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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33686 | |||||||||
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タイトル | Structure of Cas7-11-crRNA-tgRNA in complex with TPR-CHAT | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Immune / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-RNA complex (免疫系) | |||||||||
機能・相同性 | CHAT domain / CHAT domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / RAMP superfamily protein / CHAT domain protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang S / Guo M / Zhu Y / Huang Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of the type III-E CRISPR-Cas effector gRAMP in complex with TPR-CHAT. 著者: Shuo Wang / Minghui Guo / Yuwei Zhu / Zhiying Lin / Zhiwei Huang / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33686.map.gz | 230.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33686-v30.xml emd-33686.xml | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33686.png | 59.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33686.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_33686_half_map_1.map.gz emd_33686_half_map_2.map.gz | 226.4 MB 226.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33686 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33686 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7y8yMC 7y8tC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33686.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33686_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33686_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : type III-E CRISPR-Cas effector
全体 | 名称: type III-E CRISPR-Cas effector |
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要素 |
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-超分子 #1: type III-E CRISPR-Cas effector
超分子 | 名称: type III-E CRISPR-Cas effector / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: TPR-CHAT
超分子 | 名称: TPR-CHAT / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) |
-超分子 #3: RNA
超分子 | 名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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-分子 #1: CHAT domain protein
分子 | 名称: CHAT domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 82.549992 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNNTEENIDR IQEPTREDID RKEAERLLDE AFNPRTKPVD RKKIINSALK ILIGLYKEKK DDLTSASFIS IARAYYLVSI TILPKGTTI PEKKKEALRK GIEFIDRAIN KFNGSILDSQ RAFRIKSVLS IEFNRIDREK CDNIKLKNLL NEAVDKGCTD F DTYEWDIQ ...文字列: MNNTEENIDR IQEPTREDID RKEAERLLDE AFNPRTKPVD RKKIINSALK ILIGLYKEKK DDLTSASFIS IARAYYLVSI TILPKGTTI PEKKKEALRK GIEFIDRAIN KFNGSILDSQ RAFRIKSVLS IEFNRIDREK CDNIKLKNLL NEAVDKGCTD F DTYEWDIQ IAIRLCELGV DMEGHFDNLI KSNKANDLQK AKAYYFIKKD DHKAKEHMDK CTASLKYTPC SHRLWDETVG FI ERLKGDS STLWRDFAIK TYRSCRVQEK ETGTLRLRWY WSRHRVLYDM AFLAVKEQAD DEEPDVNVKQ AKIKKLAEIS DSL KSRFSL RLSDMEKMPK SDDESNHEFK KFLDKCVTAY QDGYVINRSE DKEGQGENKS TTSKQPEPRP QAKLLELTQV PEGW VVVHF YLNKLEGMGN AIVFDKCANS WQYKEFQYKE LFEVFLTWQA NYNLYKENAA EHLVTLCKKI GETMPFLFCD NFIPN GKDV LFVPHDFLHR LPLHGSIENK TNGKLFLENH SCCYLPAWSF ASEKEASTSD EYVLLKNFDQ GHFETLQNNQ IWGTQS VKD GASSDDLENI RNNPRLLTIL CHGEANMSNP FRSMLKLANG GITYLEILNS VKGLKGSQVI LGACETDLVP PLSDVMD EH YSVATALLLI GAAGVVGTMW KVRSNKTKSL IEWKLENIEY KLNEWQKETG GAAYKDHPPT FYRSIAFRSI GFPL UniProtKB: CHAT domain protein |
