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- EMDB-36366: Cryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36366
タイトルCryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I
マップデータCryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I
試料
  • 複合体: Photosystem I of Symbiodinium
    • タンパク質・ペプチド: x 26種
  • リガンド: x 13種
キーワードSymbiodinium / Photosystem I / PHOTOSYNTHESIS
生物種Symbiodinium sp. (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhao LS / Wang N / Li K / Zhang YZ / Liu LN
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Architecture of symbiotic dinoflagellate photosystem I-light-harvesting supercomplex in Symbiodinium.
著者: Long-Sheng Zhao / Ning Wang / Kang Li / Chun-Yang Li / Jian-Ping Guo / Fei-Yu He / Gui-Ming Liu / Xiu-Lan Chen / Jun Gao / Lu-Ning Liu / Yu-Zhong Zhang /
要旨: Symbiodinium are the photosynthetic endosymbionts for corals and play a vital role in supplying their coral hosts with photosynthetic products, forming the nutritional foundation for high-yield coral ...Symbiodinium are the photosynthetic endosymbionts for corals and play a vital role in supplying their coral hosts with photosynthetic products, forming the nutritional foundation for high-yield coral reef ecosystems. Here, we determine the cryo-electron microscopy structure of Symbiodinium photosystem I (PSI) supercomplex with a PSI core composed of 13 subunits including 2 previously unidentified subunits, PsaT and PsaU, as well as 13 peridinin-Chl a/c-binding light-harvesting antenna proteins (AcpPCIs). The PSI-AcpPCI supercomplex exhibits distinctive structural features compared to their red lineage counterparts, including extended termini of PsaD/E/I/J/L/M/R and AcpPCI-1/3/5/7/8/11 subunits, conformational changes in the surface loops of PsaA and PsaB subunits, facilitating the association between the PSI core and peripheral antennae. Structural analysis and computational calculation of excitation energy transfer rates unravel specific pigment networks in Symbiodinium PSI-AcpPCI for efficient excitation energy transfer. Overall, this study provides a structural basis for deciphering the mechanisms governing light harvesting and energy transfer in Symbiodinium PSI-AcpPCI supercomplexes adapted to their symbiotic ecosystem, as well as insights into the evolutionary diversity of PSI-LHCI among various photosynthetic organisms.
履歴
登録2023年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36366.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36366.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.098823845 - 2.9602902
平均 (標準偏差)0.041333348 (±0.08881352)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I

ファイルemd_36366_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I

ファイルemd_36366_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I of Symbiodinium

全体名称: Photosystem I of Symbiodinium
要素
  • 複合体: Photosystem I of Symbiodinium
    • タンパク質・ペプチド: PCPI-7
    • タンパク質・ペプチド: PCPI-1
    • タンパク質・ペプチド: PCP-11
    • タンパク質・ペプチド: PCPI-6
    • タンパク質・ペプチド: PCPI-5
    • タンパク質・ペプチド: PCPI-8
    • タンパク質・ペプチド: PCPI-4
    • タンパク質・ペプチド: PCPI-10
    • タンパク質・ペプチド: PCPI-3
    • タンパク質・ペプチド: PCPI-9
    • タンパク質・ペプチド: PCPI-13
    • タンパク質・ペプチド: PCPI-12
    • タンパク質・ペプチド: PCPI-2
    • タンパク質・ペプチド: PsaA
    • タンパク質・ペプチド: PsaB
    • タンパク質・ペプチド: PsaC
    • タンパク質・ペプチド: PsaD
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: PsaF
    • タンパク質・ペプチド: PsaI
    • タンパク質・ペプチド: PsaJ
    • タンパク質・ペプチド: PsaL
    • タンパク質・ペプチド: PsaM
    • タンパク質・ペプチド: PsaR
    • タンパク質・ペプチド: PsaT
    • タンパク質・ペプチド: PsaU
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]cyclohexyl] ethanoate
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: PERIDININ
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Photosystem I of Symbiodinium

超分子名称: Photosystem I of Symbiodinium / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#26
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)

