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万見
- EMDB-34054: Cryo-EM structure of compact CA16 empty particle in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34054
タイトルCryo-EM structure of compact CA16 empty particle in complex with a neutralizing antibody 8C4
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of compact CA16 empty particle in complex with a neutralizing antibody 8C4
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of chain
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: The heavy chain of the antibody 8C4
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
  • リガンド: SPHINGOSINE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Cong Y / Liu CX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB29040300 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular mechanism of antibody neutralization of coxsackievirus A16.
著者: Chao Zhang / Caixuan Liu / Jinping Shi / Yalei Wang / Cong Xu / Xiaohua Ye / Qingwei Liu / Xue Li / Weihua Qiao / Yannan Yin / Yao Cong / Zhong Huang /
要旨: Coxsackievirus A16 (CVA16) causes hand, foot and mouth disease in infants and young children. However, no vaccine or anti-viral agent is currently available for CVA16. Here, the functions and working ...Coxsackievirus A16 (CVA16) causes hand, foot and mouth disease in infants and young children. However, no vaccine or anti-viral agent is currently available for CVA16. Here, the functions and working mechanisms of two CVA16-specific neutralizing monoclonal antibodies (MAbs), 9B5 and 8C4, are comprehensively investigated. Both 9B5 and 8C4 display potent neutralization in vitro and prophylactic and therapeutic efficacy in a mouse model of CVA16 infection. Mechanistically, 9B5 exerts neutralization primarily through inhibiting CVA16 attachment to cell surface via blockade of CVA16 binding to its attachment receptor, heparan sulfate, whereas 8C4 functions mainly at the post-attachment stage of CVA16 entry by interfering with the interaction between CVA16 and its uncoating receptor SCARB2. Cryo-EM studies show that 9B5 and 8C4 target distinct epitopes located at the 5-fold and 3-fold protrusions of CVA16 capsids, respectively, and exhibit differential binding preference to three forms of naturally occurring CVA16 particles. Moreover, 9B5 and 8C4 are compatible in formulating an antibody cocktail which displays the ability to prevent virus escape seen with individual MAbs. Together, our work elucidates the functional and structural basis of CVA16 antibody-mediated neutralization and protection, providing important information for design and development of effective CVA16 vaccines and antibody therapies.
履歴
登録2022年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月14日-
マップ公開2022年9月14日-
更新2023年1月11日-
現状2023年1月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34054.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34054.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 520 pix.
= 572. Å		1.1 Å/pix.
x 520 pix.
= 572. Å		1.1 Å/pix.
x 520 pix.
= 572. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0018067906 - 1.780695
平均 (標準偏差)0.0067653926 (±0.060703423)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ520520520
Spacing520520520
セルA=B=C: 572.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of compact CA16 empty particle in complex with ...

全体名称: Cryo-EM structure of compact CA16 empty particle in complex with a neutralizing antibody 8C4
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of compact CA16 empty particle in complex with a neutralizing antibody 8C4
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of chain
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: The heavy chain of the antibody 8C4
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
  • リガンド: SPHINGOSINE

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超分子 #1: Cryo-EM structure of compact CA16 empty particle in complex with ...

超分子名称: Cryo-EM structure of compact CA16 empty particle in complex with a neutralizing antibody 8C4
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)

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分子 #1: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 25.623205 KDa
組換発現生物種: Mus sp. (ネズミ)
配列文字列: HSTQETAIGN FFSRAGLVSI ITMPTMGTQN TDGYANWDID LMGYAQLRRK CELFTYMRFD AEFTFVVAKP NGELVPQLLQ YMYVPPGAP KPTSRDSFAW QTATNPSVFV KMTDPPAQVS VPFMSPASAY QWFYDGYPTF GEHLQANDLD YGQCPNNMMG T FSIRTVGT ...文字列:
HSTQETAIGN FFSRAGLVSI ITMPTMGTQN TDGYANWDID LMGYAQLRRK CELFTYMRFD AEFTFVVAKP NGELVPQLLQ YMYVPPGAP KPTSRDSFAW QTATNPSVFV KMTDPPAQVS VPFMSPASAY QWFYDGYPTF GEHLQANDLD YGQCPNNMMG T FSIRTVGT KKSPHSITLR VYMRIKHVRA WIPRPLRNQP YLFKTNPNYK GNDIKCTSTS RDKITTL

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分子 #2: Light chain of chain

分子名称: Light chain of chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 23.619988 KDa
組換発現生物種: Mus sp. (ネズミ)
配列文字列: DIQMTQSSSY LSVSLGGRVT ITCKASDHIN NWLAWYQQKP GNAPRLLISG ATSLETGVPS RFSGSGSGKD YTLSITSLQT EDVATYYCQ QYWNSPYTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列:
DIQMTQSSSY LSVSLGGRVT ITCKASDHIN NWLAWYQQKP GNAPRLLISG ATSLETGVPS RFSGSGSGKD YTLSITSLQT EDVATYYCQ QYWNSPYTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC

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分子 #3: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 33.77284 KDa
組換発現生物種: Mus sp. (ネズミ)
配列文字列: ENSNSASEGS TINYTTINYY KDAYAASAGR QDMSQDPKRF TDPVMDVIHE MAPPLKSPSA EACGYSDRVA QLTIGNSTIT TQEAANIVI AYGEWPEYCP DTDATAVDKP TRPDVSVNRF FTLDTKSWAK DSKGWYWKFP DVLTEVGVFG QNAQFHYLYR S GFCVHVQC ...文字列:
ENSNSASEGS TINYTTINYY KDAYAASAGR QDMSQDPKRF TDPVMDVIHE MAPPLKSPSA EACGYSDRVA QLTIGNSTIT TQEAANIVI AYGEWPEYCP DTDATAVDKP TRPDVSVNRF FTLDTKSWAK DSKGWYWKFP DVLTEVGVFG QNAQFHYLYR S GFCVHVQC NASKFHQGAL LVAVLPEYVL GTIAGGTGNE NSHPPYATTQ PGQVGAVLTH PYVLDAGIPL SQLTVCPHQW IN LRTNNCA TIIVPYMNTV PFDSALNHCN FGLLVIPVVP LDFNAGATSE IPITVTIAPM CAEFAGLRQA VKQ

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分子 #4: The heavy chain of the antibody 8C4

分子名称: The heavy chain of the antibody 8C4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 22.743381 KDa
組換発現生物種: Mus sp. (ネズミ)
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QVQLQQSGPE LVKPGASVKI SCKASGYAFS TSWMNWVIQR PGQGLEWIGR IYPGDGDTNY NGKFKGKATL TADKSSSTAY MQLSSLTSV DSAVYFCARR DYGYFDYWGQ GTTLTVSSAK TTPPSVYPLA PGCGDTTGSS VTLGCLVKGY FPESVTVTWN S GSLSSSVH TFPALLQSGL YTMSSSVTVP SSTWPSQTVT CSVAHPASST TVDKKL

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分子 #5: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 26.646318 KDa
組換発現生物種: Mus sp. (ネズミ)
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GIPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPGFHP TPPIHIPGEV RNLLEICRVE TILEVNNLKT NETTPMQRLC FPVSVQSKTG ELCAAFRAD PGRDGPWQST ILGQLCRYYT QWSGSLEVTF MFAGSFMATG KMLIAYTPPG GSVPADRITA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV VPWISNTHYR AHARAGYFDY YTTGIITIWY QTNYVVPIGA PTTAYIVALA AAQDNFTMKL CKDTEDIEQT AN IQ

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分子 #6: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20196
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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