQ PTFTLRKKLV FPSD

UniProtKB: Caspase-8

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分子 #2: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43

分子名称: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.878479 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MSAEVIHQVE EALDTDEKEM LLFLCRDVAI DVVPPNVRDL LDILRERGKL SVGDLAELLY RVRRFDLLKR ILKMDRKAVE THLLRNPHL VSDYRVLMAE IGEDLDKSDV SSLIFLMKDY MGRGKISKEK SFLDLVVELE KLNLVAPDQL DLLEKCLKNI H RIDLKTKI QKYKQSVQGA GTS

UniProtKB: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator

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分子 #3: FAS-associated death domain protein

分子名称: FAS-associated death domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.381533 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MDPFLVLLHS VSSSLSSSEL TELKFLCLGR VGKRKLERVQ SGLDLFSMLL EQNDLEPGHT ELLRELLASL RRHDLLRRVD DFEAGAAAG AAPGEEDLCA AFNVICDNVG KDWRRLARQL KVSDTKIDSI EDRYPRNLTE RVRESLRIWK NTEKENATVA H LVGALRSC ...文字列:
MDPFLVLLHS VSSSLSSSEL TELKFLCLGR VGKRKLERVQ SGLDLFSMLL EQNDLEPGHT ELLRELLASL RRHDLLRRVD DFEAGAAAG AAPGEEDLCA AFNVICDNVG KDWRRLARQL KVSDTKIDSI EDRYPRNLTE RVRESLRIWK NTEKENATVA H LVGALRSC QMNLVADLVQ EVQQARDLQN RSGAMSPMSW NSDASTSEAS LEHHHHHH

UniProtKB: FAS-associated death domain protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
80.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mM(HOCH2)3CNH2Tris
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 72.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 356000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 28685
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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