+
分子 #1: PCPI-7

分子名称: PCPI-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 27.129824 KDa
配列文字列: MLAYGGIVTT AVLTQEKWPF FDAVVNAVPD NKQVRAPATF CGGAAPRSVS RTACHASSSK SLPFLPKPQN LGGLAGGDAE FDPLGFSDT FDVKWLRESE LKHGRVCMLA TVGFVAEQYI QFPGFTPAED ALQAIYTAPP NITALLLFAC GYIESSAYDG K LTMLDMFD ...文字列:
MLAYGGIVTT AVLTQEKWPF FDAVVNAVPD NKQVRAPATF CGGAAPRSVS RTACHASSSK SLPFLPKPQN LGGLAGGDAE FDPLGFSDT FDVKWLRESE LKHGRVCMLA TVGFVAEQYI QFPGFTPAED ALQAIYTAPP NITALLLFAC GYIESSAYDG K LTMLDMFD GEGAKRAPGD LNFGKRFLPG DKAAADDLAT KELSNGRLAM LAFAGMVHHN LVVKGPLFPL FPEGWAGPQG SW DLDSTAG ALNSGSLGL

+
分子 #2: PCPI-1

分子名称: PCPI-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 28.182102 KDa
配列文字列: MARVAALALS AGGLAFVVPR SSTSTSSLRG VSVSAPAAEP TSSASWGAAA ATATAALGLA AASATSATRR TARKAVGVCL PLTDKFDPL NLASTDEKLE RYTQVEIKHG RVAMIAVVGY IMPEIFRFPG CESFQHGLAA LESIPLEGWV QLAALVGAHE V LVKPRAGG ...文字列:
MARVAALALS AGGLAFVVPR SSTSTSSLRG VSVSAPAAEP TSSASWGAAA ATATAALGLA AASATSATRR TARKAVGVCL PLTDKFDPL NLASTDEKLE RYTQVEIKHG RVAMIAVVGY IMPEIFRFPG CESFQHGLAA LESIPLEGWV QLAALVGAHE V LVKPRAGG LGTSDFGLGT ELLDGIEEPE LERKLTAERN NGRLAMVAIM GLMVQDGMFG EPPLSYMSKN GWWGEGVQYF VQ HLNNCQS FSGSFVDNAG VCALPSRQGR TA

+
分子 #3: PCP-11

分子名称: PCP-11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 21.707047 KDa
配列文字列: ATKLSEGPFI ETETYPAPKE MEMSAAVPFL RYPQVLKGWV GEEKGFDPLG VTDALPVYWV REAELKHGRV CMLATVGWIA TDLGMRFPG DQFQSVQTTL EAHDKMVEAG LMAPFLGAVG TFELYSLWLF FKGWEMEVNR DAGDFFLGKQ FLPKEPAKEK D MRLKELEN ...文字列:
ATKLSEGPFI ETETYPAPKE MEMSAAVPFL RYPQVLKGWV GEEKGFDPLG VTDALPVYWV REAELKHGRV CMLATVGWIA TDLGMRFPG DQFQSVQTTL EAHDKMVEAG LMAPFLGAVG TFELYSLWLF FKGWEMEVNR DAGDFFLGKQ FLPKEPAKEK D MRLKELEN GRLAMFAFSG IVTQAAMTGQ AWPFM

+
分子 #4: PCPI-6

分子名称: PCPI-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 19.572627 KDa
配列文字列:
GGYKMSPAVP FLPMSPALEG IPGEEEGFDP MGFSLAIDIR WLREAELKHG RVAMLATVGW IATDLGLRVP GEPFQVSTVE AHDAMVKFG SMPQMLVWMG YAELFGFLAI VNMFEGKTDR KPGDFGLRGF YPQDAKGQYD MQVKELRNGR LAMLAYGGIV T TAVLTQEK WPFFDAVVN

+
分子 #5: PCPI-5

分子名称: PCPI-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 26.752762 KDa
配列文字列: MAVAAGLLAL PAFVPSSLTG AQAPAAPALR GNSQGSAGAG SASVGIAGAA CAVLGAAALR RGVAARKALR RELAIAYEDS GIDLLDNGK FCQGLAGADG AWGRYEFDPL GFSKKTELVP YFREAELKHG RLAMLAWVGM VVPDFVRIPG EKFSFEAVPL P IDGHDAFS ...文字列:
MAVAAGLLAL PAFVPSSLTG AQAPAAPALR GNSQGSAGAG SASVGIAGAA CAVLGAAALR RGVAARKALR RELAIAYEDS GIDLLDNGK FCQGLAGADG AWGRYEFDPL GFSKKTELVP YFREAELKHG RLAMLAWVGM VVPDFVRIPG EKFSFEAVPL P IDGHDAFS GATGVNAQIL FWVGILEFCC AKKVFEWNSL EVAGDYGLTK FFPSDEEGQK KMRTAELKNG RLAMLAFGGA IT QAVITRH PFPWLY

