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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37257 | |||||||||
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タイトル | Bacterial serine protease | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Seine protease / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee I-G / Jeon H | |||||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of bacterial serine protease 著者: Lee I-G / Jeon H | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37257.map.gz | 89.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37257-v30.xml emd-37257.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37257_fsc.xml | 8.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37257.png | 55.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37257.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_37257_half_map_1.map.gz emd_37257_half_map_2.map.gz | 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37257 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37257 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37257_validation.pdf.gz | 888.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37257_full_validation.pdf.gz | 888.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37257_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37257_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37257 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37257 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8kicMC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37257.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.848 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37257_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37257_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Bacterial serine protease-lysozyme complex
全体 | 名称: Bacterial serine protease-lysozyme complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacterial serine protease-lysozyme complex
超分子 | 名称: Bacterial serine protease-lysozyme complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: peptidase Do
分子 | 名称: peptidase Do / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 48.361047 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKQTQLLSA LALSVGLTLS ASFQAVASIP GQVADQAPLP SLAPMLEKVL PAVVSVRVEG TASQGQKIPE EFKKFFGDDL PDQPAQPFE GLGSGVIINA SKGYVLTNNH VINQAQKISI QLNDGREFDA KLIGSDDQSD IALLQIQNPS KLTQIAIADS D KLRVGDFA ...文字列: MKKQTQLLSA LALSVGLTLS ASFQAVASIP GQVADQAPLP SLAPMLEKVL PAVVSVRVEG TASQGQKIPE EFKKFFGDDL PDQPAQPFE GLGSGVIINA SKGYVLTNNH VINQAQKISI QLNDGREFDA KLIGSDDQSD IALLQIQNPS KLTQIAIADS D KLRVGDFA VAVGNPFGLG QTATSGIVSA LGRSGLNLEG LENFIQTDAS INRGNAGGAL LNLNGELIGI NTAILAPGGG SV GIGFAIP SNMARTLAQQ LIDFGEIKRG LLGIKGTEMS ADIAKAFNLD VQRGAFVSEV LPGSGSAKAG VKAGDIITSL NGK PLNSFA ELRSRIATTE PGTKVKLGLL RNGKPLEVEV TLDTSTSSSA SAEMITPALE GATLSDGQLK DGGKGIKIDE VVKG SPAAQ AGLQKDDVII GVNRDRVNSI AEMRKVLAAK PAIIALQIVR GNESIYLLMR LWHHHHHH UniProtKB: peptidase Do |
-分子 #2: Lysozyme fragment (unknown sequence)
分子 | 名称: Lysozyme fragment (unknown sequence) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: egg white |
分子量 | 理論値: 698.854 Da |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #3: Lysozyme fragment (unknown sequence)
分子 | 名称: Lysozyme fragment (unknown sequence) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: egg white |
分子量 | 理論値: 443.539 Da |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #4: Lysozyme fragment (unknown sequence)
分子 | 名称: Lysozyme fragment (unknown sequence) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: Chichken egg white |
分子量 | 理論値: 613.749 Da |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 67.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |