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- EMDB-34707: DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 50bp-dsRNA in Dimer state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34707
タイトルDmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 50bp-dsRNA in Dimer state
マップデータ
試料
  • 複合体: DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 50bp-dsRNA in Dimer state
    • タンパク質・ペプチド: Dicer-2, isoform A
    • タンパク質・ペプチド: Loquacious, isoform D
    • タンパク質・ペプチド: LD06392p
    • RNA: RNA (52-MER)
キーワードRibonuclease / DOUBLE STRANDED RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


follicle cell of egg chamber stalk formation / lncRNA catabolic process / bidentate ribonuclease III activity / positive regulation of Toll signaling pathway / regulatory ncRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / female germ-line stem cell asymmetric division / PKR-mediated signaling / regulation of regulatory ncRNA processing ...follicle cell of egg chamber stalk formation / lncRNA catabolic process / bidentate ribonuclease III activity / positive regulation of Toll signaling pathway / regulatory ncRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / female germ-line stem cell asymmetric division / PKR-mediated signaling / regulation of regulatory ncRNA processing / dsRNA transport / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / RISC complex binding / global gene silencing by mRNA cleavage / germ-line stem cell population maintenance / ribonuclease III / apoptotic DNA fragmentation / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / detection of virus / deoxyribonuclease I activity / RISC complex assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / ribonuclease III activity / siRNA binding / pre-miRNA processing / siRNA processing / ATP-dependent activity, acting on RNA / positive regulation of innate immune response / RISC complex / heterochromatin formation / positive regulation of defense response to virus by host / helicase activity / mRNA 3'-UTR binding / locomotory behavior / central nervous system development / cellular response to virus / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / defense response to virus / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain ...: / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease Dcr-2 / Protein Loquacious / LD06392p
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者Su S / Wang J / Wang HW / Ma J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000849 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural mechanism of R2D2 and Loqs-PD synergistic modulation on DmDcr-2 oligomers.
著者: Ting Deng / Shichen Su / Xun Yuan / Jinqiu He / Ying Huang / Jinbiao Ma / Jia Wang /
要旨: Small interference RNAs are the key components of RNA interference, a conserved RNA silencing or viral defense mechanism in many eukaryotes. In Drosophila melanogaster, Dicer-2 (DmDcr-2)-mediated ...Small interference RNAs are the key components of RNA interference, a conserved RNA silencing or viral defense mechanism in many eukaryotes. In Drosophila melanogaster, Dicer-2 (DmDcr-2)-mediated RNAi pathway plays important roles in defending against viral infections and protecting genome integrity. During the maturation of siRNAs, two cofactors can regulate DmDcr-2's functions: Loqs-PD that is required for dsRNA processing, and R2D2 that is essential for the subsequent loading of siRNAs into effector Ago2 to form RISC complexes. However, due to the lack of structural information, it is still unclear whether R2D2 and Loqs-PD affect the functions of DmDcr-2 simultaneously. Here we present several cryo-EM structures of DmDcr-2/R2D2/Loqs-PD complex bound to dsRNAs with various lengths by the Helicase domain. These structures revealed that R2D2 and Loqs-PD can bind to different regions of DmDcr-2 without interfering with each other. Furthermore, the cryo-EM results demonstrate that these complexes can form large oligomers and assemble into fibers. The formation and depolymerization of these oligomers are associated with ATP hydrolysis. These findings provide insights into the structural mechanism of DmDcr-2 and its cofactors during siRNA processing.
履歴
登録2022年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34707.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34707.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0742 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.5443214 - 1.237303
平均 (標準偏差)0.0068002013 (±0.045622524)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.9952 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34707_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34707_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 50bp-dsRNA in Dimer state

全体名称: DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 50bp-dsRNA in Dimer state
要素
  • 複合体: DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 50bp-dsRNA in Dimer state
    • タンパク質・ペプチド: Dicer-2, isoform A
    • タンパク質・ペプチド: Loquacious, isoform D
    • タンパク質・ペプチド: LD06392p
    • RNA: RNA (52-MER)