+
分子 #6: PCPI-8

分子名称: PCPI-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 30.544203 KDa
配列文字列: MEVAFLTPIA TNVASSVAPA HAGKAPGPPG PAGASFGLTA AFGVAAALGL ASRKRVQRAA QEMATLPKHM QPVDTADYPV YKPGPSGVP KLPQLVGDWG VPLPGSYKAC LTMVGPDVET ACEVGKPWDP LGLSKLYDRN FDFNGNMTYP HVQWLRESEL K HGRCAMLA ...文字列:
MEVAFLTPIA TNVASSVAPA HAGKAPGPPG PAGASFGLTA AFGVAAALGL ASRKRVQRAA QEMATLPKHM QPVDTADYPV YKPGPSGVP KLPQLVGDWG VPLPGSYKAC LTMVGPDVET ACEVGKPWDP LGLSKLYDRN FDFNGNMTYP HVQWLRESEL K HGRCAMLA IVGIFAQQSF HIDGYPEAPW YEALKACYDN PAGIVGFGIA QISAFAMVIE GAYFPKDSWI GQMDREPGDL GF DPLKLAK DAESMKSMQL KELKNGRLAM MAFMSCVVGH YVPGSVPGV

+
分子 #7: PCPI-4

分子名称: PCPI-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 24.445182 KDa
配列文字列: MLGLAGAGAV TAASMGVSQR QRVVRRAEFA AGMAGSKLHG WGEYQFDPAG FATSYPELLG WFRESELKHG RVAMLAYVGL IVPDAFRLP FEEVQDSSLD LLSAHNKLIG PGLGEGPMWW LLLACGVIES FRFKQVGLAF ESLTTENAGD LGLRMFAPSS A EGMESMKM ...文字列:
MLGLAGAGAV TAASMGVSQR QRVVRRAEFA AGMAGSKLHG WGEYQFDPAG FATSYPELLG WFRESELKHG RVAMLAYVGL IVPDAFRLP FEEVQDSSLD LLSAHNKLIG PGLGEGPMWW LLLACGVIES FRFKQVGLAF ESLTTENAGD LGLRMFAPSS A EGMESMKM KELKNGRLAM LAIGGALTQG VLFNAHHFPF MSALRSEKQS GIGSRSTMVG TAASMGVSQR

+
分子 #8: PCPI-10

分子名称: PCPI-10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 27.998846 KDa
配列文字列: MALGAAAAAY LGSSAVQAFL APSAPSPALR GAPGTSGTSA SASSSGFSAT SFGATAVATA ALALARRGRG LVPRAAEAEP FAGGLIGGE SAFAGQDFNF DPLGLATKCE KFLPWFREAE LKHGRIAMLA WVGLVAPEFV RIPGPEQCYG AKTVVEAHNA C AGDPYFPF ...文字列:
MALGAAAAAY LGSSAVQAFL APSAPSPALR GAPGTSGTSA SASSSGFSAT SFGATAVATA ALALARRGRG LVPRAAEAEP FAGGLIGGE SAFAGQDFNF DPLGLATKCE KFLPWFREAE LKHGRIAMLA WVGLVAPEFV RIPGPEQCYG AKTVVEAHNA C AGDPYFPF IIDATDFYGK DGHQVGPLFQ VFAFCGAVEM LTTFAKTANV SNKPGLTLAN AGDYRLGANF LPEDEAKAKE MK LKELKNG RLAMLAFGGA ITQATLTGNG FPWL

