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万見
- EMDB-34046: Embigin facilitates monocarboxylate transporter 1 localization to... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34046
タイトルEmbigin facilitates monocarboxylate transporter 1 localization to plasma membrane and transition to a decoupling state
マップデータ
試料
  • 複合体: MCT1-embigin
    • タンパク質・ペプチド: Embigin
    • タンパク質・ペプチド: Monocarboxylate transporter 1
キーワードMCT1 / embigin / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mevalonate transmembrane transporter activity / mevalonate transport / behavioral response to nutrient / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / plasma membrane lactate transport / pyruvate transmembrane transport / lactate transmembrane transporter activity / monocarboxylic acid transport / lactate:proton symporter activity / Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) ...mevalonate transmembrane transporter activity / mevalonate transport / behavioral response to nutrient / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / plasma membrane lactate transport / pyruvate transmembrane transport / lactate transmembrane transporter activity / monocarboxylic acid transport / lactate:proton symporter activity / Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / succinate transmembrane transport / Proton-coupled monocarboxylate transport / succinate transmembrane transporter activity / pyruvate catabolic process / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / organic cyclic compound binding / centrosome cycle / Basigin interactions / response to food / Aspirin ADME / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / cellular response to organic cyclic compound / transport across blood-brain barrier / lateral plasma membrane / regulation of insulin secretion / basal plasma membrane / axon guidance / lipid metabolic process / cell junction / glucose homeostasis / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / axon / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / synapse / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monocarboxylate transporter / : / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype ...Monocarboxylate transporter / : / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Monocarboxylate transporter 1 / Embigin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Xu B / Ye S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971127 to S.Y., 31870742 and 32071216 to H.Y., 31600606 and 32161133022 to X.Z., 91857108 and 81470839 to L.C. 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Embigin facilitates monocarboxylate transporter 1 localization to the plasma membrane and transition to a decoupling state.
著者: Binghong Xu / Mingfeng Zhang / Bo Zhang / Wenna Chi / Xiaomin Ma / Wei Zhang / Minmin Dong / Linlin Sheng / Yi Zhang / Wenhao Jiao / Yuanyue Shan / Wenjing Chang / Peiyi Wang / Shiheng Wen / ...著者: Binghong Xu / Mingfeng Zhang / Bo Zhang / Wenna Chi / Xiaomin Ma / Wei Zhang / Minmin Dong / Linlin Sheng / Yi Zhang / Wenhao Jiao / Yuanyue Shan / Wenjing Chang / Peiyi Wang / Shiheng Wen / Duanqing Pei / Ligong Chen / Xiaokang Zhang / Hanchi Yan / Sheng Ye /
要旨: Cell-surface ancillary glycoproteins basigin or embigin form heterodimeric complexes with proton-coupled monocarboxylate transporters (MCTs), facilitating the membrane trafficking of MCTs and ...Cell-surface ancillary glycoproteins basigin or embigin form heterodimeric complexes with proton-coupled monocarboxylate transporters (MCTs), facilitating the membrane trafficking of MCTs and regulating their transport activities. Here, we determine the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the human MCT1-embigin complex and observe that embigin forms extensive interactions with MCT1 to facilitate its localization to the plasma membrane. In addition, the formation of the heterodimer effectively blocks MCT1 from forming a homodimer through a steric hindrance effect, releasing the coupling between two signature motifs and driving a significant conformation change in transmembrane helix 5 (TM5) of MCTs. Consequently, the substrate-binding pocket alternates between states of homodimeric coupling and heterodimeric decoupling states and exhibits differences in substrate-binding affinity, supporting the hypothesis that the substrate-induced motion originating in one subunit of the MCT dimer could be transmitted to the adjacent subunit to alter its substrate-binding affinity.
履歴
登録2022年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34046.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34046.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 268.8 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 268.8 Å		0.84 Å/pix.
x 320 pix.
= 268.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.4835635 - 0.75238097
平均 (標準偏差)-0.00023755009 (±0.015033375)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34046_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34046_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MCT1-embigin

全体名称: MCT1-embigin
要素
  • 複合体: MCT1-embigin
    • タンパク質・ペプチド: Embigin
    • タンパク質・ペプチド: Monocarboxylate transporter 1

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超分子 #1: MCT1-embigin

超分子名称: MCT1-embigin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Embigin

分子名称: Embigin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.921844 KDa
組換発現生物種: Insecta environmental sample (昆虫)
配列文字列: MRALPGLLEA RARTPRLLLL QCLLAAARPS SADGSAPDSP FTSPPLREEI MANNFSLESH NISLTEHSSM PVEKNITLER PSNVNLTCQ FTTSGDLNAV NVTWKKDGEQ LENNYLVSAT GSTLYTQYRF TIINSKQMGS YSCFFREEKE QRGTFNFKVP E LHGKNKPL ...文字列:
MRALPGLLEA RARTPRLLLL QCLLAAARPS SADGSAPDSP FTSPPLREEI MANNFSLESH NISLTEHSSM PVEKNITLER PSNVNLTCQ FTTSGDLNAV NVTWKKDGEQ LENNYLVSAT GSTLYTQYRF TIINSKQMGS YSCFFREEKE QRGTFNFKVP E LHGKNKPL ISYVGDSTVL TCKCQNCFPL NWTWYSSNGS VKVPVGVQMN KYVINGTYAN ETKLKITQLL EEDGESYWCR AL FQLGESE EHIELVVLSY LVPLKPFLVI VAEVILLVAT ILLCEKYTQK KKKHSDEGKE FEQIEQLKSD DSNGIENNVP RHR KNESLG Q

UniProtKB: Embigin

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分子 #2: Monocarboxylate transporter 1

分子名称: Monocarboxylate transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.098012 KDa
組換発現生物種: Insecta environmental sample (昆虫)
配列文字列: MPPAVGGPVG YTPPDGGWGW AVVIGAFISI GFSYAFPKSI TVFFKEIEGI FHATTSEVSW ISSIMLAVMY GGGPISSILV NKYGSRIVM IVGGCLSGCG LIAASFCNTV QQLYVCIGVI GGLGLAFNLN PALTMIGKYF YKRRPLANGL AMAGSPVFLC T LAPLNQVF ...文字列:
MPPAVGGPVG YTPPDGGWGW AVVIGAFISI GFSYAFPKSI TVFFKEIEGI FHATTSEVSW ISSIMLAVMY GGGPISSILV NKYGSRIVM IVGGCLSGCG LIAASFCNTV QQLYVCIGVI GGLGLAFNLN PALTMIGKYF YKRRPLANGL AMAGSPVFLC T LAPLNQVF FGIFGWRGSF LILGGLLLNC CVAGALMRPI GPKPTKAGKD KSKASLEKAG KSGVKKDLHD ANTDLIGRHP KQ EKRSVFQ TINQFLDLTL FTHRGFLLYL SGNVIMFFGL FAPLVFLSSY GKSQHYSSEK SAFLLSILAF VDMVARPSMG LVA NTKPIR PRIQYFFAAS VVANGVCHML APLSTTYVGF CVYAGFFGFA FGWLSSVLFE TLMDLVGPQR FSSAVGLVTI VECC PVLLG PPLLGRLNDM YGDYKYTYWA CGVVLIISGI YLFIGMGINY RLLAKEQKAN EQKKESKEEE TSIDVAGKPN EVTKA AESP DQKDTDGGPK EEESPVHHHH HHHH

UniProtKB: Monocarboxylate transporter 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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