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- EMDB-37795: Cry-EM structure of cannabinoid receptor-beta-arrestin-1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37795
タイトルCry-EM structure of cannabinoid receptor-beta-arrestin-1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cry-EM structure of cannabinoid receptor-arrestin 1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-1
    • タンパク質・ペプチド: scfv30 light chain, scfv30 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Cannabinoid receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Vasopressin V2 receptor
  • リガンド: (6~{a}~{R},9~{R},10~{a}~{R})-9-(hydroxymethyl)-3-(8-isothiocyanato-2-methyl-octan-2-yl)-6,6-dimethyl-6~{a},7,8,9,10,10~{a}-hexahydrobenzo[c]chromen-1-ol
キーワードcomplex / MEMBRANE PROTEIN / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


cannabinoid signaling pathway / renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / renal water absorption / angiotensin receptor binding ...cannabinoid signaling pathway / renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / renal water absorption / angiotensin receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / hemostasis / Activation of SMO / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / telencephalon development / negative regulation of interleukin-8 production / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / axonal fasciculation / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / sensory perception / : / Lysosome Vesicle Biogenesis / stress fiber assembly / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of interleukin-6 production / pseudopodium / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of vasoconstriction / negative regulation of Notch signaling pathway / endocytic vesicle / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to hormone stimulus / insulin-like growth factor receptor binding / clathrin-coated pit / response to cytokine / negative regulation of protein ubiquitination / intracellular glucose homeostasis / enzyme inhibitor activity / cytoplasmic vesicle membrane / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / GTPase activator activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / electron transport chain / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / endocytic vesicle membrane / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / protein transport / glucose homeostasis / Clathrin-mediated endocytosis / actin cytoskeleton / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / growth cone / presynaptic membrane / cytoplasmic vesicle / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / molecular adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / periplasmic space / mitochondrial outer membrane / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / endosome / Ub-specific processing proteases / nuclear body / protein ubiquitination / iron ion binding / membrane raft / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / Golgi membrane / lysosomal membrane / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Cannabinoid receptor type 1 / Vasopressin V2 receptor / Cannabinoid receptor family / Vasopressin receptor / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain ...Cannabinoid receptor type 1 / Vasopressin V2 receptor / Cannabinoid receptor family / Vasopressin receptor / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Cannabinoid receptor 1 / Vasopressin V2 receptor / Beta-arrestin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Phage display vector pTDisp (その他)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wang YX / Wang T / Wu LJ / Hua T / Liu ZJ
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91953202 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37030104 中国
National Science Foundation (NSF, China)32022038 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930060 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870744 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of cannabinoid receptor CB1-β-arrestin complex.
著者: Yuxia Wang / Lijie Wu / Tian Wang / Junlin Liu / Fei Li / Longquan Jiang / Zhongbo Fan / Yanan Yu / Na Chen / Qianqian Sun / Qiwen Tan / Tian Hua / Zhi-Jie Liu /
履歴
登録2023年10月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37795.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.169
最小 - 最大-0.0016821803 - 1.9413128
平均 (標準偏差)0.0011457085 (±0.024867363)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37795_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37795_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cry-EM structure of cannabinoid receptor-arrestin 1 complex

全体名称: Cry-EM structure of cannabinoid receptor-arrestin 1 complex
要素
  • 複合体: Cry-EM structure of cannabinoid receptor-arrestin 1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-1
    • タンパク質・ペプチド: scfv30 light chain, scfv30 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Cannabinoid receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Vasopressin V2 receptor
  • リガンド: (6~{a}~{R},9~{R},10~{a}~{R})-9-(hydroxymethyl)-3-(8-isothiocyanato-2-methyl-octan-2-yl)-6,6-dimethyl-6~{a},7,8,9,10,10~{a}-hexahydrobenzo[c]chromen-1-ol

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超分子 #1: Cry-EM structure of cannabinoid receptor-arrestin 1 complex

超分子名称: Cry-EM structure of cannabinoid receptor-arrestin 1 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Beta-arrestin-1