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分子 #9: PCPI-3

分子名称: PCPI-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 27.409289 KDa
配列文字列: MFFQDGLTGS AWGDWALYTD SPLRALTPAQ ESIAGTGGPF PENFWDPAGI TSKKSKEEIL ELRAIELKHG RVAMLAVLGW FHVAAGFHI IGDLATGTYL DNNPLVSVTQ LPMGGMWQTV FFIMCLEWVS TYVCPPPKSK PWDILGWSDI LLEDEDNYWN Q FRKAEVQE ...文字列:
MFFQDGLTGS AWGDWALYTD SPLRALTPAQ ESIAGTGGPF PENFWDPAGI TSKKSKEEIL ELRAIELKHG RVAMLAVLGW FHVAAGFHI IGDLATGTYL DNNPLVSVTQ LPMGGMWQTV FFIMCLEWVS TYVCPPPKSK PWDILGWSDI LLEDEDNYWN Q FRKAEVQE LNNGRLAMMA IVGLIVQDIF FGDFGEVKVC FSSQTCQDIG DYLPGWTGPL PPVAYDFPPL YPAPEVPYTG YQ APLKLM

+
分子 #10: PCPI-9

分子名称: PCPI-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 22.091139 KDa
配列文字列: MAIIGMFFQD GLTGSAWGDW ANYTDSPLRA FEGELGVQAP VGYFDPLGLS KDGDVETFRR RRESELKNGR VAMFATIGYM VPEYFKFPG YLAPSASLKF ADVPNGIQAI TKVPAEGWLQ WVALCGCYEL CVNQPVDAAD PGNYGKGKLG YGNMVLGITA E SISDPEAR ...文字列:
MAIIGMFFQD GLTGSAWGDW ANYTDSPLRA FEGELGVQAP VGYFDPLGLS KDGDVETFRR RRESELKNGR VAMFATIGYM VPEYFKFPG YLAPSASLKF ADVPNGIQAI TKVPAEGWLQ WVALCGCYEL CVNQPVDAAD PGNYGKGKLG YGNMVLGITA E SISDPEAR KRGLNSELAN GRLAMMAIMG LWVQDGLFGT PYGLY

+
分子 #11: PCPI-13

分子名称: PCPI-13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 23.286387 KDa
配列文字列: MLAIAGCGLS YQAFVQTAGS SHGAPTQALR GNASQATRTN LSSASVSAAA SITGLAVLGA SRARGDKVRR CAEFNGADMP GATAPLGWF DPLGLGKTEE RFNKMRAAEL KHGRVAMMAS LGCVVQHWAK FPGFESAPAG LGALSNPAAL GGMGALFLGC G VLELGFWS ...文字列:
MLAIAGCGLS YQAFVQTAGS SHGAPTQALR GNASQATRTN LSSASVSAAA SITGLAVLGA SRARGDKVRR CAEFNGADMP GATAPLGWF DPLGLGKTEE RFNKMRAAEL KHGRVAMMAS LGCVVQHWAK FPGFESAPAG LGALSNPAAL GGMGALFLGC G VLELGFWS DEAAKEPGNF GDPANFSAEY GAYSKEFRDK EINHGRMAMM AIIGQLSAEA VTGMDAAQ

+
分子 #12: PCPI-12

分子名称: PCPI-12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 21.881955 KDa
配列文字列: MAIIGQLSAE AVTGMDAAQQ AGLAAVARPR QIQSSSAFVG AASIAPKRLT ARRAFDASQE AGVTAPLGYF DPAGFVQDEE SFLNLRRAE IKHGRVAMMA ALGLLVQSLI KLPGFDSVPA GLGAQWTAPG DAGLWTVVVL CGFFETGLNQ WREDPKQPGN F GDPMNLGN ...文字列:
MAIIGQLSAE AVTGMDAAQQ AGLAAVARPR QIQSSSAFVG AASIAPKRLT ARRAFDASQE AGVTAPLGYF DPAGFVQDEE SFLNLRRAE IKHGRVAMMA ALGLLVQSLI KLPGFDSVPA GLGAQWTAPG DAGLWTVVVL CGFFETGLNQ WREDPKQPGN F GDPMNLGN YTMEMRNKEL NNGRIAMFAV MGIISAEIYT GNVAVAQF

+
分子 #13: PCPI-2

分子名称: PCPI-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 15.403753 KDa
配列文字列:
SETFRRRRIS EIKNGRVAMI ACMGYIAPEY FRWPGYCSPS TDLKFADIPN GIQALYKMPA EAWAQIGVFI AFLELFPMRQ EKDALPGDA PNFGRLGVPF FSSKADPEKN RRGLEAEINN GRLAMVAITG MISQNAFF

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分子 #14: PsaA

分子名称: PsaA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 76.579406 KDa
配列文字列: AIFRYVNATL WSKAGHFNKA LSKGAKTTTW IWNLHASAHD FDIQQGSAGL IARKVFSSGL AHLSLVFFWL GGMHFHGAYL SNYSAWLKD PKSVAPSSHI AYSLVGQDIL NSYTSQYFSG ITITSGFFQL YRSEGIVTQS QLKYACAASL IATLICLSGS Y LHMQLMSK ...文字列:
AIFRYVNATL WSKAGHFNKA LSKGAKTTTW IWNLHASAHD FDIQQGSAGL IARKVFSSGL AHLSLVFFWL GGMHFHGAYL SNYSAWLKD PKSVAPSSHI AYSLVGQDIL NSYTSQYFSG ITITSGFFQL YRSEGIVTQS QLKYACAASL IATLICLSGS Y LHMQLMSK FTSFYKKFQS LSQSHLIIMF GFGSVSFSAH QIHEALPINS LLDSGIWDPQ LFSAITGKST MAILLGTPSA IT GKLLNPS TGSIFLSQVA AHHLAVGIVF ITLGLIKWCN LFFSRNAILS LRLAYMDYHA QLSINLAVWA SLSMVAAHHL TEI PVYPYE STDYPTVLCL FVHHACLSGF FTVASGAHAS IFVIRQLPTS EIRHRDPIIG HLIWVCIALG LHSFGLYCHN DTLE ALGRP EDTFCDNSIQ LKPIFAKQFL GLQPGIEVLD GKIVRMTQEL GTADFMVHHI HAFTIHVTLL ILLKGVLYAR NSRLV SDKL ELGFAYPCDG PGRGGTCQIS PWDHLFLAVF WMYNCLSVVI FHYFWKMQSD VWGSYVHLSQ HLQLHCCSSL AHSSLT CSH YSQGDFSVNS ITINGWLRNL LWSEASQVIQ SYALPSICSY GFIFLAAHFV WAFSLMFLFS GRAYWQELIE SILWSHH KL KIVPHIQPRA LSISQGRAVG LTHYVLGGIG CTWAFIISRM LVLTT

+
分子 #15: PsaB

分子名称: PsaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 74.857719 KDa
配列文字列: MSFNGRCATS RYLQVMGSIH DIESYFALDN TLSLNLQIFT AHWGHLAIIL MWISGNLYHI ASNANYSLWI KNPIPSMPIA HNIWDPHFT SSTSTPYSHT TTAAVLIAYS GIYNQLYTSG FSTVNQIYKA TFAFSCLAVI SILLAKIHIR THSEVLHNSA T HASQIPSF ...文字列:
MSFNGRCATS RYLQVMGSIH DIESYFALDN TLSLNLQIFT AHWGHLAIIL MWISGNLYHI ASNANYSLWI KNPIPSMPIA HNIWDPHFT SSTSTPYSHT TTAAVLIAYS GIYNQLYTSG FSTVNQIYKA TFAFSCLAVI SILLAKIHIR THSEVLHNSA T HASQIPSF FQLLYFLDVG ISSINIRLNF HTGVLVGFFS IAYTGHLLDV AIPASRAPLS HTSLSYLTFF GGLKSDTASL YL TDIAHHH LAIGVIFVYI GHLYSSCSTA LGTYIRDMLY TSAIYMFQIK SLHLALSLAL AGCAVLTSAT AQHIYSLTPY FYL SYDYVT SVTLYVHHSY IASFLAIASH AHAAITLVRD WVAPLELESS CTIARIHTHK AAIISHLSWV SLWLGFHTLA IYSH NDTNM AFGSPSKQIL IEPTNAQLIQ ESSGKALYSF AINSLANYNK SFGSFIYPIG PGDLYVHHAI ALGLHVTVLI LLKGA LEAR GSKLMPDKME HSFGFSCDGP GRGGTCDISA WDCFYLAMFW MLNTNAWIDF YFHYKYLAPR QFSESSTYLE SWFRDY LWF NSAPLIRAYS ALGTNDLSVQ AWFFLLTHLA WATGFMFLIS WRGYWQELID IILYMHLKTP ILIDLWNGGV YTPLALS IV QARFIGLVHF TAGLILTYPP FIISTTS