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超分子 #1: DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 50bp-dsRNA in Dimer state

超分子名称: DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 50bp-dsRNA in Dimer state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: Dicer-2, isoform A

分子名称: Dicer-2, isoform A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: deoxyribonuclease I
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 198.006688 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEDVEIKPRG YQLRLVDHLT KSNGIVYLPT GSGKTFVAIL VLKRFSQDFD KPIESGGKRA LFMCNTVELA RQQAMAVRRC TNFKVGFYV GEQGVDDWTR GMWSDEIKKN QVLVGTAQVF LDMVTQTYVA LSSLSVVIID ECHHGTGHHP FREFMRLFTI A NQTKLPRV ...文字列:
MEDVEIKPRG YQLRLVDHLT KSNGIVYLPT GSGKTFVAIL VLKRFSQDFD KPIESGGKRA LFMCNTVELA RQQAMAVRRC TNFKVGFYV GEQGVDDWTR GMWSDEIKKN QVLVGTAQVF LDMVTQTYVA LSSLSVVIID ECHHGTGHHP FREFMRLFTI A NQTKLPRV VGLTGVLIKG NEITNVATKL KELEITYRGN IITVSDTKEM ENVMLYATKP TEVMVSFPHQ EQVLTVTRLI SA EIEKFYV SLDLMNIGVQ PIRRSKSLQC LRDPSKKSFV KQLFNDFLYQ MKEYGIYAAS IAIISLIVEF DIKRRQAETL SVK LMHRTA LTLCEKIRHL LVQKLQDMTY DDDDDNVNTE EVIMNFSTPK VQRFLMSLKV SFADKDPKDI CCLVFVERRY TCKC IYGLL LNYIQSTPEL RNVLTPQFMV GRNNISPDFE SVLERKWQKS AIQQFRDGNA NLMICSSVLE EGIDVQACNH VFILD PVKT FNMYVQSKGR ARTTEAKFVL FTADKEREKT IQQIYQYRKA HNDIAEYLKD RVLEKTEPEL YEIKGHFQDD IDPFTN ENG AVLLPNNALA ILHRYCQTIP TDAFGFVIPW FHVLQEDERD RIFGVSAKGK HVISINMPVN CMLRDTIYSD PMDNVKT AK ISAAFKACKV LYSLGELNER FVPKTLKERV ASIADVHFEH WNKYGDSVTA TVNKADKSKD RTYKTECPLE FYDALPRV G EICYAYEIFL EPQFESCEYT EHMYLNLQTP RNYAILLRNK LPRLAEMPLF SNQGKLHVRV ANAPLEVIIQ NSEQLELLH QFHGMVFRDI LKIWHPFFVL DRRSKENSYL VVPLILGAGE QKCFDWELMT NFRRLPQSHG SNVQQREQQP APRPEDFEGK IVTQWYANY DKPMLVTKVH RELTPLSYME KNQQDKTYYE FTMSKYGNRI GDVVHKDKFM IEVRDLTEQL TFYVHNRGKF N AKSKAKMK VILIPELCFN FNFPGDLWLK LIFLPSILNR MYFLLHAEAL RKRFNTYLNL HLLPFNGTDY MPRPLEIDYS LK RNVDPLG NVIPTEDIEE PKSLLEPMPT KSIEASVANL EITEFENPWQ KYMEPVDLSR NLLSTYPVEL DYYYHFSVGN VCE MNEMDF EDKEYWAKNQ FHMPTGNIYG NRTPAKTNAN VPALMPSKPT VRGKVKPLLI LQKTVSKEHI TPAEQGEFLA AITA SSAAD VFDMERLEIL GNSFLKLSAT LYLASKYSDW NEGTLTEVKS KLVSNRNLLF CLIDADIPKT LNTIQFTPRY TWLPP GISL PHNVLALWRE NPEFAKIIGP HNLRDLALGD EESLVKGNCS DINYNRFVEG CRANGQSFYA GADFSSEVNF CVGLVT IPN KVIADTLEAL LGVIVKNYGL QHAFKMLEYF KICRADIDKP LTQLLNLELG GKKMRANVNT TEIDGFLINH YYLEKNL GY TFKDRRYLLQ ALTHPSYPTN RITGSYQELE FIGNAILDFL ISAYIFENNT KMNPGALTDL RSALVNNTTL ACICVRHR L HFFILAENAK LSEIISKFVN FQESQGHRVT NYVRILLEEA DVQPTPLDLD DELDMTELPH ANKCISQEAE KGVPPKGEF NMSTNVDVPK ALGDVLEALI AAVYLDCRDL QRTWEVIFNL FEPELQEFTR KVPINHIRQL VEHKHAKPVF SSPIVEGETV MVSCQFTCM EKTIKVYGFG SNKDQAKLSA AKHALQQLSK CDA

