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万見
- EMDB-34934: LpqY-SugABC in state 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34934
タイトルLpqY-SugABC in state 3
マップデータ
試料
  • 複合体: Trehalose-specific importer LpqY-SugABC complex
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial extracellular solute-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: ABC sugar transporter, permease component
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, permease protein SugB
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, ATP-binding protein SugC
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードTrehalose / ABC transporter / tuberculosis / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transport / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / MalK, OB fold domain / : / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component ...: / MalK, OB fold domain / : / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter, ATP-binding protein SugC / ABC transporter, permease protein SugB / Bacterial extracellular solute-binding protein / ABC sugar transporter, permease component
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.55 Å
データ登録者Liang J / Yang X / Zhang B / Rao Z / Liu F
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200983 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structural insights into trehalose capture and translocation by mycobacterial LpqY-SugABC.
著者: Jingxi Liang / Xiuna Yang / Tianyu Hu / Yan Gao / Qi Yang / Haitao Yang / Wei Peng / Xiaoting Zhou / Luke W Guddat / Bing Zhang / Zihe Rao / Fengjiang Liu /
要旨: The human pathogen, Mycobacterium tuberculosis (Mtb) relies heavily on trehalose for both survival and pathogenicity. The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the only ...The human pathogen, Mycobacterium tuberculosis (Mtb) relies heavily on trehalose for both survival and pathogenicity. The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the only trehalose import pathway in Mtb. Conformational dynamics of ABC transporters is an important feature to explain how they operate, but experimental structures are determined in a static environment. Therefore, a detailed transport mechanism cannot be elucidated because there is a lack of intermediate structures. Here, we used single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine the structure of the Mycobacterium smegmatis (M. smegmatis) trehalose-specific importer LpqY-SugABC complex in five different conformations. These structures have been classified and reconstructed from a single cryo-EM dataset. This study allows a comprehensive understanding of the trehalose recycling mechanism in Mycobacteria and also demonstrates the potential of single-particle cryo-EM to explore the dynamic structures of other ABC transporters and molecular machines.
履歴
登録2022年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2023年10月18日-
現状2023年10月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34934.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34934.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.13858798 - 0.25334233
平均 (標準偏差)-0.00011082689 (±0.008960072)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34934_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_34934_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_34934_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trehalose-specific importer LpqY-SugABC complex

全体名称: Trehalose-specific importer LpqY-SugABC complex
要素
  • 複合体: Trehalose-specific importer LpqY-SugABC complex
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial extracellular solute-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: ABC sugar transporter, permease component
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, permease protein SugB
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, ATP-binding protein SugC
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Trehalose-specific importer LpqY-SugABC complex

超分子名称: Trehalose-specific importer LpqY-SugABC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #4, #1-#3
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: ABC sugar transporter, permease component

分子名称: ABC sugar transporter, permease component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 32.73925 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MTAAVTPSAS AVASDDKKSE RRLAFWLIAP AVLLMLAVTA YPIGYAVWLS LQRYNLAEPH DTEFIGLANY VTVLTDGYWW TAFAVTLGI TVVSVAIEFA LGLALALVMH RTIFGKGAVR TAILIPYGIV TVAASYSWYY AWTPGTGYLA NLLPEGSAPL T DQLPSLAI ...文字列:
MTAAVTPSAS AVASDDKKSE RRLAFWLIAP AVLLMLAVTA YPIGYAVWLS LQRYNLAEPH DTEFIGLANY VTVLTDGYWW TAFAVTLGI TVVSVAIEFA LGLALALVMH RTIFGKGAVR TAILIPYGIV TVAASYSWYY AWTPGTGYLA NLLPEGSAPL T DQLPSLAI VVLAEVWKTT PFMALLLLAG LALVPQDLLN AAQVDGAGPW KRLTKVILPM IKPAILVALL FRTLDAFRIF DN IYILTGG SNDTGSVSIL GYDNLFKAFN VGLGSAISVL IFLSVAIIAF IYIKIFGAAA PGSDEEVR

UniProtKB: ABC sugar transporter, permease component

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分子 #2: ABC transporter, permease protein SugB