-分子 #2: RAMP superfamily protein
分子 | 名称: RAMP superfamily protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 197.823797 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKSNDMNITV ELTFFEPYRL VEWFDWDARK KSHSAMRGQA FAQWTWKGKG RTAGKSFITG TLVRSAVIKA VEELLSLNNG KWEGVPCCN GSFQTDESKG KKPSFLRKRH TLQWQANNKN ICDKEEACPF CILLGRFDNA GKVHERNKDY DIHFSNFDLD H KQEKNDLR ...文字列: MKSNDMNITV ELTFFEPYRL VEWFDWDARK KSHSAMRGQA FAQWTWKGKG RTAGKSFITG TLVRSAVIKA VEELLSLNNG KWEGVPCCN GSFQTDESKG KKPSFLRKRH TLQWQANNKN ICDKEEACPF CILLGRFDNA GKVHERNKDY DIHFSNFDLD H KQEKNDLR LVDIASGRIL NRVDFDTGKA KDYFRTWEAD YETYGTYTGR ITLRNEHAKK LLLASLGFVD KLCGALCRIE VI KKSESPL PSDTKEQSYT KDDTVEVLSE DHNDELRKQA EVIVEAFKQN DKLEKIRILA DAIRTLRLHG EGVIEKDELP DGK EERDKG HHLWDIKVQG TALRTKLKEL WQSNKDIGWR KFTEMLGSNL YLIYKKETGG VSTRFRILGD TEYYSKAHDS EGSD LFIPV TPPEGIETKE WIIVGRLKAA TPFYFGVQQP SDSIPGKEKK SEDSLVINEH TSFNILLDKE NRYRIPRSAL RGALR RDLR TAFGSGCNVS LGGQILCNCK VCIEMRRITL KDSVSDFSEP PEIRYRIAKN PGTATVEDGS LFDIEVGPEG LTFPFV LRY RGHKFPEQLS SVIRYWEEND GKNGMAWLGG LDSTGKGRFA LKDIKIFEWD LNQKINEYIK ERGMRGKEKE LLEMGES SL PDGLIPYKFF EERECLFPYK ENLKPQWSEV QYTIEVGSPL LTADTISALT EPGNRDAIAY KKRVYNDGNN AIEPEPRF A VKSETHRGIF RTAVGRRTGD LGKEDHEDCT CDMCIIFGNE HESSKIRFED LELINGNEFE KLEKHIDHVA IDRFTGGAL DKAKFDTYPL AGSPKKPLKL KGRFWIKKGF SGDHKLLITT ALSDIRDGLY PLGSKGGVGY GWVAGISIDD NVPDDFKEMI NKTEMPLPE EVEESNNGPI NNDYVHPGHQ SPKQDHKNKN IYYPHYFLDS GSKVYREKDI ITHEEFTEEL LSGKINCKLE T LTPLIIPD TSDENGLKLQ GNKPGHKNYK FFNINGELMI PGSELRGMLR THFEALTKSC FAIFGEDSTL SWRMNADEKD YK IDSNSIR KMESQRNPKY RIPDELQKEL RNSGNGLFNR LYTSERRFWS DVSNKFENSI DYKREILRCA GRPKNYKGGI IRQ RKDSLM AEELKVHRLP LYDNFDIPDS AYKANDHCRK SATCSTSRGC RERFTCGIKV RDKNRVFLNA ANNNRQYLNN IKKS NHDLY LQYLKGEKKI RFNSKVITGS ERSPIDVIAE LNERGRQTGF IKLSGLNNSN KSQGNTGTTF NSGWDRFELN ILLDD LETR PSKSDYPRPR LLFTKDQYEY NITKRCERVF EIDKGNKTGY PVDDQIKKNY EDILDSYDGI KDQEVAERFD TFTRGS KLK VGDLVYFHID GDNKIDSLIP VRISRKCASK TLGGKLDKAL HPCTGLSDGL CPGCHLFGTT DYKGRVKFGF AKYENGP EW LITRGNNPER SLTLGVLESP RPAFSIPDDE SEIPGRKFYL HHNGWRIIRQ KQLEIRETVQ PERNVTTEVM DKGNVFSF D VRFENLREWE LGLLLQSLDP GKNIAHKLGK GKPYGFGSVK IKIDSLHTFK INSNNDKIKR VPQSDIREYI NKGYQKLIE WSGNNSIQKG NVLPQWHVIP HIDKLYKLLW VPFLNDSKLE PDVRYPVLNE ESKGYIEGSD YTYKKLGDKD NLPYKTRVKG LTTPWSPWN PFQVIAEHEE QEVNVTGSRP SVTDKIERDG KMV UniProtKB: RAMP superfamily protein |
-分子 #3: RNA (37-MER)
分子 | 名称: RNA (37-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 11.768993 KDa |
配列 | 文字列: GGACUUAAUG UCACGGUACC CAAUUUUCUG CCCCGGA |
-分子 #4: RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*AP*C)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*AP*C)-3') タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 5.874595 KDa |
配列 | 文字列: CGGGGCAGAA AAUUGGAC |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 87226 |