分子名称: Beta-arrestin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.271508 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVDPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTCA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPCSVTL QPGPEDTGKA CGVDYEVKAF CAENLEEKIH K RNSVRLVI ...文字列:
MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVDPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTCA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPCSVTL QPGPEDTGKA CGVDYEVKAF CAENLEEKIH K RNSVRLVI RKVQYAPERP GPQPTAETTR QFLMSDKPLH LEASLDKEIY YHGEPISVNV HVTNNTNKTV KKIKISVRQY AD ICLFNTA QYKCPVAMEE ADDTVAPSST FCKVYTLTPF LANNREKRGL ALDGKLKHED TNLASSTLLR EGANREILGI IVS YKVKVK LVVSRGGLLG DLASSDVAVE LPFTLMHPKP KEEPPHREVP ENETPVDTNL IELDTNDDDI VFEDFAR

UniProtKB: Beta-arrestin-1

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分子 #2: scfv30 light chain, scfv30 heavy chain

分子名称: scfv30 light chain, scfv30 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phage display vector pTDisp (その他)
分子量理論値: 28.693922 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYASDIQMTQ SPSSLSASVG DRVTITCRAS QSVSSAVAWY QQKPGKAPKL LIYSASSLYS GVPSRFSGS RSGTDFTLTI SSLQPEDFAT YYCQQYKYVP VTFGQGTKVE IKGTTAASGS SGGSSSGAEV QLVESGGGLV Q PGGSLRLS ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYASDIQMTQ SPSSLSASVG DRVTITCRAS QSVSSAVAWY QQKPGKAPKL LIYSASSLYS GVPSRFSGS RSGTDFTLTI SSLQPEDFAT YYCQQYKYVP VTFGQGTKVE IKGTTAASGS SGGSSSGAEV QLVESGGGLV Q PGGSLRLS CAASGFNVYS SSIHWVRQAP GKGLEWVASI SSYYGYTYYA DSVKGRFTIS ADTSKNTAYL QMNSLRAEDT AV YYCARSR QFWYSGLDYW GQGTLVTVSS A

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分子 #3: Soluble cytochrome b562,Cannabinoid receptor 1

分子名称: Soluble cytochrome b562,Cannabinoid receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: The chimera of Cytochrome b-562, linker, and Cannabinoid receptor 1
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.577543 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLAN EGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLLEV LFQGPVPADQ VNITEFYNKS LSSFKENEEN IQCGENFMDI ECFMVLNPSQ Q LAIAVLSL ...文字列:
ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLAN EGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLLEV LFQGPVPADQ VNITEFYNKS LSSFKENEEN IQCGENFMDI ECFMVLNPSQ Q LAIAVLSL TLGTFTVLEN LLVLCVILHS RSLRCRPSYH FIGSLAVADL LGSVIFVYSF IDFHVFHRKD SRNVFLFKLG GV TASFTAS VGSLFLIAID RYISIHRPLA YKRIVTRPKA VVAFCLMWTI AIVIAVLPLL GWNCEKLQSV CSDIFPHIDK TYL MFWIGV VSVLLLFIVY AYMYILWKAH SHAVRMIQRG TQKSIIIHTS EDGKVQVTRP DQARMDIELA KTLVLILVVL IICW GPLLA IMVYDVFGKM NKLIKTVFAF CSMLCLLNST VNPIIYALRS KDLRHAFRSM FPSCEGTAQP LDNSMGDSDC L

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, Cannabinoid receptor 1

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分子 #4: Vasopressin V2 receptor

分子名称: Vasopressin V2 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.920651 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
ARGRTPPSLG PQDESC(TPO)(TPO)A(SEP) (SEP)(SEP)LAK

UniProtKB: Vasopressin V2 receptor

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分子 #5: (6~{a}~{R},9~{R},10~{a}~{R})-9-(hydroxymethyl)-3-(8-isothiocyanat...

分子名称: (6~{a}~{R},9~{R},10~{a}~{R})-9-(hydroxymethyl)-3-(8-isothiocyanato-2-methyl-octan-2-yl)-6,6-dimethyl-6~{a},7,8,9,10,10~{a}-hexahydrobenzo[c]chromen-1-ol
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 8D0
分子量理論値: 445.658 Da
Chemical component information

ChemComp-8D0:
(6~{a}~{R},9~{R},10~{a}~{R})-9-(hydroxymethyl)-3-(8-isothiocyanato-2-methyl-octan-2-yl)-6,6-dimethyl-6~{a},7,8,9,10,10~{a}-hexahydrobenzo[c]chromen-1-ol

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 25847 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6kpg


詳細: with 6U1N
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 130058
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 4

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8wrz:
Cry-EM structure of cannabinoid receptor-beta-arrestin-1 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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