+
分子 #16: PsaC

分子名称: PsaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 16.733236 KDa
配列文字列:
MSRLLMIAAC AGLAARYVPQ AFVPGLAQGA APSTPHASFA EGKSTGALAG FAAVSCAIGA GAAAVQSRAA RMARRSHAVK IYDTCIGCT LCVRACPTDV LEMVPATVNA AKQVASSPRV EDCVGCKRCE TACPTDFLSI RVYLQENEET QYSLGLDLAD W S

+
分子 #17: PsaD

分子名称: PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 32.748867 KDa
配列文字列: MASRGVGVAA VAVFGLATVA FVAPSSGARR LRAPVAQPAA FGASAPSGTS GLWTACSLGG VVLAVGAAVT RRAESKEIVV ESIPRPEDL LESPKFPMFE GSTGGYMSRS TRERHAITWT AKDQNKFEMP TGGFAIMNKG ENLCYFRKKE QCISLGKQLR K MKIENYKI ...文字列:
MASRGVGVAA VAVFGLATVA FVAPSSGARR LRAPVAQPAA FGASAPSGTS GLWTACSLGG VVLAVGAAVT RRAESKEIVV ESIPRPEDL LESPKFPMFE GSTGGYMSRS TRERHAITWT AKDQNKFEMP TGGFAIMNKG ENLCYFRKKE QCISLGKQLR K MKIENYKI YRLKKDGTVI FMHPADGVFP EKVNKGRVQV NGRPFTIRGN PQQSELKWTK YHMKSYEADP LTTLFIKARV MA FQDIPNL FALPQPNMEE MVPVEEVGEY TKQEYTTRLM EALKRVQDDR KAKEAKSL

+
分子 #18: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 13.089105 KDa
配列文字列:
MARVRSLALL LAAAYALAPC FVGSAAALDG SRLGATARSA EAKKKAKAPW VGPKKGSWVK VLRPESYWYQ TRGQVVNVNQ KPEIKYPVT VKFDRVNFSN VNTNGFALWE VIEAPAPGPG EV

+
分子 #19: PsaF

分子名称: PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 29.733779 KDa
配列文字列: MARPGSALLC VAAATVLVAA AVAFVGSPAG THAPSTGRSV ELGSRALPPA AESAAASGEA AAEQSGAESF MKWTAAGLLA GLVMAVSSS TPASALPKPT DMFGGVDIDL ENTPEHWTIK ASKRLELCKD NKAYKKKFKD ELYKTEKQQK KYATGSAVYA R FNKKIAQI ...文字列:
MARPGSALLC VAAATVLVAA AVAFVGSPAG THAPSTGRSV ELGSRALPPA AESAAASGEA AAEQSGAESF MKWTAAGLLA GLVMAVSSS TPASALPKPT DMFGGVDIDL ENTPEHWTIK ASKRLELCKD NKAYKKKFKD ELYKTEKQQK KYATGSAVYA R FNKKIAQI KNRQEAYGDR LCGKQDGNPR VVATGEWNVR ASVMWPASIF LYTAGWIGWA GRSYLIRTND ETKELNIDVP LA LTCMASG FSWPVAAWQE IVNGEMAVPS SQIHPGGPYT QS

+
分子 #20: PsaI

分子名称: PsaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 19.725674 KDa
配列文字列:
MARPGRMLLV ALAAVLGLSY CFLSSPEKLP KAKGVDFNAA VAASAALPAL TMLAEDAEAK YGDNRKWSAV LVPLTTLVFP AVAMGSFVL YSFQEDAFWR LVPGTKRAAE AEKAWREHPL FKDSKDPMFG LLNPDDYEKG LEEAWERAKP AGSTVTVKDK L KQLSKQDS PHWESWRSLS A

+
分子 #21: PsaJ

分子名称: PsaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 15.832114 KDa
配列文字列:
MARFTNLILV AACVLLGNRF YTLLFANAPS QNLRSHVAVR AVDERDEGLV LITPEESGKV VKRDVNNNPP RIVMKTNDWD QPEIQLSTG ASNQINYITP VVASDDIKAW LSLNVNFFSI LALLTVGGII EIQRFFPDTL YW