分子名称: ABC transporter, permease protein SugB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 29.839441 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MADRVDARRA TWWSVVNILV IVYALIPVLW ILSLSLKPTS SVKDGKLIPT EITFANYKAI FSGDAFTSAL FNSIGIGLIT TIIAVVIGG MAAYAVARLQ FPGKQLLIGV ALLIAMFPHI SLVTPIFNMW RGIGLFDTWP GLIIPYITFA LPLAIYTLSA F FREIPWDL ...文字列:
MADRVDARRA TWWSVVNILV IVYALIPVLW ILSLSLKPTS SVKDGKLIPT EITFANYKAI FSGDAFTSAL FNSIGIGLIT TIIAVVIGG MAAYAVARLQ FPGKQLLIGV ALLIAMFPHI SLVTPIFNMW RGIGLFDTWP GLIIPYITFA LPLAIYTLSA F FREIPWDL EKAAKMDGAT PAQAFRKVIA PLAAPGIVTA AILVFIFAWN DLLLALSLTA TQRAITAPVA IANFTGSSQF EE PTGSIAA GAMVITIPII IFVLIFQRRI VAGLTSGAVK G

UniProtKB: ABC transporter, permease protein SugB

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分子 #3: ABC transporter, ATP-binding protein SugC

分子名称: ABC transporter, ATP-binding protein SugC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 43.702625 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MAEIVLDRVT KSYPDGAGGV RAAVKEFSMT IADGEFIILV GPSGCGKSTT LNMIAGLEEI TSGELRIGGE RVNEKAPKDR DIAMVFQSY ALYPHMTVRQ NIAFPLTLAK VPKAEIAAKV EETAKILDLS ELLDRKPGQL SGGQRQRVAM GRAIVRSPKA F LMDQPLSN ...文字列:
MAEIVLDRVT KSYPDGAGGV RAAVKEFSMT IADGEFIILV GPSGCGKSTT LNMIAGLEEI TSGELRIGGE RVNEKAPKDR DIAMVFQSY ALYPHMTVRQ NIAFPLTLAK VPKAEIAAKV EETAKILDLS ELLDRKPGQL SGGQRQRVAM GRAIVRSPKA F LMDQPLSN LDAKLRVQMR AEISRLQDRL GTTTVYVTHD QTEAMTLGDR VVVMLAGEVQ QIGTPDELYS SPANLFVAGF IG SPAMNFF PATRTDVGVR LPFGEVTLTP HMLDLLDKQA RPENIIVGIR PEHIEDSALL DGYARIRALT FSVRADIVES LGA DKYVHF TTEGAGAESA QLAELAADSG AGTNQFIARV SADSRVRTGE QIELAIDTTK LSIFDAATGL NLTRDITPTD PTEA AGPDA G

UniProtKB: ABC transporter, ATP-binding protein SugC

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分子 #4: Bacterial extracellular solute-binding protein

分子名称: Bacterial extracellular solute-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 50.183086 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MRARRLCAAA VAAMAAASMV SACGSQTGGI VINYYTPANE EATFKAVANR CNEQLGGRFQ IAQRNLPKGA DDQRLQLARR LTGNDKSLD VMALDVVWTA EFAEAGWAVP LSEDPAGLAE ADATENTLPG PLETARWQDE LYAAPITTNT QLLWYRADLM P APPTTWDG ...文字列:
MRARRLCAAA VAAMAAASMV SACGSQTGGI VINYYTPANE EATFKAVANR CNEQLGGRFQ IAQRNLPKGA DDQRLQLARR LTGNDKSLD VMALDVVWTA EFAEAGWAVP LSEDPAGLAE ADATENTLPG PLETARWQDE LYAAPITTNT QLLWYRADLM P APPTTWDG MLDEANRLYR EGGPSWIAVQ GKQYEGMVVW FNTLLQSAGG QVLSDDGQRV TLTDTPEHRA ATVKALRIIK SV ATAPGAD PSITQTDENT ARLALEQGKA ALEVNWPYVL PSLLENAVKG GVSFLPLDGD PALQGSINDV GTFSPTDEQF DIA FDASKK VFGFAPYPGV NPDEPARVTL GGLNLAVAST SQHKAEAFEA IRCLRNVENQ RYTSIEGGLP AVRTSLYDDP AFQK KYPQY EIIRQQLTNA AVRPATPVYQ AVSTRMSATL APISDIDPER TADELTEAVQ KAIDGKGLIP

UniProtKB: Bacterial extracellular solute-binding protein

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分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43387
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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