UniProtKB: Endoribonuclease Dcr-2

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分子 #2: Loquacious, isoform D

分子名称: Loquacious, isoform D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 38.502574 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDQENFHGSS LPQQLQNLHI QPQQASPNPV QTGFAPRRHY NNLVGLGNGN AVSGSPVKGA PLGQRHVKLK KEKISAQVAQ LSQPGQLQL SDVGDPALAG GSGLQGGVGL MGVILPSDEA LKFVSETDAN GLAMKTPVSI LQELLSRRGI TPGYELVQIE G AIHEPTFR ...文字列:
MDQENFHGSS LPQQLQNLHI QPQQASPNPV QTGFAPRRHY NNLVGLGNGN AVSGSPVKGA PLGQRHVKLK KEKISAQVAQ LSQPGQLQL SDVGDPALAG GSGLQGGVGL MGVILPSDEA LKFVSETDAN GLAMKTPVSI LQELLSRRGI TPGYELVQIE G AIHEPTFR FRVSFKDKDT PFTAMGAGRS KKEAKHAAAR ALIDKLIGAQ LPESPSSSAG PSVTGLTVAG SGGDGNANAT GG GDASDKT VGNPIGWLQE MCMQRRWPPP SYETETEVGL PHERLFTIAC SILNYREMGK GKSKKIAKRL AAHRMWMRLQ ETP IDSGKI SDSICGELEG EVSIIQDIDR YEQVSKDFEF IKI

UniProtKB: Protein Loquacious

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分子 #3: LD06392p

分子名称: LD06392p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 35.115254 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDNKSAVSAL QEFCARTQIN LPTYSFIPGE DGGYVCKVEL LEIEALGNGR SKRDAKHLAA SNILRKIQLL PGIHGLMKDS TVGDLDEEL TNLNRDMVKE LRDYCVRREM PLPCIEVVQQ SGTPSAPEFV ACCSVASIVR YGKSDKKKDA RQRAAIEMLA L ISSNSDNL ...文字列:
MDNKSAVSAL QEFCARTQIN LPTYSFIPGE DGGYVCKVEL LEIEALGNGR SKRDAKHLAA SNILRKIQLL PGIHGLMKDS TVGDLDEEL TNLNRDMVKE LRDYCVRREM PLPCIEVVQQ SGTPSAPEFV ACCSVASIVR YGKSDKKKDA RQRAAIEMLA L ISSNSDNL RPDQMQVAST SKLKVVDMEE SMEELEALRR KKFTTYWELK EAGSVDHTGM RLCDRHNYFK NFYPTLKKEA IE AINSDEY ESSKDKAMDV MSSLKITPKI SEVESSSLVP LLSVELNCAF DVVLMAKETD IYDHIIDYFR TMLI

UniProtKB: LD06392p

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分子 #4: RNA (52-MER)

分子名称: RNA (52-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / 詳細: dsRNA / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 16.646871 KDa
配列文字列:
GAGACUUGGG CAAUGUGACU GCUGAUCAGC AGUCACAUUG CCCAAGUCUC UU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 141544
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8hf0:
DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 50bp-dsRNA in Dimer state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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