+
分子 #22: PsaL

分子名称: PsaL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 38.708449 KDa
配列文字列: MRDFASVSTA LTLAAVCACT VLLTGDVLAF TAGVSRGPQL PPHATGASSL AGSSMPFASA QEVMGAKGVV CFGMGFGVLL ALSRGLSQS RVSCKAEGSD IAVKEKADIS KIAYLQDVPR TILEADVLEK LLMNTPRDQW EDPPEDTYLY TLKTFAEVYG P GKATKMGW ...文字列:
MRDFASVSTA LTLAAVCACT VLLTGDVLAF TAGVSRGPQL PPHATGASSL AGSSMPFASA QEVMGAKGVV CFGMGFGVLL ALSRGLSQS RVSCKAEGSD IAVKEKADIS KIAYLQDVPR TILEADVLEK LLMNTPRDQW EDPPEDTYLY TLKTFAEVYG P GKATKMGW WDYFRLKLDL PPGFELLDED EMKVAADYDK LMMEGKIPFA VPGPAGFWYT GAVIQWKGKE QFAGDQVQTL TE NGRFSKQ FLANLAFYRD GLKPWQRGLE IGMAHGYFLI GPFTSLGPLR NTPEAATVGL LCGCAIVGLV SIGGLIFGST IKP TRFDKE GDKPASGFIE MINWHAIGGL GGAGFAHALI TVFGS

+
分子 #23: PsaM

分子名称: PsaM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 14.96978 KDa
配列文字列:
MARSPLILCL VAAAVMLVAP RAFVSSPKSQ NAAALTAGVA AGSMVMPAWA YDQQMMDAQL LLARVPGGKR TKELGLVVPI PEEDGLTDG QIAALFVVAL VVLIAAVDLA RSLYFGLQPN KFKTAKGKGS ITPFMKRLIE NGF

+
分子 #24: PsaR

分子名称: PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 17.253617 KDa
配列文字列:
MGLAAAWRAR SSTAAGAEGG AYKETPADER LFEQVYLQYT SEYMKGPMYW HKDKLQGSLP DYPGRPMIRD GKYTPYVLGN LKSFSSNEL AFLSMLFFGV GLYGNLQFNY YDPQWAKVDA GGYFNVSYIV ESLLLPISFF MHIACYIQKQ NGK

+
分子 #25: PsaT

分子名称: PsaT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 13.40001 KDa
配列文字列:
MSRRAGSVVV LGALACLVWG PSFTGSVPRR QESALARMAS SKWVNPEDPE MSHPSGLYVL PLKPAKPQEN YIYTWKKGED GSIEDYVKT PFKGPERAAD YYTQRKGNGA WDHWGPQGEG EA

+
分子 #26: PsaU

分子名称: PsaU / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
分子量理論値: 24.303311 KDa
配列文字列: MARSLAVAAL IAVAGGLAFV PGAIPRGTTA PPSRALQAAP AAESSWGSLP TLVGGMALGV FFSLATLAPV RAEEAPATPA PTPAEQAPT PAPGPSDEEI LAKGCDIRVD CTTKEQQFAW AKAYYRKYNQ ETDGKDPKYS KPSTGAGVFR KFKIDWPNPD P SIPDTTDG ...文字列:
MARSLAVAAL IAVAGGLAFV PGAIPRGTTA PPSRALQAAP AAESSWGSLP TLVGGMALGV FFSLATLAPV RAEEAPATPA PTPAEQAPT PAPGPSDEEI LAKGCDIRVD CTTKEQQFAW AKAYYRKYNQ ETDGKDPKYS KPSTGAGVFR KFKIDWPNPD P SIPDTTDG TYPIRNEDFL PIWKQQQEDL RAKMKEYIGR EFTEIRWIGD YDNARSPYKP HNGYY

+
分子 #27: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 196 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #28: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 20 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #29: [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9...

分子名称: [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0] ...名称: [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]cyclohexyl] ethanoate
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 16 / 式: UIX
分子量理論値: 642.907 Da

+
分子 #30: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 41 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
分子 #31: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 3 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #32: PERIDININ

分子名称: PERIDININ / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 10 / 式: PID
分子量理論値: 630.81 Da
Chemical component information

ChemComp-PID:
PERIDININ

+
分子 #33: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 7 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #34: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 7 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #35: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #36: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #37: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #38: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 13 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #39: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 161863
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る