[日本語] English
万見
- EMDB-37129: Cryo-EM structure of Hydrogenobacter thermophilus minimal protein... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37129
タイトルCryo-EM structure of Hydrogenobacter thermophilus minimal protein-only RNase P (HARP) in complex with pre-tRNAs
マップデータ
試料
  • 複合体: Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA
    • タンパク質・ペプチド: RNA-free ribonuclease P
    • RNA: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードpre-tRNA processing / tRNA / pre-tRNA complex / HYDROLASE-RNA COMPLEX / RNA-free ribonuclease P / ribonuclease P
機能・相同性RNA-free ribonuclease P / PINc domain ribonuclease / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / PIN-like domain superfamily / RNA-free ribonuclease P
機能・相同性情報
生物種Hydrogenobacter thermophilus (バクテリア) / Hydrogenobacter thermophilus DSM 653 (バクテリア) / Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Teramoto T / Adachi N / Yokogawa T / Koyasu T / Mayanagi K / Nakamura T / Senda T / Kakuta Y
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K06032 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101071 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101091 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of transfer RNA processing by bacterial minimal RNase P.
著者: Takamasa Teramoto / Takeshi Koyasu / Takashi Yokogawa / Naruhiko Adachi / Kouta Mayanagi / Takahiro Nakamura / Toshiya Senda / Yoshimitsu Kakuta /
要旨: Precursor tRNAs (pre-tRNAs) require nucleolytic removal of 5'-leader and 3'-trailer sequences for maturation, which is essential for proper tRNA function. The endoribonuclease RNase P exists in ...Precursor tRNAs (pre-tRNAs) require nucleolytic removal of 5'-leader and 3'-trailer sequences for maturation, which is essential for proper tRNA function. The endoribonuclease RNase P exists in diverse forms, including RNA- and protein-based RNase P, and removes 5'-leader sequences from pre-tRNAs. Some bacteria and archaea possess a unique minimal protein-based RNase P enzyme, HARP, which forms dodecamers with twelve active sites. Here, we present cryogenic electron microscopy structures of HARP dodecamers complexed with five pre-tRNAs, and we show that HARP oligomerization enables specific recognition of the invariant distance between the acceptor stem 5'-end and the TψC-loop, functioning as a molecular ruler-a feature representing convergent evolution among RNase P enzymes. The HARP dodecamer uses only five active sites for 5'-leader cleavage, while we identify a 3'-trailer cleavage activity in the remaining seven sites. This elucidation reveals how small proteins evolve through oligomerization to adapt a pivotal biological function (5'-leader processing) and acquire a novel function (3'-trailer processing).
履歴
登録2023年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_37129.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37129.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 400 pix.
= 348. Å		0.87 Å/pix.
x 400 pix.
= 348. Å		0.87 Å/pix.
x 400 pix.
= 348. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.026263667 - 0.043440536
平均 (標準偏差)0.000020241223 (±0.001298185)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 348.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_37129_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_37129_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_37129_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in co...

全体名称: Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA
要素
  • 複合体: Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA
    • タンパク質・ペプチド: RNA-free ribonuclease P
    • RNA: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in co...

超分子名称: Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Hydrogenobacter thermophilus (バクテリア)

-
分子 #1: RNA-free ribonuclease P

分子名称: RNA-free ribonuclease P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Hydrogenobacter thermophilus DSM 653 (バクテリア)
株: DSM 6534
分子量理論値: 21.93909 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDTFVLDTSV FTNPDVYHQF EEDQLGAIEN FISLASHTNA NFFMPTSVYY EFTKMVSLGD LAPKFELVVR IRSPRKWGLM VPAEFLYEF IEEVRYRINK GLRIAEEHTK EAGKLAEEEV GRVVNRLREK YREALRAGII DSKEDVDVLL LSYELDAILV S GDEGLRKW ...文字列:
MDTFVLDTSV FTNPDVYHQF EEDQLGAIEN FISLASHTNA NFFMPTSVYY EFTKMVSLGD LAPKFELVVR IRSPRKWGLM VPAEFLYEF IEEVRYRINK GLRIAEEHTK EAGKLAEEEV GRVVNRLREK YREALRAGII DSKEDVDVLL LSYELDAILV S GDEGLRKW ADRVGIKLID PKNLRYIMEN L

UniProtKB: RNA-free ribonuclease P

-
分子 #2: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal

分子名称: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 5
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア)
分子量理論値: 23.650148 KDa
配列文字列:
AAGGCGCGUA GCUCAGUAGG GAGAGCGCCG GCCCGACACG CCGGAGGUCG GGGGUUCAAG UCCCCCCGCG CCU

GENBANK: GENBANK: AE000657.1

-
分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式
25.0 mMTris-HCl
100.0 mMNaCl
1.0 mMTCEP
5.0 mMMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 11206 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 215000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1861832
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An ab initio model was generated using RELION3's own implementation of Stochastic Gradient Descent (SGD) algorithm and low-pass filtered to 60 A for use as an initial model for 3D classification.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 191471
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る