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万見
- EMDB-36925: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36925
タイトルStructural complex of neuropeptide Y receptor 1
マップデータ
試料
  • 複合体: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Neuropeptide Y receptor type 1
    • タンパク質・ペプチド: scFV16
    • タンパク質・ペプチド: C-flanking peptide of NPY
キーワードneuropeptide Y receptor 1 / complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic polypeptide receptor activity / peptide YY receptor activity / neuropeptide Y receptor activity / synaptic signaling via neuropeptide / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / neuropeptide Y receptor binding / intestinal epithelial cell differentiation / positive regulation of appetite / neuropeptide receptor activity / adult feeding behavior ...pancreatic polypeptide receptor activity / peptide YY receptor activity / neuropeptide Y receptor activity / synaptic signaling via neuropeptide / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / neuropeptide Y receptor binding / intestinal epithelial cell differentiation / positive regulation of appetite / neuropeptide receptor activity / adult feeding behavior / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of urine volume / negative regulation of adenylate cyclase activity / neuropeptide hormone activity / positive regulation of neural precursor cell proliferation / neuropeptide binding / feeding behavior / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / negative regulation of synaptic transmission / central nervous system neuron development / neuronal dense core vesicle / outflow tract morphogenesis / regulation of calcium ion transport / negative regulation of apoptotic signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuropeptide signaling pathway / regulation of multicellular organism growth / calcium channel regulator activity / Adenylate cyclase inhibitory pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / GABA-ergic synapse / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / sensory perception of pain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / response to nutrient / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of superoxide anion generation / Regulation of insulin secretion / locomotory behavior / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cerebral cortex development / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / regulation of blood pressure / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / glucose metabolic process / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / neuron projection development / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell body / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
Neuropeptide Y1 receptor / Neuropeptide Y receptor family / Pancreatic hormone-like / Pancreatic hormone-like, conserved site / Pancreatic hormone peptide / Pancreatic hormone family signature. / Pancreatic hormone family profile. / Pancreatic hormones / neuropeptide F / peptide YY family / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit ...Neuropeptide Y1 receptor / Neuropeptide Y receptor family / Pancreatic hormone-like / Pancreatic hormone-like, conserved site / Pancreatic hormone peptide / Pancreatic hormone family signature. / Pancreatic hormone family profile. / Pancreatic hormones / neuropeptide F / peptide YY family / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-neuropeptide Y / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 / Neuropeptide Y receptor type 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Shen SY / Zhao C / Shao ZH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1
著者: Shen SY / Shao ZH
履歴
登録2023年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36925.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36925.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.021503411 - 1.9755241
平均 (標準偏差)0.0022179247 (±0.033215318)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36925_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36925_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structural complex of neuropeptide Y receptor 1

全体名称: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1
要素
  • 複合体: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Neuropeptide Y receptor type 1
    • タンパク質・ペプチド: scFV16
    • タンパク質・ペプチド: C-flanking peptide of NPY

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超分子 #1: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1

超分子名称: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.516891 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEDG YSEEECRQYR AVVYSNTIQS IMAIVKAMG NLQIDFADPS RADDARQLFA LSCTAEEQGV LPDDLSGVIR RLWADHGVQA CFGRSREYQL NDSAAYYLND L ERIAQSDY ...文字列:
MGCTLSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEDG YSEEECRQYR AVVYSNTIQS IMAIVKAMG NLQIDFADPS RADDARQLFA LSCTAEEQGV LPDDLSGVIR RLWADHGVQA CFGRSREYQL NDSAAYYLND L ERIAQSDY IPTQQDVLRT RVKTTGIVET HFTFKDLHFK MFDVGAQRSE RKKWIHCFEG VTAIIFCVAL SAYDLVLAED EE MNRMHAS MKLFDSICNN KWFTDTSIIL FLNKKDLFEE KITHSPLTIC FPEYTGANKY DEAASYIQSK FEDLNKRKDT KEI YTHFTC STDTKNVQFV FDAVTDVIIK NNLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.141793 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHLEVLF QGPGSSGSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSA SQDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT G YLSCCRFL ...文字列:
MHHHHLEVLF QGPGSSGSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSA SQDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT G YLSCCRFL DDNQIVTSSG DTTCALWDIE TGQQTTTFTG HTGDVMSLSL APDTRLFVSG ACDASAKLWD VREGMCRQTF TG HESDINA ICFFPNGNAF ATGSDDATCR LFDLRADQEL MTYSHDNIIC GITSVSFSKS GRLLLAGYDD FNCNVWDALK ADR AGVLAG HDNRVSCLGV TDDGMAVATG SWDSFLKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Neuropeptide Y receptor type 1

分子名称: Neuropeptide Y receptor type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.586523 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNSTLFSQVE NHSVHSNFSE KNAQLLAFEN DDCHLPLAMI FTLALAYGAV IILGVSGNLA LIIIILKQKE MRNVTNILIV NLSFSDLLV AIMCLPFTFV YTLMDHWVFG EAMCKLNPFV QCVSITVSIF SLVLIAVERH QLIINPRGWR PNNRHAYVGI A VIWVLAVA ...文字列:
MNSTLFSQVE NHSVHSNFSE KNAQLLAFEN DDCHLPLAMI FTLALAYGAV IILGVSGNLA LIIIILKQKE MRNVTNILIV NLSFSDLLV AIMCLPFTFV YTLMDHWVFG EAMCKLNPFV QCVSITVSIF SLVLIAVERH QLIINPRGWR PNNRHAYVGI A VIWVLAVA SSLPFLIYQV MTDEPFQNVT LDAYKDKYVC FDQFPSDSHR LSYTTLLLVL QYFGPLCFIF ICYFKIYIRL KR RNNMMDK MRDNKYRSSE TKRINIMLLS IVVAFAVCWL PLTIFNTVFD WNHQIIATCN HNLLFLLCHL TAMISTCVNP IFY GFLNKN FQRDLQFFFN FCDFR

UniProtKB: Neuropeptide Y receptor type 1

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分子 #5: scFV16

分子名称: scFV16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.636793 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAENLYFQ GHHHHHHHH

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分子 #6: C-flanking peptide of NPY

分子名称: C-flanking peptide of NPY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.247706 KDa
配列文字列:
YPSKPDNPGE DAPAEDMARY YSALRHYINL LTRPRY

UniProtKB: Pro-neuropeptide Y

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 57.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77909
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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